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- PDB-5und: Crystal Structure of CTCF(ZnF 4-10) With 28-mer DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5und
タイトルCrystal Structure of CTCF(ZnF 4-10) With 28-mer DNA
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Transcriptional repressor CTCF
キーワードtranscription/dna / transcription factor zinc finger protein-DNA binding insulator/chromatin architecture / transcription-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / epigenetic regulation of gene expression ...chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / epigenetic regulation of gene expression / male germ cell nucleus / transcription coregulator binding / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc-finger domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor CTCF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.549 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Versatile and Methylation-Dependent Binding of CTCF to DNA.
著者: Hashimoto, H. / Wang, D. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Corces, V.G. / Cheng, X.
履歴
登録2017年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor CTCF
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
B: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,14825
ポリマ－82,8986
非ポリマー1,24919
水1,38777
1
A: Transcriptional repressor CTCF
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,03112
ポリマ－41,4493
非ポリマー5829
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,11613
ポリマ－41,4493
非ポリマー66710
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.072, 73.825, 93.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 24231.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49711

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8526.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8691.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 96分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 28% PEG 2000 MME 100mM Bis-Tris, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→34.6 Å / Num. obs: 33435 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 55.3 Å2 / CC1/2: 0.59 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/av σ(I): 1.94 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.986 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3301 / Rpim(I) all: 0.458 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KKQ

5kkq


解像度: 2.549→34.613 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 3251 5.02 %
Rwork0.2111 --
obs0.2124 64813 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.549→34.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2486 2102 42 77 4707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.447109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.1622580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5488-2.58680.40811320.35262506X-RAY DIFFRACTION91
2.5868-2.62720.35471530.32622620X-RAY DIFFRACTION98
2.6272-2.67030.31161330.31612625X-RAY DIFFRACTION99
2.6703-2.71630.33421340.30652672X-RAY DIFFRACTION99
2.7163-2.76570.3041520.27542728X-RAY DIFFRACTION100
2.7657-2.81880.27241520.26392691X-RAY DIFFRACTION100
2.8188-2.87630.35181360.26182664X-RAY DIFFRACTION100
2.8763-2.93880.25731440.27092704X-RAY DIFFRACTION100
2.9388-3.00720.25141330.262739X-RAY DIFFRACTION100
3.0072-3.08230.32411320.25462710X-RAY DIFFRACTION100
3.0823-3.16560.28941450.25582673X-RAY DIFFRACTION100
3.1656-3.25870.25221370.24722657X-RAY DIFFRACTION99
3.2587-3.36380.26231460.21952683X-RAY DIFFRACTION98
3.3638-3.48390.2471300.22452698X-RAY DIFFRACTION99
3.4839-3.62330.22151400.20882660X-RAY DIFFRACTION100
3.6233-3.7880.22011420.2092709X-RAY DIFFRACTION100
3.788-3.98740.24971510.19382664X-RAY DIFFRACTION100
3.9874-4.23680.20451410.18052744X-RAY DIFFRACTION100
4.2368-4.56330.22181420.18462684X-RAY DIFFRACTION100
4.5633-5.02130.2431380.18962712X-RAY DIFFRACTION100
5.0213-5.7450.21321460.17962679X-RAY DIFFRACTION100
5.745-7.22720.20781420.20852687X-RAY DIFFRACTION100
7.2272-34.61570.18931500.16982653X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1731-0.1293-0.40040.5290.32651.0076-0.25730.7252-0.1007-0.0649-0.30321.15760.1352-0.7966-0.61060.5345-0.1357-0.21580.7801-0.13711.43632.87725.468112.0496
20.13540.17350.11990.37340.28490.5039-0.12420.39470.4212-0.0337-0.06950.35980.14750.0558-0.02310.3007-0.0295-0.04160.279-0.03990.490722.245219.402215.947
30.24490.0063-0.14430.01080.06110.04-0.02490.1930.19940.4646-0.16010.35111.00510.2766-0.03380.69990.0001-0.05620.3954-0.14080.298834.29622.33796.8469
40.785-0.40260.36161.8733-1.90162.30410.09060.08910.1320.4128-0.8197-0.4476-0.26010.244-0.64030.5878-0.0925-0.06170.2792-0.20890.409339.3317-3.3043-13.7833
50.00380.00510.01910.0265-0.0146-0.0179-0.0625-0.19920.39450.36090.7903-0.440.07360.43820.0060.943-0.1716-0.33581.2969-0.36211.369566.1859-1.8049-6.9405
60.09060.08970.09690.0991-0.01240.06690.04980.06020.1985-0.14720.2786-0.10420.2849-0.7024-0.00020.5764-0.00610.07920.7725-0.06151.131714.83439.665616.3895
70.2707-0.2371-0.14160.18310.11870.0719-0.41830.4153-0.1873-0.562-0.3926-0.07470.1113-0.0978-0.02630.8235-0.1307-0.18080.92780.11250.480530.314416.7499-0.6635
80.0187-0.0219-0.0923-0.07020.04480.0287-0.6580.76970.4753-0.4640.1316-0.36050.21590.4235-01.2376-0.27430.43191.8770.07881.715955.799513.1384-12.4326
90.0555-0.01110.0387-0.0087-0.07860.07560.5989-0.28670.5317-0.13790.7086-0.44390.3024-0.0073-0.00021.4576-0.08720.46531.93420.23282.006856.832913.1339-13.5299
100.50060.13490.4730.94050.35050.1886-0.28320.1994-0.1556-0.40960.04890.3279-0.1515-0.1155-0.01160.4115-0.0514-0.00080.5527-0.06350.489621.194510.058911.0149
110.0228-0.0282-0.0157-0.00470.00680.01080.0972-0.1215-0.43280.44830.2494-0.26370.05310.05210.12180.35341.0882-0.14842.04751.04831.6225-2.7408-0.956737.5569
120.31840.2214-0.26520.1754-0.22160.3541-0.2425-0.0761-0.00580.1932-0.5066-0.2948-0.28990.3769-0.55120.99740.0919-0.87031.61230.02481.5477-7.679916.329446
13-0.001-0.14360.10690.6832-0.31230.31690.0104-0.2758-0.0849-0.2136-0.3789-0.38960.00880.2022-0.12360.3144-0.0269-0.03530.42490.1210.3383-23.821117.80133.3463
140.06380.3739-0.0420.0306-0.48380.1337-0.1105-0.0601-0.0026-0.2049-0.2434-0.04780.27840.1572-0.50870.61310.11990.06590.28770.09450.3338-37.701-1.58847.9895
150.0774-0.00140.1010.45230.10060.0986-0.07830.14440.3058-0.9994-0.42590.0239-0.1088-0.3874-0.02990.65870.1433-0.10750.48570.02770.3322-48.684-5.99458.7154
160.09760.3640.19851.32570.83960.45940.64850.17540.47980.46980.3435-0.37051.00820.39650.35880.38040.23460.16261.18280.30941.1295-15.75298.698434.6286
170.16310.29630.1610.50140.14950.2009-0.5126-1.2375-0.20790.86250.25541.2094-0.3016-0.0761-0.08380.91780.12230.32340.85020.14830.806-43.500612.446949.6204
180.00440.0113-0.00630.0291-0.01360.01840.1105-0.0896-0.244-0.0861-0.52620.00280.12040.279202.23050.09830.99482.8718-0.00152.6423-66.503412.106363.8413
190.27170.1380.07860.07030.03670.0439-0.01990.0102-0.0179-0.0263-0.05720.00270.01780.01590.00072.57350.11240.242.58890.13412.9155-84.28195.859860.9065
200.01470.0041-0.0171-0.0073-0.00390.00340.44160.01310.002-0.0710.1168-0.18230.0587-0.163301.8823-0.1094-0.02962.7419-0.16792.4803-68.29078.219458.8196
210.003-0.03480.0090.00850.01210.01-0.39630.01390.6225-0.1336-0.17540.4357-0.13650.10750.00021.37110.43820.49451.2642-0.12021.4737-49.69413.804757.0049
220.2245-0.1461-0.17080.78750.11260.3971-0.4259-0.5532-0.78720.4195-0.2246-0.3934-0.33250.674-0.81740.21590.05750.05040.66270.29740.5928-21.95918.922537.4777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 348:390 )A348 - 390
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 391:429 )A391 - 429
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 430:459 )A430 - 459
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 460:491 )A460 - 491
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 492:518 )A492 - 518
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 1:10 )C1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 11:15 )C11 - 15
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 16:26 )C16 - 26
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND RESID 3:12 )D3 - 12
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND RESID 13:28 )D13 - 28
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 348:374 )B348 - 374
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 375:390 )B375 - 390
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 391:429 )B391 - 429
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 430:478 )B430 - 478
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 479:492 )B479 - 492
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 1:10 )E1 - 10
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN E AND RESID 11:20 )E11 - 20
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN E AND RESID 21:25 )E21 - 25
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 26:26 )E26
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN F AND RESID 4:8 )F4 - 8
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN F AND RESID 9:13 )F9 - 13
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN F AND RESID 14:28 )F14 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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