PDB-5umw: Crystal structure of TnmS2, an antibiotic binding protein from St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5umw

タイトル

Crystal structure of TnmS2, an antibiotic binding protein from Streptomyces sp. CB03234

要素

Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

キーワード

Tiancimycin-binding protein / glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase superfamily / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

lactoylglutathione lyase activity / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Chang, C.Y. / Chang, C. / Nocek, B. / Rudolf, J.D. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Resistance to Enediyne Antitumor Antibiotics by Sequestration.
著者: Chang, C.Y. / Yan, X. / Crnovcic, I. / Annaval, T. / Chang, C. / Nocek, B. / Rudolf, J.D. / Yang, D. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B.

履歴

登録	2017年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.3	2020年9月23日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5umw.cif.gz	173.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5umw.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5umw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5umw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5umw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5umw_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	5umw_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5umpC 5umqC 5umxC 5umyC 6bbxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bgf-5 6wyo-1 2vfc-2 4c5p-d 6cky-d 6qbv-1 5f2t-2 3hem-d 2vfb-d 5olu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

B: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

C: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

D: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

E: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

F: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

ヘテロ分子

104 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

F: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

E: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

D: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.298, 74.298, 342.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase 分子量: 17194.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア) 遺伝子: tnmS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A125SA26
#2: 化合物	ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mM magnesium sulfate hydrate, 50 mM HEPES sodium, and 1.6 M lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915, 0.97941

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97915	1
2	0.97941	1

反射

Entry-ID: 5UMW / Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 9 %

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I)
2.26-50	52843	99.7	0.998	0.077	0.027	0.081	14.8
2.27-50	52435	99.9	0.999	0.063	0.022	0.066	33.7

反射シェル

解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.0851 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2585 / Num. unique obs: 48510 / CC_1/2: 0.795 / R_pim(I) all: 0.335 / R_rim(I) all: 0.917 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
AutoSol		位相決定
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.27→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 7.4 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26313	2536	5 %	RANDOM
R_work	0.20548	-	-	-
obs	0.20845	48510	97.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.27→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6316	0	54	291	6661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	6512
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.958	1.974	8830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.096	3	14001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.16	5	791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.496	23.161	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.792	15	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.378	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.185	3.186	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.186	3.186	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.011	4.765	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.01	4.765	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.282	3.942	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.282	3.942	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.166	5.615	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.294	38.446	7073
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.294	38.407	7047
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.268→2.327 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	152	-
R_work	0.273	2780	-
obs	-	-	76.87 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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