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- PDB-5up0: Crystal structure of human PDE1B catalytic domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5up0
タイトルCrystal structure of human PDE1B catalytic domain in complex with inhibitor 3 (6-(4-chlorobenzyl)-8,9,10,11-tetrahydrobenzo[4,5]thieno[3,2-e][1,2,4]triazolo[1,5-c]pyrimidin-5(6H)-one)
要素Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase / hydrolase inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / serotonin metabolic process / dopamine catabolic process / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Cam-PDE 1 activation / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / cGMP effects / monocyte differentiation ...calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / serotonin metabolic process / dopamine catabolic process / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Cam-PDE 1 activation / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / cGMP effects / monocyte differentiation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / response to amphetamine / locomotory behavior / visual learning / G alpha (s) signalling events / calmodulin binding / neuronal cell body / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8HP / Dual specificity calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Cedervall, E.P. / Allerston, C.K. / Xu, R. / Sridhar, V. / Barker, R. / Aertgeerts, K.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of Selective Phosphodiesterase 1 Inhibitors with Memory Enhancing Properties.
著者: Dyck, B. / Branstetter, B. / Gharbaoui, T. / Hudson, A.R. / Breitenbucher, J.G. / Gomez, L. / Botrous, I. / Marrone, T. / Barido, R. / Allerston, C.K. / Cedervall, E.P. / Xu, R. / Sridhar, V. ...著者: Dyck, B. / Branstetter, B. / Gharbaoui, T. / Hudson, A.R. / Breitenbucher, J.G. / Gomez, L. / Botrous, I. / Marrone, T. / Barido, R. / Allerston, C.K. / Cedervall, E.P. / Xu, R. / Sridhar, V. / Barker, R. / Aertgeerts, K. / Schmelzer, K. / Neul, D. / Lee, D. / Massari, M.E. / Andersen, C.B. / Sebring, K. / Zhou, X. / Petroski, R. / Limberis, J. / Augustin, M. / Chun, L.E. / Edwards, T.E. / Peters, M. / Tabatabaei, A.
履歴
登録2017年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7404
ポリマ－41,2791
非ポリマー4613
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.381, 87.381, 135.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B / Cam-PDE 1B / 63 kDa Cam-PDE


分子量: 41279.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE1B, PDE1B1, PDES1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q01064, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-8HP / 6-[(4-chlorophenyl)methyl]-8,9,10,11-tetrahydro[1]benzothieno[3,2-e][1,2,4]triazolo[1,5-c]pyrimidin-5(6H)-one


分子量: 370.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15ClN4OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 3.1 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→61.79 Å / Num. obs: 34119 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 37.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 1.626 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2482 / CC1/2: 0.653 / Rpim(I) all: 0.525 / Rrim(I) all: 1.71 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TAZ

1taz


解像度: 2.04→61.788 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2262 1671 5.01 %Random selection
Rwork0.197 ---
obs0.1985 33382 98.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→61.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2597 0 27 105 2729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0613638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.225960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.10.40641260.35312612X-RAY DIFFRACTION98
2.1-2.16780.32441330.33362625X-RAY DIFFRACTION99
2.1678-2.24530.32521360.32552554X-RAY DIFFRACTION97
2.2453-2.33520.36661460.29062555X-RAY DIFFRACTION97
2.3352-2.44150.3011420.2352618X-RAY DIFFRACTION99
2.4415-2.57020.24061240.23342619X-RAY DIFFRACTION98
2.5702-2.73130.23431460.21612626X-RAY DIFFRACTION98
2.7313-2.94210.23131350.20442614X-RAY DIFFRACTION98
2.9421-3.23820.24991330.1992656X-RAY DIFFRACTION98
3.2382-3.70670.21171430.17322647X-RAY DIFFRACTION98
3.7067-4.66980.17621490.15082692X-RAY DIFFRACTION98
4.6698-61.8160.18491580.16572893X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6892-0.75930.12412.9322-0.18360.7530.23080.63070.4559-0.692-0.09390.1358-0.2335-0.2649-0.11860.60690.1369-0.01830.54890.19460.462-28.69180.8789-28.9846
20.65870.0369-0.27751.90840.16692.7010.13120.1120.2938-0.1637-0.02350.1281-0.5251-0.2747-0.10650.4280.07890.00710.28320.11090.3776-26.492-0.5612-16.5258
30.8068-0.0710.061.4222-0.19362.06430.02880.0021-0.0014-0.03910.04790.04150.0639-0.0159-0.07050.31060.0403-0.01530.25440.06580.3134-20.038-11.9522-9.7741
41.8137-1.2663-0.3362.36550.03291.2684-0.1533-0.1450.33950.43030.1501-0.1556-0.32050.1077-0.00170.40380.0603-0.00130.31070.07560.3807-20.1284-1.1464-3.9608
51.1743-0.0006-0.20461.64350.20341.4105-0.163-0.0613-0.2180.2290.12650.36830.5171-0.13680.02190.36690.00270.03270.27110.09150.3529-29.4642-17.12-6.5553
63.2597-0.3014-0.58351.98640.7143.1702-0.1643-0.0808-0.30640.0292-0.02790.43850.168-0.32340.09870.2597-0.0074-0.03030.25120.05650.3765-33.4596-17.9061-14.6564
75.2452-1.41212.2122.232-0.55183.36550.56151.10380.2694-0.5838-0.3747-0.30670.43420.7858-0.0760.6010.05820.09020.45990.0350.3081-12.6625-15.7615-27.8376
80.02890.0125-0.21841.35240.60431.9401-0.15140.3485-0.7346-0.30060.1146-0.34810.65570.5620.12650.66210.10160.08550.4518-0.02910.4366-13.1877-25.4047-26.48
93.6385-0.8066-1.382.67080.64473.94970.03620.8772-0.5829-0.5476-0.22030.52070.1871-1.15530.11680.4952-0.0877-0.14720.6094-0.04880.4583-34.9573-21.2376-27.4175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 150 through 178 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 179 through 242 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 243 through 290 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 291 through 316 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 317 through 351 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 352 through 377 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 378 through 401 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 402 through 428 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 429 through 501 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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