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万見
- PDB-5ulw: Structure of human DNA polymerase iota bound to template 1-methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ulw
タイトルStructure of human DNA polymerase iota bound to template 1-methyl-deoxyadenosine
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3')
  • DNA (5'-D(*TP*(MA7)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3')
  • DNA polymerase iota
キーワードThansferase/DNA / human DNA polymerase iota N1-methyl-deoxyadenosine dTTP TLS / Thansferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck ...error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck / DNA repair / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.617 Å
データ登録者Jain, R. / Aggarwal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01-ES021452 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Mechanism of error-free DNA synthesis across N1-methyl-deoxyadenosine by human DNA polymerase-iota.
著者: Jain, R. / Choudhury, J.R. / Buku, A. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2017年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3')
T: DNA (5'-D(*TP*(MA7)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3')
A: DNA polymerase iota
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0166
ポリマ－52,4743
非ポリマー5423
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.918, 97.918, 202.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3')


分子量: 2091.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*(MA7)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3')


分子量: 3355.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA polymerase iota / Eta2 / RAD30 homolog B


分子量: 47027.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLI, RAD30B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNA4, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 4種, 90分子

#4: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM MES, pH 6.0, 18 % PEG 5KMME, 0.4 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→50 Å / Num. obs: 18059 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.62→2.71 Å / Num. unique all: 1730 / % possible all: 69.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FLL

2fll


解像度: 2.617→48.959 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 1419 7.88 %
Rwork0.2038 --
obs0.2074 18014 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.617→48.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2775 322 31 87 3215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0084431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7531897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6172-2.71070.30391220.22981606X-RAY DIFFRACTION99
2.7107-2.81920.30451440.23961599X-RAY DIFFRACTION100
2.8192-2.94750.26731300.2411635X-RAY DIFFRACTION100
2.9475-3.10290.36021250.23441637X-RAY DIFFRACTION100
3.1029-3.29730.29411470.22551630X-RAY DIFFRACTION100
3.2973-3.55180.25391460.20071638X-RAY DIFFRACTION100
3.5518-3.90910.24911430.18921660X-RAY DIFFRACTION100
3.9091-4.47440.23271610.17971659X-RAY DIFFRACTION100
4.4744-5.6360.20121390.19091703X-RAY DIFFRACTION100
5.636-48.96750.22941620.20611828X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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