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- PDB-5upl: CDC42 binds PAK4 via an extended GTPase-effector inteface - 2 pep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5upl
タイトルCDC42 binds PAK4 via an extended GTPase-effector inteface - 2 peptide: PAK4FL, CDC42 - UNREFINED
要素
  • Cell division control protein 42 homolog
  • Serine/threonine-protein kinase PAK 4
キーワードTRANSFERASE / GTPase / Kinase / CRIB
機能・相同性
機能・相同性情報


GBD domain binding / Golgi transport complex / positive regulation of pinocytosis / dendritic cell migration / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / storage vacuole / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / apolipoprotein A-I receptor binding / neuron fate determination ...GBD domain binding / Golgi transport complex / positive regulation of pinocytosis / dendritic cell migration / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / storage vacuole / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / apolipoprotein A-I receptor binding / neuron fate determination / organelle transport along microtubule / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / Inactivation of CDC42 and RAC1 / positive regulation of pseudopodium assembly / cardiac conduction system development / host-mediated perturbation of viral process / dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / regulation of filopodium assembly / leading edge membrane / neuropilin signaling pathway / establishment of Golgi localization / GTP-dependent protein binding / adherens junction organization / cell junction assembly / filopodium assembly / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / dendritic spine morphogenesis / regulation of lamellipodium assembly / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / embryonic heart tube development / RHO GTPases activate KTN1 / Activation of RAC1 / DCC mediated attractive signaling / regulation of postsynapse organization / CD28 dependent Vav1 pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of filopodium assembly / RHOV GTPase cycle / phagocytosis, engulfment / nuclear migration / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of mitotic nuclear division / Myogenesis / heart contraction / positive regulation of cytokinesis / spindle midzone / RHOJ GTPase cycle / establishment of cell polarity / RHOQ GTPase cycle / Golgi organization / establishment or maintenance of cell polarity / RHO GTPases activate PAKs / RHOU GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / macrophage differentiation / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / RHO GTPases activate IQGAPs / negative regulation of protein-containing complex assembly / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of stress fiber assembly / phagocytic vesicle / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / cytoskeleton organization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substantia nigra development / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / actin filament organization / cellular response to starvation / small monomeric GTPase / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / filopodium / FCGR3A-mediated phagocytosis / adherens junction / regulation of cell growth / EGFR downregulation / RHO GTPases Activate Formins / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cellular response to type II interferon / VEGFA-VEGFR2 Pathway / endocytosis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / apical part of cell / G beta:gamma signalling through CDC42 / mitotic spindle / cell-cell junction / ubiquitin protein ligase activity / intracellular protein localization
類似検索 - 分子機能
Cdc42 / p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. ...Cdc42 / p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / Cell division control protein 42 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.003 Å
データ登録者Ha, B.H. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM102262 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: CDC42 binds PAK4 via an extended GTPase-effector interface.
著者: Ha, B.H. / Boggon, T.J.
履歴
登録2017年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
B: Cell division control protein 42 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8162
ポリマ－71,8162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area22640 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)141.652, 141.652, 62.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4


分子量: 51099.684 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-426 / 変異: S474SEP / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ser474 is phosphorylated (SEP) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / Variant: isoform2 / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RILP
参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Cell division control protein 42 homolog / G25K GTP-binding protein


分子量: 20716.744 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC42 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RILP / 参照: UniProt: P60953
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 50mM Na2SO4, 6% PEG6000 / PH範囲: 8.0-9.0 / Temp details: R/T

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月9日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→43.637 Å / Num. obs: 14433 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.588 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.034 / Rsym value: 0.117 / Χ2: 1.187 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.588 / Rpim(I) all: 0.707 / Χ2: 1.608 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4fie

4fie


解像度: 3.003→43.637 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3102 726 5.04 %
Rwork0.2568 --
obs0.2593 14394 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.003→43.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 0 0 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0233718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6175054
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1891390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0035-3.23530.48461290.36972725X-RAY DIFFRACTION100
3.2353-3.56070.3541670.2812684X-RAY DIFFRACTION100
3.5607-4.07570.3091550.26612718X-RAY DIFFRACTION100
4.0757-5.13360.31731260.23362751X-RAY DIFFRACTION100
5.1336-43.64130.27221490.24462790X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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