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- PDB-5ulj: Crystal structure of Scheffersomyces stipitis Rai1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ulj
タイトルCrystal structure of Scheffersomyces stipitis Rai1 in complex with (3'-NADP)+ and calcium ion
要素RAI1
キーワードHYDROLASE / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II termination complex / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / Las1 complex / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / NAD-cap decapping / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...RNA polymerase II termination complex / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / Las1 complex / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / NAD-cap decapping / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / enzyme regulator activity / mRNA processing / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0WD / PYROPHOSPHATE / Decapping nuclease RAI1
類似検索 - 構成要素
生物種Scheffersomyces stipitis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.911 Å
データ登録者Doamekpor, S.K. / Tong, L.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: 5' End Nicotinamide Adenine Dinucleotide Cap in Human Cells Promotes RNA Decay through DXO-Mediated deNADding.
著者: Jiao, X. / Doamekpor, S.K. / Bird, J.G. / Nickels, B.E. / Tong, L. / Hart, R.P. / Kiledjian, M.
履歴
登録2017年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAI1
B: RAI1
C: RAI1
D: RAI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,48010
ポリマ－186,5534
非ポリマー1,9276
水15,457858
1
A: RAI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4243
ポリマ－46,6381
非ポリマー7852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RAI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4243
ポリマ－46,6381
非ポリマー7852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RAI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8162
ポリマ－46,6381
非ポリマー1781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RAI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8162
ポリマ－46,6381
非ポリマー1781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.350, 102.476, 101.194
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RAI1 / RAI1


分子量: 46638.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis (strain ATCC 58785 / CBS 6054 / NBRC 10063 / NRRL Y-11545) (菌類)
参照: UniProt: A3LNL5
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-0WD / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(3-aminocarbonyl-4H-pyridin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 % / Mosaicity: 0.926 ° / Mosaicity esd: 0.006 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M NH4Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月23日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 129210 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 25.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 470441
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.91-1.9830.483126100.7220.3380.5930.74897.9
1.98-2.063.30.345128660.8540.2270.4150.84399.4
2.06-2.153.70.248128950.9350.1480.2890.95399.6
2.15-2.263.70.189128860.9590.1130.221.199.7
2.26-2.413.70.146129000.9730.0870.171.12999.8
2.41-2.593.70.114129210.9830.0680.1331.13699.9
2.59-2.853.80.087129690.9880.0510.1011.082100
2.85-3.273.80.068130110.9910.040.0790.918100
3.27-4.113.80.069130070.990.0410.0810.96199.9
4.11-503.80.061131450.9920.0360.0710.89599.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.12 Å49.68 Å
Translation7.12 Å49.68 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.911→49.679 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 2009 1.56 %
Rwork0.2076 --
obs0.2083 129162 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.25 Å2 / Biso mean: 29.692 Å2 / Biso min: 10.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.911→49.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12520 0 97 858 13475
Biso mean--36.78 33.59 -
残基数----1527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68617338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9925006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9107-1.95850.31371360.2698618875495
1.9585-2.01150.26911480.25199054920299
2.0115-2.07070.26731420.23949052919499
2.0707-2.13750.28781390.231690489187100
2.1375-2.21390.27141500.227590729222100
2.2139-2.30250.28141360.226991259261100
2.3025-2.40730.25021460.219790839229100
2.4073-2.53420.28391400.224990879227100
2.5342-2.6930.29731460.224691409286100
2.693-2.90090.26081410.225291439284100
2.9009-3.19280.24651470.221891369283100
3.1928-3.65470.26791430.200291529295100
3.6547-4.6040.22881470.169991819328100
4.604-49.69550.21351480.18429262941099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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