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- PDB-5uos: Crystal Structure of CblC (MMACHC) (1-238), a human B12 processin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uos
タイトルCrystal Structure of CblC (MMACHC) (1-238), a human B12 processing enzyme, complexed with an Antivitamin B12
要素Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Vitamin B12 / B12 trafficking / B12 processing / B12 binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanocobalamin reductase / alkylcobalamin dealkylase / Defective MMACHC causes MAHCC / cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating) (NADP+) activity / Defective MMADHC causes MMAHCD / demethylase activity / Cobalamin (Cbl) metabolism / cobalamin metabolic process / demethylation / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups ...cyanocobalamin reductase / alkylcobalamin dealkylase / Defective MMACHC causes MAHCC / cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating) (NADP+) activity / Defective MMADHC causes MMAHCD / demethylase activity / Cobalamin (Cbl) metabolism / cobalamin metabolic process / demethylation / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / glutathione binding / cobalamin binding / glutathione metabolic process / FAD binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C family / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C family
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHENYLAMINO-ETHANESULFONIC ACID / 1-ethynyl-2,4-difluorobenzene / COBALAMIN / GLUTATHIONE / Cyanocobalamin reductase / alkylcobalamin dealkylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Shanmuganathan, A. / Karasik, A. / Ruetz, M. / Banerjee, R. / Krautler, B. / Koutmos, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association13SDG14560056 米国
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Antivitamin B12 Inhibition of the Human B12 -Processing Enzyme CblC: Crystal Structure of an Inactive Ternary Complex with Glutathione as the Cosubstrate.
著者: Ruetz, M. / Shanmuganathan, A. / Gherasim, C. / Karasik, A. / Salchner, R. / Kieninger, C. / Wurst, K. / Banerjee, R. / Koutmos, M. / Krautler, B.
履歴
登録2017年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6828
ポリマ－27,4901
非ポリマー2,1927
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.432, 114.432, 150.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細Monomer confirmed by gel filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C protein / CblC / Cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating)


分子量: 27489.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMACHC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y4U1, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする

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非ポリマー , 7種, 82分子

#2: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#3: 化合物 ChemComp-8FS / 1-ethynyl-2,4-difluorobenzene


分子量: 138.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4F2
#4: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#5: 化合物 ChemComp-171 / 2-PHENYLAMINO-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 201.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO3S
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M CHES:NaOH pH 9.5, 1.26 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月9日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→99.1 Å / Num. obs: 17391 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.027 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.51→2.62 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1967 / CC1/2: 0.853 / Rpim(I) all: 0.198 / Rsym value: 0.721 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SC0

3sc0


解像度: 2.51→99.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.713 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21384 863 5 %RANDOM
Rwork0.17645 ---
obs0.17832 16527 84.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å2-0.69 Å20 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3---4.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→99.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 145 75 2148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192143
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1782.0462955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7485238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98922.81296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95415303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3331517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0221692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7044.99955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2597.4711192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7135.2471187
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.67966.5433096
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.513→2.578 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 60 -
Rwork0.277 1214 -
obs--86.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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