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- PDB-5unj: Structure of Human Liver Receptor Homolog 1 in complex with PGC1a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5unj
タイトルStructure of Human Liver Receptor Homolog 1 in complex with PGC1a and RJW100
要素
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
  • Peroxisome proliferator-activated gamma coactivator 1-alpha
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclear receptor / agonist / coregulator
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / inner cell mass cell differentiation / tissue development ...positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation / Sertoli cell development / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of stem cell differentiation / positive regulation of fatty acid oxidation / embryonic cleavage / bile acid metabolic process / cellular respiration / embryo development ending in birth or egg hatching / exocrine pancreas development / cartilage development / negative regulation of chondrocyte differentiation / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / temperature homeostasis / response to starvation / homeostatic process / lncRNA binding / response to muscle activity / intracellular glucose homeostasis / calcineurin-mediated signaling / response to dietary excess / fatty acid oxidation / energy homeostasis / somatic stem cell population maintenance / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of viral genome replication / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / digestion / hormone-mediated signaling pathway / neurogenesis / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of gluconeogenesis / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / cholesterol homeostasis / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / chromatin DNA binding / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / phospholipid binding / positive regulation of T cell activation / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / mRNA processing / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...Nuclear hormone receptor family 5 / PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RJW / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.959 Å
データ登録者Mays, S.G. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK095750 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)F31DK111171 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008602 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH K12GM000680 米国
引用ジャーナル: Mol. Pharmacol. / 年: 2017
タイトル: Structure and Dynamics of the Liver Receptor Homolog 1-PGC1 alpha Complex.
著者: Mays, S.G. / Okafor, C.D. / Tuntland, M.L. / Whitby, R.J. / Dharmarajan, V. / Stec, J. / Griffin, P.R. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
C: Peroxisome proliferator-activated gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2413
ポリマ－29,8552
非ポリマー3871
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.180, 84.027, 45.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 28330.693 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 299-541 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2, B1F, CPF, FTF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00482
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated gamma coactivator 1-alpha


分子量: 1523.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-RJW / (1R,3aR,6aR)-5-hexyl-4-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,2,3,3a,6,6a-hexahydropentalen-1-ol


分子量: 386.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H34O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05M Sodium acetate, pH 4.6; PEG4000 14%, glycerol 15-21%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 18170 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 32.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.819 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 111677
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-2.0250.3840.9150.1760.4250.48883.8
2.02-2.15.30.3330.6920.1520.3680.52991.6
2.1-2.25.50.2450.9320.1110.270.62196.1
2.2-2.315.80.1990.9840.0880.2180.70298.1
2.31-2.466.10.180.9830.0780.1970.80198.6
2.46-2.656.30.1610.9840.070.1760.94399.4
2.65-2.916.60.1430.9880.060.1550.96599.9
2.91-3.336.80.1260.9940.0520.1371.074100
3.33-4.26.90.0940.9950.0380.1021.043100
4.2-506.70.0710.9960.030.0770.71599.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIX1.10.1_2155位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L11

5l11


解像度: 1.959→42.014 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 1270 7.01 %
Rwork0.1993 --
obs0.2012 18122 96.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.1 Å2 / Biso mean: 46.7829 Å2 / Biso min: 22.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.959→42.014 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 63 58 2031
Biso mean--35.22 42.68 -
残基数----236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4892666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7831190
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.959-2.03750.28731150.24921525164080
2.0375-2.13020.21151320.2311753188592
2.1302-2.24250.22271410.20521860200197
2.2425-2.3830.22891420.20541891203398
2.383-2.5670.2151430.20171892203599
2.567-2.82520.25151450.196919342079100
2.8252-3.23390.23141470.211119552102100
3.2339-4.07390.24121470.188319632110100
4.0739-42.02310.20781580.191620792237100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86710.424-1.64922.7871-2.03324.84270.00360.10040.26910.04850.22220.2847-0.0071-0.6831-0.23330.2181-0.0216-0.02040.4073-0.04430.3003-17.554722.4518-20.826
22.11760.42040.90352.2878-1.02239.10410.0443-0.3860.00950.0469-0.21740.11970.2494-0.8371-0.0810.27160.0063-0.02070.39540.00810.2923-14.832112.8906-14.9247
36.63382.8659-1.45528.4928-4.49888.28260.01140.5197-0.044-1.44310.350.3376-0.2061-0.89910.02870.43670.009-0.09370.43920.05660.3063-12.390513.4427-35.1051
42.29741.86490.61543.28670.57853.63820.1085-0.2395-0.2683-0.3866-0.0258-0.1001-0.1099-0.15210.03960.22470.0297-0.00290.37530.07910.2642-7.119115.7091-20.4682
53.6845-0.43282.05883.9231-0.80835.5518-0.1218-0.3640.36250.6598-0.31210.1952-0.5975-0.2688-0.00150.3617-0.03990.01480.4395-0.07210.3273-9.892824.885-2.9031
62.40252.0494-0.75782.84240.792.3397-0.0893-0.3198-0.18730.5396-0.174-0.5457-0.25490.07490.26220.2566-0.0191-0.03970.4807-0.02730.33240.939523.9937-8.5749
72.49211.83860.00356.98891.91814.5323-0.02510.0005-0.3095-0.4868-0.0679-0.36450.1238-0.13590.0190.19630.02430.04620.24110.03650.2571-3.602521.023-27.6423
82.78672.06160.82018.43421.19143.937-0.25970.30380.0128-0.5670.2621-0.6932-0.04380.2922-0.05340.25130.03750.07650.31040.00440.31761.072127.3352-33.1167
91.62552.4064-1.67576.8864-4.44444.70230.0979-0.2517-0.326-0.0326-0.4506-0.53840.22970.47590.23350.23240.03890.00510.36550.06640.34531.556814.7462-14.8316
101.0373-0.01261.13033.2306-1.5352.18060.1651-0.7539-0.50450.2979-0.26750.38180.4063-0.4867-0.01090.4349-0.094-0.07080.44810.10150.4465-10.82242.8958-11.0003
115.86230.29082.87446.9582-1.19842.07870.1190.76210.15-1.09940.32860.12760.4306-0.5236-0.05250.4787-0.1569-0.05630.4183-0.03960.3496-17.20393.0498-25.6322
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 300 through 340 )A300 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 341 through 361 )A341 - 361
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 362 through 370 )A362 - 370
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 371 through 397 )A371 - 397
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 398 through 421 )A398 - 421
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 422 through 440 )A422 - 440
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 441 through 466 )A441 - 466
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 467 through 494 )A467 - 494
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 495 through 522 )A495 - 522
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 523 through 538 )A523 - 538
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 743 through 751 )C743 - 751

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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