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万見
- PDB-5uo2: Structure of human neuronal nitric oxide synthase heme domain in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uo2
タイトルStructure of human neuronal nitric oxide synthase heme domain in complex with 7-[(3-Ethyl-5-((methylamino)methyl)phenoxy)methyl]quinolin-2-amine
要素Nitric oxide synthase, brain
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / nitric oxide synthase / inhibitor complex / heme enzyme / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / synaptic signaling by nitric oxide ...positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of potassium ion transport / regulation of postsynaptic membrane potential / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase (NADPH) / sodium channel regulator activity / negative regulation of serotonin uptake / regulation of neurogenesis / regulation of cardiac muscle contraction / nitric-oxide synthase activity / multicellular organismal response to stress / xenobiotic catabolic process / L-arginine catabolic process / striated muscle contraction / regulation of sodium ion transport / negative regulation of blood pressure / Ion homeostasis / response to hormone / nitric oxide biosynthetic process / photoreceptor inner segment / T-tubule / sarcoplasmic reticulum membrane / cell redox homeostasis / calyx of Held / sarcoplasmic reticulum / cell periphery / calcium channel regulator activity / establishment of localization in cell / sarcolemma / caveola / cellular response to growth factor stimulus / potassium ion transport / vasodilation / Z disc / calcium-dependent protein binding / calcium ion transport / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / positive regulation of neuron apoptotic process / response to heat / scaffold protein binding / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / calmodulin binding / response to hypoxia / postsynaptic density / membrane raft / heme binding / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / PDZ domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8J4 / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.947 Å
データ登録者Li, H. / Poulos, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM57353 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Nitrile in the Hole: Discovery of a Small Auxiliary Pocket in Neuronal Nitric Oxide Synthase Leading to the Development of Potent and Selective 2-Aminoquinoline Inhibitors.
著者: Cinelli, M.A. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide synthase, brain
B: Nitric oxide synthase, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,26912
ポリマ－97,5692
非ポリマー2,70010
水11,115617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area33770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.344, 122.799, 165.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitric oxide synthase, brain / Constitutive NOS / NC-NOS / NOS type I / Neuronal NOS / nNOS / Peptidyl-cysteine S-nitrosylase NOS1 / bNOS


分子量: 48784.496 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 302-722 / 変異: R354A,G357D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 345 to 349 are disordered. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOS1 / 器官: brain / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29475, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 6種, 627分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3
#4: 化合物 ChemComp-8J4 / 7-({3-ethyl-5-[(methylamino)methyl]phenoxy}methyl)quinolin-2-amine


分子量: 321.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H23N3O
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 % / 解説: plate
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 8% PEG3350,35mM citric acid,65mM Bis-Tris-Propane,10% glycerol,5mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→60 Å / Num. obs: 76250 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.895 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.94→2 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 3.273 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4140 / CC1/2: 0.283 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSOct 15, 2015データ削減
Aimless0.5.25データスケーリング
REFMAC5.8.0049位相決定
精密化解像度: 1.947→39.833 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 29.27
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 6549 4.91 %random
Rwork0.1821 ---
obs0.1847 70310 88.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.947→39.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6721 0 187 617 7525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077174
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1229769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7852617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9468-1.9690.5813990.53681566X-RAY DIFFRACTION34
1.969-1.99210.42341940.45362832X-RAY DIFFRACTION60
1.9921-2.01640.43762010.40463555X-RAY DIFFRACTION75
2.0164-2.04190.408720.39051489X-RAY DIFFRACTION31
2.0419-2.06880.51451670.42543814X-RAY DIFFRACTION80
2.0688-2.09710.47171670.40063250X-RAY DIFFRACTION67
2.0971-2.12710.35532370.30944548X-RAY DIFFRACTION96
2.1271-2.15890.3292480.30374609X-RAY DIFFRACTION96
2.1589-2.19260.32092230.3014684X-RAY DIFFRACTION97
2.1926-2.22850.35792150.28154531X-RAY DIFFRACTION96
2.2285-2.26690.42482100.35584182X-RAY DIFFRACTION87
2.2669-2.30820.28732250.24874622X-RAY DIFFRACTION96
2.3082-2.35260.26682250.23564560X-RAY DIFFRACTION96
2.3526-2.40060.26752680.22374579X-RAY DIFFRACTION96
2.4006-2.45280.2942480.22884545X-RAY DIFFRACTION95
2.4528-2.50980.31442710.20784354X-RAY DIFFRACTION91
2.5098-2.57260.26152390.20144614X-RAY DIFFRACTION97
2.5726-2.64210.25922440.19584659X-RAY DIFFRACTION97
2.6421-2.71980.29072620.22224625X-RAY DIFFRACTION97
2.7198-2.80760.2452170.18184628X-RAY DIFFRACTION97
2.8076-2.90790.25692020.18524739X-RAY DIFFRACTION97
2.9079-3.02430.252420.17184570X-RAY DIFFRACTION97
3.0243-3.16190.23652280.16654614X-RAY DIFFRACTION96
3.1619-3.32850.22282380.16524473X-RAY DIFFRACTION94
3.3285-3.53690.21972390.15744697X-RAY DIFFRACTION98
3.5369-3.80980.17422650.13524655X-RAY DIFFRACTION98
3.8098-4.19290.17412340.12524646X-RAY DIFFRACTION97
4.1929-4.79870.15332250.11574646X-RAY DIFFRACTION97
4.7987-6.04250.17842390.13784742X-RAY DIFFRACTION99
6.0425-39.84180.19712050.15624671X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6055-0.15490.1810.85060.29181.54320.009-0.01770.0222-0.0228-0.0558-0.03690.01940.10190.04380.1985-0.04360.04790.26280.02090.2466117.6815250.7221361.4674
20.5243-0.03150.24120.7787-0.08192.43010.01740.03310.0207-0.0262-0.07370.1352-0.0788-0.09420.05160.2380.01710.03050.3198-0.04930.2724115.9446249.2149324.1039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 302:722)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 304:721)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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