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- PDB-5ukv: DHp domain of PhoR of M. tuberculosis - SeMet -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ukv
タイトルDHp domain of PhoR of M. tuberculosis - SeMet
要素ATP-binding protein
キーワードTRANSFERASE / Histidine kinase / DHp domain / dimer / helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...: / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079185 米国
引用ジャーナル: ACS Omega / 年: 2017
タイトル: Asymmetric Structure of the Dimerization Domain of PhoR, a Sensor Kinase Important for the Virulence of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Xing, D. / Ryndak, M.B. / Wang, L. / Kolesnikova, I. / Smith, I. / Wang, S.
履歴
登録2017年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-binding protein
B: ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,03711
ポリマ－17,0902
非ポリマー9469
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.215, 74.593, 45.467
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-binding protein / Histidine kinase


分子量: 8545.190 Da / 分子数: 2 / 断片: DHp domain (UNP residues 240-310) / 変異: R309K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71815, histidine kinase

-
非ポリマー , 7種, 35分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 200, sodium potassium phosphate, potassium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 11719 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.195 / Χ2: 2.047 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9320.4845070.7720.3450.5990.83181.5
1.93-1.972.50.6124940.6540.3970.7361.02485.3
1.97-2.013.10.5655460.8110.3090.6480.94592.5
2.01-2.053.30.5095640.80.2780.5841.11792.8
2.05-2.093.60.4575980.8270.240.521.22495.4
2.09-2.143.90.4215660.8560.2160.4761.47494.8
2.14-2.194.20.3935510.8980.1990.4431.38995.7
2.19-2.254.50.3736070.8950.1870.421.50698.9
2.25-2.324.70.3440.9010.1710.3861.57399.5
2.32-2.3950.3210.9080.1540.3581.65599.5
2.39-2.485.20.3060.9220.1450.341.65299.8
2.48-2.585.20.2670.9470.1260.2971.83999.8
2.58-2.695.60.2590.9440.1180.2851.809100
2.69-2.845.50.2350.9680.1080.2592.012100
2.84-3.015.90.2150.9570.0950.2352.273100
3.01-3.255.90.1830.9760.0820.2012.288100
3.25-3.575.80.1540.9790.070.172.349100
3.57-4.085.80.1370.9840.060.152.77100
4.08-5.135.80.1380.9770.060.153.158100
5.13-205.60.1550.9810.0740.1723.827100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 8.109 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.1588 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.139
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2117 560 4.8 %RANDOM
Rwork0.1795 ---
obs0.1812 11141 96.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.32 Å2 / Biso mean: 33.687 Å2 / Biso min: 16.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-0.3 Å2
2---2.59 Å20 Å2
3---2.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1166 0 61 26 1253
Biso mean--50.26 49.3 -
残基数----148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0191228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4072.0461618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28832844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8015146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.64521.78656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.75815206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2871518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02252
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 28 -
Rwork0.257 708 -
all-736 -
obs--82.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0378-0.1791-0.04831.05430.42590.29050.0103-0.0047-0.00070.0181-0.03930.05010.0501-0.05240.0290.0169-0.01620.00760.0254-0.01450.0213-6.8428.2969-7.5022
20.14240.37610.0621.01810.17920.0839-0.0870.0448-0.0143-0.19150.1331-0.0497-0.04860.0743-0.04610.0498-0.03260.01310.0738-0.03390.0160.554311.152-11.3747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A237 - 310
2X-RAY DIFFRACTION2B237 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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