PDB-5uor: Structure-Based Design of ASK1 Inhibitors as Potential First-in-C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uor

タイトル

Structure-Based Design of ASK1 Inhibitors as Potential First-in-Class Agents for Heart Failure

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / METAL-BINDING / APOPTOSIS / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Dougan, D.R.

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Design of ASK1 Inhibitors as Potential Agents for Heart Failure.
著者: Lanier, M. / Pickens, J. / Bigi, S.V. / Bradshaw-Pierce, E.L. / Chambers, A. / Cheruvallath, Z.S. / Cole, D. / Dougan, D.R. / Ermolieff, J. / Gibson, T. / Halkowycz, P. / Hirokawa, A. / ...

履歴

登録	2017年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uor.cif.gz	221.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uor.ent.gz	180.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uor_validation.pdf.gz	922 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uor_full_validation.pdf.gz	928.7 KB	表示
XML形式データ	5uor_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	5uor_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uoxC 5up3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h5g-d 5uox-1 6geh-d 5vio-2 4jbp-d 5csx-d 2np8-d 4ztq-d 5dos-d 5os6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.485, 78.485, 431.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5 分子量: 30410.771 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 670-939 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / プラスミド: pEH8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) pLysS 参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-8GV / 6-{[(2S)-4-methylmorpholin-2-yl]methoxy}-2-{6-[4-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]pyridin-2-yl}-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one 分子量: 448.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₈N₆O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 6% polyethylene glycol 2000 MME , 0.1M MES, pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9765 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 21840 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 124658

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.75-2.8	5.9	0.797	0.66	0.331	0.871	0.988	100
2.8-2.85	5.9	0.761	0.71	0.315	0.831	0.957	100
2.85-2.9	5.9	0.64	0.79	0.265	0.698	0.956	100
2.9-2.96	5.9	0.539	0.816	0.225	0.589	1.011	100
2.96-3.03	5.9	0.453	0.881	0.188	0.495	1.016	100
3.03-3.1	6	0.354	0.923	0.145	0.386	1.004	100
3.1-3.17	5.9	0.305	0.933	0.127	0.333	1.057	100
3.17-3.26	5.8	0.234	0.967	0.098	0.256	1.015	100
3.26-3.36	5.9	0.2	0.974	0.083	0.219	1.043	100
3.36-3.46	5.9	0.152	0.982	0.063	0.166	0.984	100
3.46-3.59	5.8	0.125	0.988	0.053	0.137	0.991	99.9
3.59-3.73	5.9	0.104	0.992	0.044	0.114	1.025	99.9
3.73-3.9	5.8	0.086	0.994	0.036	0.094	0.989	100
3.9-4.11	5.8	0.07	0.996	0.029	0.077	0.977	99.9
4.11-4.36	5.6	0.065	0.997	0.027	0.071	0.987	99.9
4.36-4.7	5.7	0.067	0.996	0.028	0.073	1	99.5
4.7-5.17	5.5	0.074	0.995	0.031	0.081	1.051	99.5
5.17-5.92	5.4	0.08	0.992	0.034	0.088	1.061	99.6
5.92-7.46	5.2	0.058	0.996	0.026	0.064	1.012	99.9
7.46-50	4.9	0.03	0.999	0.015	0.034	0.958	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0025	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.75→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 26.431 / SU ML: 0.26 / SU R Cruickshank DPI: 0.6024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.339 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2673	1112	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2022	-	-	-
obs	0.2054	20609	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 196.36 Å² / B_iso mean: 74.263 Å² / B_iso min: 30.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.46 Å²	0.73 Å²	0 Å²
2-	-	1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4078	0	76	75	4229
B_iso mean	-	-	60.52	57.19	-
残基数	-	-	-	-	511

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.993	5733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.844	5	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.53	24.508	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.975	15	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.13	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3263

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	84	-
R_work	0.298	1473	-
all	-	1557	-
obs	-	-	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1351	0.0531	-0.3645	0.0444	0.1983	2.123	0.1585	0.0092	0.0929	-0.0527	-0.0672	-0.0369	0.0932	-0.157	-0.0913	0.4804	0.0825	0.0174	0.2071	0.0748	0.2734	14.2144	63.1949	-13.5497
2	0.0616	0.1656	-0.181	1.6038	-0.0625	1.9401	0.0483	-0.0183	-0.0201	-0.2526	0.0195	-0.0333	0.1833	-0.387	-0.0678	0.3616	-0.0727	-0.0849	0.261	0.0417	0.2727	6.6253	54.3363	-12.8731
3	0.0532	-0.2681	0.2934	3.225	-0.0628	2.6907	-0.0541	-0.0672	-0.0084	0.55	-0.0298	0.2126	0.1179	-0.592	0.084	0.2666	-0.2239	0.0266	0.382	0.0697	0.2685	1.6172	52.9948	8.8545
4	0.2856	0.7912	-0.7881	2.1953	-2.1854	2.2325	0.0132	0.0144	-0.0026	0.0694	0.0174	0.0075	0.0083	-0.1911	-0.0306	0.1745	-0.202	-0.0731	0.4374	0.0246	0.271	3.1777	52.3427	-0.6885
5	0.2487	0.4916	-0.0095	1.0969	0.0267	0.0249	-0.0283	0.1102	0.0641	0.2465	0.0852	0.1423	0.1281	-0.0605	-0.0569	0.6835	-0.3028	-0.1319	0.1799	0.0918	0.2245	4.2416	40.2928	0.5253
6	0.1785	-0.6415	0.5459	3.9996	0.0134	4.2209	0.1456	-0.0241	0.0159	1.1778	-0.1214	-0.0055	1.808	-0.6079	-0.0242	1.1205	-0.3401	-0.0806	0.1784	0.1521	0.2309	3.5173	39.4279	12.8159
7	0.8283	0.0741	0.066	0.0183	-0.0026	2.4112	0.0761	-0.0475	-0.0385	-0.0625	0.0286	0.0075	-0.0242	-0.1181	-0.1047	0.4253	-0.1055	-0.0061	0.1955	0.01	0.2685	-7.1839	1.085	20.9696
8	0.7199	0.6165	0.6704	1.1066	1.6431	2.6296	-0.0869	0.2327	-0.1858	-0.019	0.1811	-0.1307	0.1189	0.1842	-0.0942	0.3459	-0.0867	0.0811	0.2819	-0.0185	0.239	4.2504	1.8967	15.0053
9	0.5261	0.2058	0.7426	1.6864	0.3113	2.2371	-0.139	0.1199	-0.1228	-0.1012	0.0629	0.0716	-0.3546	0.5928	0.0762	0.2954	-0.2409	0.0134	0.3159	0.021	0.2304	14.7973	17.9571	29.2375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	671 - 704
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	705 - 768
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	769 - 796
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	797 - 820
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	821 - 876
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	877 - 939
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	670 - 704
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	705 - 755
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	756 - 940

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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