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万見
- PDB-5ui2: CRYSTAL STRUCTURE OF ORANGE CAROTENOID PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ui2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ORANGE CAROTENOID PROTEIN
要素Orange carotenoid-binding protein
キーワードcarotenoid binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


light absorption / phycobilisome / chloride ion binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能
orange carotenoid protein, domain 2 / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain superfamily / Orange carotenoid protein, N-terminal / Orange carotenoid protein (OCP) N-terminal domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily ...orange carotenoid protein, domain 2 / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain superfamily / Orange carotenoid protein, N-terminal / Orange carotenoid protein (OCP) N-terminal domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / Orange carotenoid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrospira maxima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者KERFELD, C.A. / SAWAYA, M.R. / VISHNU, B. / KROGMANN, D. / YEATES, T.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM 31299 米国
United States Department of Agriculture (USDA)USDA1999-01759 米国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of a cyanobacterial water-soluble carotenoid binding protein.
著者: Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Brahmandam, V. / Cascio, D. / Ho, K.K. / Trevithick-Sutton, C.C. / Krogmann, D.W. / Yeates, T.O.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR., SECT.D / 年: 1997
タイトル: CRYSTALS OF THE CAROTENOID PROTEIN FROM ARTHROSPIRA MAXIMA CONTAINING UNIFORMLY ORIENTED PIGMENT MOLECULES
著者: KERFELD, C.A. / WU, Y.P. / CHAN, C. / KROGMANN, D.W. / YEATES, T.O.
履歴
登録2017年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年1月25日ID: 1M98
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orange carotenoid-binding protein
B: Orange carotenoid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2947
ポリマ－70,7472
非ポリマー1,5475
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)217.200, 40.761, 75.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Orange carotenoid-binding protein / OCP


分子量: 35373.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arthrospira maxima (バクテリア) / 参照: UniProt: P83689
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EQ3 / (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 3'-Hydroxyechinenone / 3'-OH-Echinenone / 3′-ヒドロキシエキネノン


分子量: 566.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: PEG 3350, SODIUM CHLORIDE, TRIS, PH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0094 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月16日 / 詳細: COLLIMATING MIRROR OPTICS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0094 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→64.55 Å / Num. obs: 37373 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.38 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9331 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8915 / SU R Cruickshank DPI: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.285 / SU Rfree Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.22
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1800 4.98 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
obs0.2155 36112 92.55 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.43 Å2 / Biso mean: 41.04 Å2 / Biso min: 13.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0441 Å20 Å2-0.591 Å2
2---2.0085 Å20 Å2
3---5.0526 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.418 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4938 0 109 320 5367
Biso mean--24.14 36.63 -
残基数----630
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1846SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes149HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes740HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5156HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion689SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6297SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5156HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7024HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.24
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3425 130 4.99 %
Rwork0.2806 2477 -
all0.2836 2607 -
obs--92.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13910.32430.04870.90740.2752.5268-0.0192-0.0644-0.0235-0.02870.0293-0.12430.02640.0919-0.010.0108-0.11260.03440.012-0.0205-0.150339.6831-1.98247.0384
20.6578-0.0749-0.05580.575-0.37452.69630.2212-0.14110.04840.12270.01820.0736-0.9350.4199-0.23940.322-0.25820.1569-0.1817-0.0866-0.215314.55723.460127.066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 317
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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