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- PDB-5ukh: Structure of TelC from Streptococcus intermedius B196 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ukh
タイトルStructure of TelC from Streptococcus intermedius B196
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Antibacterial effector protein / Lipid II phosphatase / Type VII secretion / Esx secretion
機能・相同性LXG domain of WXG superfamily / LXG domain / LXG domain profile. / metal ion binding / LXG domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus intermedius B196 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Whitney, J.C. / Ching, M.Q. / Bryant, D. / Mougous, J.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI080609 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: A broadly distributed toxin family mediates contact-dependent antagonism between gram-positive bacteria.
著者: Whitney, J.C. / Peterson, S.B. / Kim, J. / Pazos, M. / Verster, A.J. / Radey, M.C. / Kulasekara, H.D. / Ching, M.Q. / Bullen, N.P. / Bryant, D. / Goo, Y.A. / Surette, M.G. / Borenstein, E. / ...著者: Whitney, J.C. / Peterson, S.B. / Kim, J. / Pazos, M. / Verster, A.J. / Radey, M.C. / Kulasekara, H.D. / Ching, M.Q. / Bullen, N.P. / Bryant, D. / Goo, Y.A. / Surette, M.G. / Borenstein, E. / Vollmer, W. / Mougous, J.D.
履歴
登録2017年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0564
ポリマ－41,9361
非ポリマー1203
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.383, 132.689, 58.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

CA

21A-603-

CA

31A-714-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 41935.555 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 201-552 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus intermedius B196 (バクテリア)
遺伝子: SIR_1489 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1ZG69
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 0.1 M CaCl2, 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→49.2 Å / Num. obs: 34824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / Net I/σ(I): 11.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.98→49.2 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 1740 5.69 %
Rwork0.2215 --
obs0.2228 30558 87.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 3 154 2691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8843492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8791540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.03830.45871170.45451926X-RAY DIFFRACTION72
2.0383-2.10410.44421200.41472043X-RAY DIFFRACTION75
2.1041-2.17930.33661450.35322176X-RAY DIFFRACTION81
2.1793-2.26650.37511360.3132223X-RAY DIFFRACTION82
2.2665-2.36970.32461380.27942276X-RAY DIFFRACTION84
2.3697-2.49460.26171360.25062333X-RAY DIFFRACTION86
2.4946-2.65090.25881460.23032452X-RAY DIFFRACTION90
2.6509-2.85560.2591510.22282499X-RAY DIFFRACTION92
2.8556-3.14290.28141540.22732558X-RAY DIFFRACTION94
3.1429-3.59760.24941550.19992697X-RAY DIFFRACTION98
3.5976-4.5320.19491700.17172748X-RAY DIFFRACTION99
4.532-49.21820.18551720.18762887X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.05830.8736-1.00853.4174-0.79112.74030.3985-0.6489-0.75340.6187-0.1183-0.97150.87381.1817-0.18810.84480.1738-0.12910.6499-0.03070.451543.305141.90750.9509
22.34-0.0637-1.62882.3883-0.76675.28240.16830.36850.3518-0.3242-0.0052-0.3228-0.32480.3074-0.14420.56170.0255-0.00690.30250.03580.359839.999955.053531.5621
32.417-1.0584-2.44933.0781.14674.1331-0.29540.3201-0.24230.0401-0.0650.30830.5841-0.50410.34390.72870.0192-0.00970.3566-0.02370.286928.507231.846736.5763
44.26422.6918-2.50957.0809-1.48986.2380.2063-0.03560.18380.9008-0.1968-0.1719-0.76190.1575-0.070.57040.1043-0.01270.307-0.01550.27227.26848.914945.128
54.25420.3732-1.61084.31410.7782.1922-0.07620.23040.29210.0020.11560.0843-0.2889-0.1506-0.00630.74830.0683-0.05340.2682-0.00150.281726.607854.399649.1396
67.72310.8644.22451.41660.20292.2899-0.2014-0.56410.48660.3761-0.04220.3248-0.0682-0.58070.23070.70760.04420.04010.5388-0.12770.41310.766756.013954.4811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 212 through 239 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 240 through 328 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 329 through 393 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 394 through 413 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 414 through 488 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 489 through 550 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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