PDB-5unq: Crystal Structure of Pt0534 Inactivated by 2-Oxo-3-pentynoate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5unq

タイトル

Crystal Structure of Pt0534 Inactivated by 2-Oxo-3-pentynoate

要素

(Putative tautomerase) x 2

キーワード

HYDROLASE / 4-Oxalocrotonate tautomerase / MIF / cisCaaD / dehalogenase

機能・相同性

4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / Putative tautomerase

機能・相同性情報

生物種

Pusillimonas sp.

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.976 Å

データ登録者

LeVieux, J. / Baas, B.J. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: A global view of structure-function relationships in the tautomerase superfamily.
著者: Davidson, R. / Baas, B.J. / Akiva, E. / Holliday, G.L. / Polacco, B.J. / LeVieux, J.A. / Pullara, C.R. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P. / Babbitt, P.C.

履歴

登録	2017年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Author supporting evidence / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5unq.cif.gz	289.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5unq.ent.gz	238.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5unq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5unq_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5unq_full_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示
XML形式データ	5unq_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	5unq_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/5unq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/5unq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6blmC 3n4gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vvw-7 3ej7-1 3ej3-2 4wrb-d 4z1u-1 1s0y-2 6b2c-d 5hvs-d 6peg-d 4wr8-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative tautomerase

B: Putative tautomerase

D: Putative tautomerase

E: Putative tautomerase

F: Putative tautomerase

C: Putative tautomerase

78.8 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Putative tautomerase

F: Putative tautomerase

C: Putative tautomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Putative tautomerase

D: Putative tautomerase

E: Putative tautomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.214, 57.586, 63.528
Angle α, β, γ (deg.)	106.69, 104.54, 94.03
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative tautomerase 分子量: 13116.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pusillimonas sp. (strain T7-7) (バクテリア) 株: T7-7 / 遺伝子: PT7_0534 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: F4GMX9
#2: タンパク質	Putative tautomerase 分子量: 13228.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pusillimonas sp. (strain T7-7) (バクテリア) 株: T7-7 / 遺伝子: PT7_0534 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: F4GMX9
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 24% PEG 4000 0.2 M ammonium acetate 0.1 M trisodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 47036 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 6.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N4G

3n4g

解像度: 1.976→40.83 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	2289	4.87 %
R_work	0.2119	-	-
obs	0.2141	47016	95.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.976→40.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5492	0	0	645	6137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5570
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.53	7510
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.917	2094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.019	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	981

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9756-2.0186	0.354	129	0.2919	2147	X-RAY DIFFRACTION	74
2.0186-2.0655	0.2995	128	0.2738	2641	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0655-2.1172	0.3433	144	0.2776	2736	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1172-2.1744	0.3026	153	0.2599	2780	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1744-2.2384	0.2981	161	0.2657	2809	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2384-2.3107	0.3282	128	0.2594	2829	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3107-2.3932	0.3121	137	0.2456	2883	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3932-2.489	0.3134	144	0.2368	2874	X-RAY DIFFRACTION	97
2.489-2.6023	0.2836	151	0.2316	2842	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6023-2.7395	0.3082	155	0.2381	2867	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7395-2.9111	0.2747	154	0.2189	2877	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9111-3.1358	0.2944	135	0.2224	2864	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1358-3.4512	0.2284	145	0.2095	2895	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4512-3.9502	0.203	148	0.1824	2872	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9502-4.9755	0.1931	158	0.152	2880	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9755-40.8387	0.2132	119	0.1867	2931	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0383	0.0909	-0.0093	0.0709	-0.0225	0.0274	0.0554	-0.0703	-0.1548	-0.1137	0.046	-0.0236	-0.1418	-0.041	0	0.0929	0.0136	-0.0166	0.1031	0.0053	0.1186	-32.1802	-7.5645	-80.6899
2	0.0036	0.0015	-0.0068	-0.0005	0.0048	0.0014	0.0698	0.0288	-0.0342	0.0427	0.1027	0.0031	-0.0644	0.045	-0	0.1783	0.013	-0.0086	0.1768	0.0002	0.1687	-46.3566	3.0066	-85.1589
3	-0.0096	-0.0463	0.0084	0.0157	0.0521	0.0136	0.075	-0.1351	-0.0037	0.0031	-0.0243	0.0945	-0.1719	0.0036	0	0.1106	-0.0118	-0.0234	0.1846	-0.0076	0.1133	-36.9302	3.2881	-76.5298
4	0.0283	0.0182	-0.0261	0.0965	0.1053	0.0501	-0.0905	-0.0147	0.0111	0.0229	0.0368	-0.1722	-0.0619	-0.0948	0	0.1444	0.0112	-0.02	0.1792	0.0137	0.1728	-30.681	1.5279	-74.2094
5	0.0001	0.0013	0.004	0.0088	-0.011	0.005	-0.003	-0.0158	-0.0332	0.0887	-0.1684	-0.0037	0.0306	0.0542	0	0.1827	-0.0056	-0.0157	0.1419	0.049	0.1801	-34.0813	-13.4467	-56.8108
6	0.0004	-0.0542	-0.0279	0.0627	0.0326	0.0334	-0.1059	0.0204	0.0821	0.0115	0.0719	-0.0783	-0.0882	-0.0627	-0	0.1137	-0.0185	0.016	0.1269	0.0068	0.0915	-48.4276	-5.7157	-108.7689
7	0.0057	-0.0061	-0.0216	0.0044	0.0051	0.0272	-0.005	-0.0021	-0.1007	0.2537	-0.0611	0.0301	-0.1344	0.0503	-0	0.1043	0.0173	0.0064	0.1836	-0.02	0.1669	-47.2233	-19.1308	-97.5266
8	0.0124	-0.0172	-0.0023	-0.0018	0.0038	0.0063	-0.0284	0.1605	0.0218	0.0268	0.1589	0.2001	0.1198	-0.076	-0	0.1334	-0.0084	-0.0194	0.3157	-0.1419	-0.2673	-56.6592	-14.4019	-116.5698
9	0.0349	0.07	0.009	0.0532	0.0987	0.0415	0.1727	0.1108	0.0143	-0.1	-0.0808	0.012	0.0408	0.0406	-0	0.1158	0.0017	0.0445	0.1692	0.0007	0.1396	-54.6018	-12.6	-114.7698
10	0.0588	-0.0289	0.1014	0.1809	-0.087	0.2078	0.0442	0.0833	-0.0514	0.093	-0.0249	-0.0122	-0.0394	-0.0399	0	0.1182	-0.0002	0.0128	0.1297	-0.0312	0.1176	-66.9242	-6.7573	-97.4076
11	0.0041	-0.0181	0.0187	0.0033	0.0261	-0.0228	0.0878	-0.0173	-0.0143	-0.2039	-0.0631	-0.0539	0.0723	-0.0131	-0	0.1577	0.0219	-0.0338	0.1503	-0.0284	0.1949	-72.9059	-15.9258	-108.2075
12	-0.0209	-0.0034	0.065	0.0339	0.0193	0.0827	-0.0254	-0.0551	-0.0139	-0.1057	0.0356	-0.0223	0.0307	-0.0202	0	0.1465	-0.0107	-0.0391	0.156	-0.0309	0.1867	-72.5131	-13.707	-105.51
13	0.1337	-0.0905	-0.046	0.0736	0.0639	0.1406	-0.1085	-0.0274	0.0162	-0.0134	0.1121	-0.0349	-0.0348	-0.0327	-0	0.1302	0.0166	-0.0046	0.1459	-0.0235	0.1223	-54.4186	5.7052	-77.8733
14	-0.0102	0.021	0.01	0.0019	-0.0064	0.0031	-0.0432	-0.0618	-0.1145	0.1001	0.0776	-0.031	0.0694	0.0771	0	0.1177	0.0013	-0.0265	0.1945	-0.026	0.143	-45.0658	11.6719	-67.4103
15	-0.0147	-0.0239	-0.0109	0.1394	0.0918	0.0968	-0.0456	-0.0706	0.0947	0.0091	-0.0351	0.023	-0.0657	0.0045	-0	0.1259	0.0022	-0.0331	0.1452	-0.0228	0.1455	-47.3883	11.3588	-69.9797
16	0.0383	-0.0633	0.0899	-0.0291	0.0588	0.0197	0.0332	-0.0412	-0.0485	-0.086	-0.0642	0.0349	-0.1204	-0.1262	0	0.1368	0.0249	0.0032	0.1585	0.0223	0.1244	-54.5313	-12.1409	-68.0937
17	0.0737	-0.0781	0.0864	0.0126	-0.0319	0.0396	0.057	0.1309	-0.2406	0.1369	0.0414	-0.1088	0.0963	0.0364	-0	0.1783	-0.0226	0.0276	0.0508	0.0769	0.0133	-44.2293	-12.6136	-65.3642
18	-0.0543	-0.0259	-0.0184	-0.0036	-0.0228	0.0194	-0.0097	-0.383	0.0499	0.1963	-0.001	-0.0477	0.208	-0.2771	0	0.1591	0.0181	-0.0026	0.143	-0.0143	0.138	-48.8342	-0.6369	-61.1892
19	0.0727	0.0292	0.0318	0.0061	0.0292	0.0023	0.1218	-0.0373	-0.1418	-0.0369	-0.0174	-0.0099	-0.0026	0.0457	0	0.1481	-0.0003	-0.0232	0.1033	0.0331	0.1709	-54.9106	-28.7672	-93.1508
20	0.0014	-0.0062	0.0025	0.0021	0.0019	-0.001	-0.0958	0.0778	-0.0022	-0.0617	-0.0361	-0.0147	-0.0123	0.0634	0	-0.1779	0.7396	0.3984	-0.7053	-0.452	-0.1069	-48.1608	-31.433	-104.2304
21	0.0035	-0.0048	0.0029	0.0146	0.0038	-0.0036	-0.0553	-0.0196	-0.0908	0.2012	0.051	-0.1165	-0.0198	-0.0494	-0	0.1884	-0.0221	0.0235	0.1432	0.0362	0.116	-65.185	-17.0748	-90.0216
22	-0.0163	-0.0187	-0.0102	0.0665	0.0252	-0.0023	0.1203	-0.2592	0.0061	-0.1051	0.0704	-0.1573	0.1844	-0.0365	0	0.1666	-0.0127	-0.0035	0.0368	0.0378	0.1152	-62.1049	-32.5433	-101.6127
23	-0.0072	0.0488	0.0193	-0.0182	0.0077	0.0077	0.0171	0.179	-0.1641	0.0299	0.0388	0.1544	-0.0014	0.0105	0	0.1556	-0.001	0.0221	0.1349	0.0099	0.1767	-65.7852	-27.055	-99.9705
24	0.0034	-0.0082	0.006	-0.0016	-0.0001	0.001	0.2647	-0.0398	-0.015	-0.0495	0.2868	0.2545	0.0037	-0.0093	0	-0.0218	0.1599	0.2795	0.2857	-0.3974	-0.2043	-49.3117	-23.6525	-116.0934
25	0.0051	-0.0006	0.0011	0.0064	0.0037	0.0027	-0.0717	0.0041	-0.0458	0.0227	-0.0114	-0.003	0.095	-0.0245	-0	0.2326	0.0423	0.0166	0.4712	-0.1394	0.1779	-48.8504	-28.8618	-119.3396

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 3:42 )	B	3 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 43:52 )	B	43 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 53:72 )	B	53 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 73:112 )	B	73 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 113:123 )	B	113 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 2:39 )	A	2 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 40:61 )	A	40 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 62:73 )	A	62 - 73
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 74:123 )	A	74 - 123
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 2:61 )	C	2 - 61
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 62:73 )	C	62 - 73
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 74:122 )	C	74 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 2:61 )	D	2 - 61
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 62:73 )	D	62 - 73
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 74:122 )	D	74 - 122
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN E AND RESID 2:46 )	E	2 - 46
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN E AND RESID 47:92 )	E	47 - 92
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 93:123 )	E	93 - 123
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN F AND RESID 2:32 )	F	2 - 32
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN F AND RESID 33:39 )	F	33 - 39
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN F AND RESID 40:61 )	F	40 - 61
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN F AND RESID 62:92 )	F	62 - 92
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN F AND RESID 93:106 )	F	93 - 106
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN F AND RESID 107:116 )	F	107 - 116
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN F AND RESID 117:123 )	F	117 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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