[日本語] English
万見
- PDB-5un9: The crystal structure of human O-GlcNAcase in complex with Thiamet-G -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5un9
タイトルThe crystal structure of human O-GlcNAcase in complex with Thiamet-G
要素Protein O-GlcNAcase
キーワードHYDROLASE / Human O-GlcNAcase / Thiemat-G
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoprotein metabolic process / hyalurononglucosaminidase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / glycoprotein catabolic process / protein O-linked glycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / identical protein binding ...glycoprotein metabolic process / hyalurononglucosaminidase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / glycoprotein catabolic process / protein O-linked glycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Acyl-CoA N-acyltransferase / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NHT / Protein O-GlcNAcase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, B. / Jiang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of Wisconsin-Madison 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structures of human O-GlcNAcase and its complexes reveal a new substrate recognition mode.
著者: Li, B. / Li, H. / Lu, L. / Jiang, J.
履歴
登録2017年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein O-GlcNAcase
B: Protein O-GlcNAcase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,1444
ポリマ－115,6472
非ポリマー4972
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area33080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.572, 96.106, 89.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Protein O-GlcNAcase / OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma- ...OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma-expressed antigen 5 / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase / Nuclear cytoplasmic O-GlcNAcase and acetyltransferase / NCOAT


分子量: 57823.566 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 60-400 and 553-704 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGEA5, HEXC, KIAA0679, MEA5
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: O60502, protein O-GlcNAcase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-NHT / (3AR,5R,6S,7R,7AR)-2-(ETHYLAMINO)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D][1,3]THIAZOLE-6,7-DIOL / 1,2-(チオ(1-(エチルアミノ)メチリジンニトリロ))-1,2-ジデオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


分子量: 248.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N2O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.128 M potassium thiocyanate, 0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.016 M imidazole (pH 7.0), 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.02 M MES monohydrate (pH 6.5), 12.8% w/v ...詳細: 0.128 M potassium thiocyanate, 0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.016 M imidazole (pH 7.0), 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.02 M MES monohydrate (pH 6.5), 12.8% w/v polyethylene glycol 3,350, 3.2% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 5% v/v polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 44310 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2106 / CC1/2: 0.785 / Rpim(I) all: 0.278 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TKE

5tke


解像度: 2.5→29.797 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.96
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2604 2107 5.01 %Random
Rwork0.2103 ---
obs0.2127 42091 94.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6922 0 32 238 7192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117141
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2119665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8084217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4904-2.54830.3214820.25141504X-RAY DIFFRACTION54
2.5483-2.6120.33861070.262055X-RAY DIFFRACTION73
2.612-2.68260.30441390.24422665X-RAY DIFFRACTION95
2.6826-2.76150.28981510.24352772X-RAY DIFFRACTION99
2.7615-2.85060.28611510.23922815X-RAY DIFFRACTION100
2.8506-2.95240.30781330.23472808X-RAY DIFFRACTION100
2.9524-3.07040.30721510.23182809X-RAY DIFFRACTION100
3.0704-3.210.25631530.22742801X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.37910.28251550.21892779X-RAY DIFFRACTION100
3.3791-3.59040.24731320.21072830X-RAY DIFFRACTION100
3.5904-3.86710.25531520.20852811X-RAY DIFFRACTION100
3.8671-4.25530.24291410.19382819X-RAY DIFFRACTION100
4.2553-4.86870.2091500.17592822X-RAY DIFFRACTION100
4.8687-6.12530.25361640.19362805X-RAY DIFFRACTION100
6.1253-29.79910.23931460.19642889X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 121.2206 Å / Origin y: 11.7123 Å / Origin z: -56.4994 Å
111213212223313233
T0.1609 Å2-0.0137 Å2-0.014 Å2-0.2699 Å2-0.0242 Å2--0.1508 Å2
L1.0087 °20.0952 °2-0.3956 °2-0.8592 °2-0.0005 °2--1.0034 °2
S-0.041 Å °-0.3559 Å °-0.0071 Å °-0.1069 Å °0.0813 Å °-0.0251 Å °-0.0443 Å °0.4678 Å °-0.0221 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る