PDB-5ui6: Solution NMR Structure of Lasso Peptide Acinetodin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ui6

タイトル

Solution NMR Structure of Lasso Peptide Acinetodin

要素

Acinetodin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / lasso peptide RNAP inhibitor / STRUCTURE FROM CYANA 2.1

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter gyllenbergii CIP 110306T (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Bushin, L.B. / Metelev, M. / Severinov, K. / Seyedsayamdost, M.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Acinetodin and Klebsidin, RNA Polymerase Targeting Lasso Peptides Produced by Human Isolates of Acinetobacter gyllenbergii and Klebsiella pneumoniae.
著者: Metelev, M. / Arseniev, A. / Bushin, L.B. / Kuznedelov, K. / Artamonova, T.O. / Kondratenko, R. / Khodorkovskii, M. / Seyedsayamdost, M.R. / Severinov, K.

履歴

登録	2017年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ui6.cif.gz	59.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ui6.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ui6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ui6_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ui6_full_validation.pdf.gz	478.8 KB	表示
XML形式データ	5ui6_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	5ui6_validation.cif.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5ui6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5ui6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ui7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6b17-2 1in3-d 1kmr-d 7ccn-d 2luf-d 6b17-4 6b17-5 5ui7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30229Solution NMR Structure of Lasso Peptide Acinetodin

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acinetodin

1.98 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	target function

#1: タンパク質・ペプチド	Acinetodin 分子量: 1976.127 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-50 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: lasso fold 由来: (天然) Acinetobacter gyllenbergii CIP 110306T (バクテリア) 参照: UniProt: V2V089

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	6	1	anisotropic	1	1D 1H
1	1	1	anisotropic	1	2D 1H-1H COSY
1	2	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	anisotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	anisotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	5	1	anisotropic	1	2D 1H-13C HMBC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 10 mg/mL NA Acinetodin, 90% H2O/10% D2O / Label: Acinetodin / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 10 mg/mL / 構成要素: Acinetodin / Isotopic labeling: NA
試料状態	Ionic strength units: Not defined / Label: Acinetodin / pH: 7 Not defined / 圧: ambient Pa / 温度: 283 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software

名称	開発者	分類
MestReNova	Mestrelab	データ解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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