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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5umf
タイトルCrystal Structure of a Ribulose-phosphate 3-epimerase from Neisseria gonorrhoeae with bound phosphate
要素Ribulose-phosphate 3-epimerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / Ribulose-phosphate 3-epimerase / metal binding / pentose-phosphate shunt / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-phosphate 3-epimerase / D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity / pentose catabolic process / pentose-phosphate shunt / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-phosphate 3-epimerase / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 2. / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 1. / Ribulose-phosphate 3-epimerase-like / Ribulose-phosphate 3 epimerase family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribulose-phosphate 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Ribulose-phosphate 3-epimerase from Neisseria gonorrhoeae with bound phosphate
著者: Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose-phosphate 3-epimerase
B: Ribulose-phosphate 3-epimerase
C: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,11413
ポリマ-76,2643
非ポリマー85010
14,088782
1
A: Ribulose-phosphate 3-epimerase
B: Ribulose-phosphate 3-epimerase
C: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子

A: Ribulose-phosphate 3-epimerase
B: Ribulose-phosphate 3-epimerase
C: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,22726
ポリマ-152,5286
非ポリマー1,69920
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area16570 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area43590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.730, 70.900, 83.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-470-

HOH

21A-533-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribulose-phosphate 3-epimerase


分子量: 25421.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain NCCP11945) (淋菌)
: NCCP11945 / 遺伝子: NGK_1119 / プラスミド: NegoA.18161.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4RLV9, ribulose-phosphate 3-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: NegoA.18161.a.B1.PS38017 at 26.22 mg/ml mixed 1:1 with an equal volume Morpheus (b3): 10% (w/v) PEG-4000, 20% (v/v) glycerol, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03 M each sodium fluoride, sodium ...詳細: NegoA.18161.a.B1.PS38017 at 26.22 mg/ml mixed 1:1 with an equal volume Morpheus (b3): 10% (w/v) PEG-4000, 20% (v/v) glycerol, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.03 M each sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→40.684 Å / Num. obs: 132656 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.749 % / Biso Wilson estimate: 12.94 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 11.09 / Num. measured all: 497286 / Scaling rejects: 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.443.6980.5382.343625698181649298040.7980.63199.9
1.44-1.483.7060.4262.9735482958595750.8510.49999.9
1.48-1.523.720.3313.7534315924492240.9050.38799.8
1.52-1.573.7260.2634.6633544901490020.9390.30799.9
1.57-1.623.7410.2085.7732744877287520.9570.24399.8
1.62-1.673.7520.1766.6931460839183850.9710.20699.9
1.67-1.743.7620.1447.9630834821681960.9790.16899.8
1.74-1.813.7670.1199.4829496783578300.9850.13999.9
1.81-1.893.7740.111.2928449754675390.9870.11799.9
1.89-1.983.7720.08113.3827164722772010.9920.09599.6
1.98-2.093.7720.07315.2125861686668560.9920.08599.9
2.09-2.213.7840.06516.9524610651365040.9930.07599.9
2.21-2.373.7720.0618.2722962610260880.9930.0799.8
2.37-2.563.7850.05719.221427567256610.9940.06799.8
2.56-2.83.7790.05520.1619867526952570.9950.06499.8
2.8-3.133.7820.05421.3617868473347250.9930.06399.8
3.13-3.613.7720.05322.4515814420741920.9950.06299.6
3.61-4.433.7570.05323.1113427358435740.9940.06299.7
4.43-6.263.7220.05522.9810218275427450.9940.06599.7
6.26-40.6843.550.05422.665488157215460.9930.06498.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_2621: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3INP
解像度: 1.4→40.684 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1648 2019 1.52 %
Rwork0.1484 --
obs0.1487 132647 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.43 Å2 / Biso mean: 18.9641 Å2 / Biso min: 7.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→40.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5028 0 48 806 5882
Biso mean--41.58 31.34 -
残基数----670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8447582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087875
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5892111
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.4-1.4350.24831740.231392629436
1.435-1.47380.23021660.206293049470
1.4738-1.51720.22531640.188992529416
1.5172-1.56620.17741380.168693159453
1.5662-1.62210.18691390.156692589397
1.6221-1.68710.1621340.153593799513
1.6871-1.76390.19531330.153992709403
1.7639-1.85690.17271330.150693599492
1.8569-1.97320.16731380.143293289466
1.9732-2.12560.16981330.141892949427
2.1256-2.33940.17031440.143393319475
2.3394-2.67790.16381260.142993829508
2.6779-3.37360.15041420.143294099551
3.3736-40.70080.13421550.135294859640
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4836-0.5606-1.3432.29841.51183.63540.0191-0.1228-0.15610.0932-0.01930.04530.1480.0181-0.03960.14410.0052-0.01970.1040.03850.14661.2173-7.363716.2059
24.04421.2144-4.04060.3987-1.15589.2025-0.04270.1417-0.1519-0.0256-0.0114-0.10070.0737-0.06210.11030.15010.0135-0.03380.06830.00630.17020.8322-14.2566.9067
30.59780.4121-0.16660.9819-0.23770.76080.0048-0.0215-0.1218-0.03150.0112-0.02350.1385-0.0041-0.01530.1193-0.0001-0.00460.07910.00780.1033-2.851-1.82547.6969
42.08680.31110.14592.76680.81551.18430.0166-0.0179-0.0198-0.0583-0.00910.1179-0.0111-0.101-0.00470.0836-0.0009-0.00440.0920.01820.0655-10.13078.697211.7839
56.5154-0.5707-0.60141.4845-0.45440.94150.0462-0.0804-0.02660.025-0.0588-0.08810.04020.00470.00840.137-0.0088-0.01990.12330.00580.06050.43539.173321.0448
64.0508-0.269-2.56541.76550.11731.6357-0.063-0.2562-0.05170.3745-0.0084-0.00330.0091-0.24150.07770.2366-0.00560.00120.26520.02340.0591-1.22687.969431.5938
73.7031-1.2369-1.28762.62590.8612.91690.0402-0.24-0.21310.26480.0258-0.12690.145-0.0339-0.04290.1656-0.0355-0.02370.10540.04720.09551.704-0.881226.4493
82.25250.2643-1.16462.96422.38184.99540.0220.027-0.15590.14450.1233-0.33750.12810.1431-0.14380.14090.0024-0.03190.12750.03840.16045.4781-8.623518.6583
93.8079-1.2706-0.75423.2586-2.06824.7270.0124-0.4684-0.2250.49560.1362-0.1644-0.08590.0215-0.09170.2369-0.0108-0.08680.16940.09380.20065.456-13.846625.4987
101.57720.4797-1.09122.4055-0.96561.3849-0.0062-0.11760.07530.06570.0477-0.1128-0.02540.0733-0.06140.1253-0.0189-0.02390.1471-0.04660.163924.819637.805816.2513
113.4195-1.70264.94871.2375-1.67768.98570.04740.06430.1178-0.0408-0.0486-0.0473-0.10980.1710.02470.1082-0.03930.00310.133-0.0240.175930.999240.90466.9599
121.1907-0.0410.04090.1497-0.09120.4893-0.0053-0.00470.05290.01040.0185-0.064-0.06030.1024-0.01070.0936-0.0173-0.00920.121-0.01050.118322.202331.42517.9547
138.10320.681-0.19633.6762-0.62152.5293-0.07090.2314-0.2287-0.15540.066-0.03770.17230.00810.01260.1054-0.0084-0.00360.0806-0.01670.062817.025920.96615.8126
143.08960.3113-0.70642.4491-0.15381.2849-0.0277-0.0574-0.12840.03320.0369-0.10380.05170.0965-0.00740.08580.0048-0.02090.0962-0.00460.06416.391519.539514.4904
152.1496-1.5070.69417.1675-1.00021.0276-0.0099-0.07290.1478-0.0161-0.0015-0.0497-0.03270.02820.00490.10070.0011-0.0060.1408-0.03710.060310.856128.896721.1129
164.157-3.1242.13373.5516-2.67173.18930.0349-0.4357-0.04040.2506-0.04910.03330.2345-0.04330.06040.2189-0.0259-0.02630.2735-0.01290.090112.730627.785631.841
171.89670.5582-0.57451.5262-0.21641.45610.1092-0.25180.23430.1429-0.03540.0444-0.09210.0846-0.08270.1244-0.0156-0.02650.184-0.05490.131520.676537.884823.8792
181.83130.45230.24813.91770.72695.1210.0682-0.44650.27860.4617-0.0189-0.0387-0.02310.0659-0.01870.1856-0.0344-0.03210.2746-0.14420.212828.350644.605625.8496
192.4013-0.56811.7131.7292-0.88614.7140.04420.09260.1094-0.12270.0274-0.00770.03450.0431-0.1080.1131-0.0260.02790.14060.00430.157426.116935.6449-16.1787
200.4232-0.34070.19095.058-4.09243.3539-0.05520.01070.05230.10110.0079-0.1189-0.090.06950.09970.0956-0.0310.0020.1449-0.02280.175931.867639.4465-6.874
210.5250.4399-0.21770.7113-0.3020.86830.021-0.00690.0279-0.0346-0.0083-0.0799-0.0130.1084-0.00960.1005-0.0102-0.00150.12860.00090.115518.620432.1112-7.9138
221.00230.483-0.22940.6471-0.2931.31840.0529-0.01630.01350.02080.0203-0.1281-0.18960.1432-0.04680.1325-0.02640.00510.1265-0.00230.149420.020341.52-7.4103
234.05351.17460.42354.82730.24142.16230.0285-0.19850.15690.1951-0.02770.1346-0.1156-0.1357-0.00350.09420.00520.00850.1077-0.00610.07317.600737.3571-5.7761
242.80640.39760.26432.60170.5761.43030.01510.03230.1915-0.0637-0.01170.078-0.1202-0.00840.0020.0907-0.00150.00180.08360.01840.07776.080237.5084-14.4663
253.9363-4.36730.28676.0453-0.98720.39310.22820.2402-0.2827-0.427-0.12930.38980.1848-0.0997-0.02830.1525-0.0192-0.02680.1496-0.00540.11934.82726.9043-24.1096
263.2935-2.2662-0.29074.227-0.41350.6486-0.0839-0.04040.02710.09540.0194-0.1811-0.02990.11870.04120.1366-0.02220.00560.1391-0.01060.084115.260628.6958-19.2761
273.8052-3.31032.00796.5075-3.14393.8559-0.0610.41350.045-0.23790.03560.0666-0.1309-0.12890.0130.2036-0.04070.00590.26240.0180.071211.851329.5808-31.7001
283.3115-0.49490.6692.2347-0.04392.8318-0.0270.27730.0517-0.21180.0835-0.1939-0.08730.0904-0.07020.1394-0.04880.03340.13660.00860.093221.139631.6741-26.7309
292.67490.50641.37882.40060.29973.79120.06180.0863-0.09880.01430.0676-0.27260.13040.2139-0.08080.132-0.01190.0320.1468-0.00840.144429.347832.5581-18.6069
305.3560.8250.40464.19361.74766.5022-0.0260.60220.0151-0.52250.1964-0.1976-0.20840.1355-0.10090.1766-0.04250.08710.206-0.01280.175433.563335.3148-26.2021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 14 )A3 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 27 )A15 - 27
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 28 through 69 )A28 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 116 )A70 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 117 through 150 )A117 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 151 through 171 )A151 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 172 through 194 )A172 - 194
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 195 through 210 )A195 - 210
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 211 through 225 )A211 - 225
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 14 )B3 - 14
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 15 through 27 )B15 - 27
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 28 through 69 )B28 - 69
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 70 through 82 )B70 - 82
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 83 through 116 )B83 - 116
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 117 through 150 )B117 - 150
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 151 through 171 )B151 - 171
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 172 through 210 )B172 - 210
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 211 through 225 )B211 - 225
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 3 through 14 )C3 - 14
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 15 through 27 )C15 - 27
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 28 through 49 )C28 - 49
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 50 through 69 )C50 - 69
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 70 through 82 )C70 - 82
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 83 through 116 )C83 - 116
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 117 through 128 )C117 - 128
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 129 through 150 )C129 - 150
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 151 through 171 )C151 - 171
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 172 through 194 )C172 - 194
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 195 through 210 )C195 - 210
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 211 through 226 )C211 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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