PDB-5uoo: BRD4 bromodomain 2 in complex with CD161

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uoo

タイトル

BRD4 bromodomain 2 in complex with CD161

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / Bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Discovery of 4-(6-Methoxy-2-methyl-4-(quinolin-4-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-7-yl)-3,5-dimethylisoxazole (CD161) as a Potent and Orally Bioavailable BET Bromodomain Inhibitor.
著者: Zhao, Y. / Bai, L. / Liu, L. / McEachern, D. / Stuckey, J.A. / Meagher, J.L. / Yang, C.Y. / Ran, X. / Zhou, B. / Hu, Y. / Li, X. / Wen, B. / Zhao, T. / Li, S. / Sun, D. / Wang, S.

履歴

登録	2017年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Data collection / Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uoo.cif.gz	61.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uoo.ent.gz	48.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uoo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uoo_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uoo_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5uoo_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	5uoo_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uoo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uoo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6c7q-d 4z93-d 5dw1-1 5dbm-2 5twx-3 3qla-2 2xks-d 2yem-2 6duv-1 4j1p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.188, 72.793, 32.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-686- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15266.552 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 333-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-8FV / 7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-6-methoxy-2-methyl-4-(quinolin-4-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indole / CD-161 分子量: 435.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₁N₅O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 60% peg 400, 0.1M Imidizole, 5mM ATP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→29.38 Å / Num. obs: 14010 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.094 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.73	5.5	0.418	0.956	1	87.1
1.73-1.76	6.7	0.392	0.997	1	98.7
1.76-1.79	6.6	0.338	1.078	1	98.1
1.79-1.83	6.7	0.29	1.018	1	97.7
1.83-1.87	6.5	0.272	1.133	1	98.6
1.87-1.91	6.4	0.228	1.237	1	98.9
1.91-1.96	6.5	0.194	1.24	1	98.8
1.96-2.02	6.3	0.167	1.321	1	98.5
2.02-2.07	6.3	0.142	1.216	1	98
2.07-2.14	6.1	0.126	1.318	1	97.8
2.14-2.22	6	0.106	1.239	1	98.2
2.22-2.31	6	0.092	1.124	1	98
2.31-2.41	6	0.083	1.122	1	97.9
2.41-2.54	5.8	0.072	1.046	1	97.5
2.54-2.7	5.8	0.065	1.038	1	98.8
2.7-2.91	5.9	0.064	1.11	1	98.7
2.91-3.2	5.8	0.055	1.108	1	98.5
3.2-3.66	6	0.05	0.939	1	99.3
3.66-4.61	6.1	0.044	0.77	1	98.8
4.61-50	6	0.046	0.863	1	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.69→29.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.108 / SU R_free Blow DPI: 0.097 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.092

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	707	5.06 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.176	13979	98 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.52 Å² / B_iso mean: 21.32 Å² / B_iso min: 8.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.0373 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.4983 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.461 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.69→29.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	912	0	67	105	1084
B_iso mean	-	-	24.08	35.57	-
残基数	-	-	-	-	113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	460	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	25	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	207	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1031	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	119	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1311	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1031	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1418	HARMONIC	2	0.86
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.14
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.61

LS精密化シェル

解像度: 1.69→1.82 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	144	5.27 %
R_work	0.169	2587	-
all	0.171	2731	-
obs	-	-	95.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2269	-1.3854	1.0131	3.5776	-1.666	2.6742	-0.0017	0.0772	0.0252	-0.0294	0.0108	0.0392	-0.0857	0.0672	-0.009	-0.0403	-0.0263	-0.0025	-0.024	-0.0129	-0.0375	9.7855	11.0858	1.5308
2	1.0553	-1.1075	-0.3509	0.2387	-0.6119	0	0.0141	-0.1128	-0.275	0.0101	-0.0368	-0.2627	-0.0727	0.2464	0.0227	-0.0357	0.0102	-0.0079	0.0366	-0.0019	0.0775	21.6094	-3.2992	2.1692
3	0.3177	-1.176	-0.0258	6.3279	-0.7373	0	0.0465	0.0452	-0.0239	-0.279	-0.069	-0.3898	0.0567	0.1053	0.0224	-0.0379	0.0155	-0.0043	-0.0149	-0.0099	-0.0087	16.7801	-8.6649	-0.8293
4	1.1211	-1.0583	-2.6777	1.0525	1.118	2.4419	-0.0374	0.0277	-0.1197	-0.1663	-0.0267	-0.0795	-0.2106	0.0087	0.0641	0.0324	-0.0294	0.0029	0.0549	-0.0019	-0.0347	14.9622	8.472	-8.6245
5	1.0172	-0.3021	-0.0642	1.6045	-0.2864	0.9219	0.0743	0.1169	-0.1377	0.021	-0.0244	0.145	-0.0759	0.0465	-0.05	-0.0429	-0.0014	-0.0029	-0.0187	-0.0221	-0.0281	7.2274	-1.3072	-2.243
6	0.0002	0.3407	0.5432	1.232	1.2768	1.8032	0.0381	-0.1977	-0.018	0.1293	-0.0437	-0.1304	0.2674	0.0581	0.0056	-0.0071	-0.0116	-0.0152	0.041	0.0205	-0.0205	10.3699	-4.7323	12.9273
7	2.4105	-1.3168	1.3783	3.0171	-2.2135	4.6101	0.0563	0.0462	0.1751	0.0001	0.0891	0.1547	-0.1306	-0.1277	-0.1454	-0.0294	-0.0047	0.0046	0.0007	0.0034	-0.0001	0.8156	8.5918	2.5614

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|348 - 376}	A	348 - 376
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|377 - 383}	A	377 - 383
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|384 - 402}	A	384 - 402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|403 - 410}	A	403 - 410
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|411 - 435}	A	411 - 435
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|436 - 443}	A	436 - 443
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|444 - 460}	A	444 - 460

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