[日本語] English
万見
- PDB-5uht: Structure of the Thermotoga maritima HK853-BeF3-RR468 complex at ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uht
タイトルStructure of the Thermotoga maritima HK853-BeF3-RR468 complex at pH 5.0
要素
  • Response regulator
  • Sensor histidine kinase
キーワードTRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / Two component system HK853 RR468 / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain ...Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / Response regulator / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Response regulator / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Liu, Y. / Rose, J. / Jiang, L. / Zhou, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115355 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A pH-gated conformational switch regulates the phosphatase activity of bifunctional HisKA-family histidine kinases.
著者: Liu, Y. / Rose, J. / Huang, S. / Hu, Y. / Wu, Q. / Wang, D. / Li, C. / Liu, M. / Zhou, P. / Jiang, L.
履歴
登録2017年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase
B: Response regulator
C: Sensor histidine kinase
D: Response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,86620
ポリマ－86,8454
非ポリマー2,02016
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11470 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area30970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.970, 98.380, 72.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase


分子量: 29509.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 232-489 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0853
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZV7
#2: タンパク質 Response regulator / RR468


分子量: 13913.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0468
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYT9

-
非ポリマー , 5種, 103分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1:1 mixture of protein solution with mother liquor solution; Protein solution contains: 10 mg/mL HK853cp, 7.5 mg/mL RR468, 10 mM Tris (pH 8.0), 7 mM MgCl2, 5 mM BeCl2, 30 mM NaF, 4 mM AMPPNP. ...詳細: 1:1 mixture of protein solution with mother liquor solution; Protein solution contains: 10 mg/mL HK853cp, 7.5 mg/mL RR468, 10 mM Tris (pH 8.0), 7 mM MgCl2, 5 mM BeCl2, 30 mM NaF, 4 mM AMPPNP. Mother liquor solution contains: 0.1 M citric acid (pH 4.0), 0.8 M ammonium sulfate. Adjust final pH to 5.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→49.19 Å / Num. obs: 32777 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.875 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dge

3dge


解像度: 2.68→49.19 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 1660 5.07 %
Rwork0.1822 --
obs0.1842 32763 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5461 0 125 87 5673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7997749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5583418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005978
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.75880.29861370.26022556X-RAY DIFFRACTION100
2.7588-2.84790.22781530.22242545X-RAY DIFFRACTION100
2.8479-2.94970.25941310.20352604X-RAY DIFFRACTION100
2.9497-3.06770.27231430.2152573X-RAY DIFFRACTION100
3.0677-3.20730.2551210.19932601X-RAY DIFFRACTION100
3.2073-3.37640.23531280.18032606X-RAY DIFFRACTION100
3.3764-3.58790.22731410.17112592X-RAY DIFFRACTION100
3.5879-3.86480.19081430.16962564X-RAY DIFFRACTION100
3.8648-4.25350.21041370.15922604X-RAY DIFFRACTION100
4.2535-4.86850.19951440.15062593X-RAY DIFFRACTION100
4.8685-6.1320.23031440.19772613X-RAY DIFFRACTION100
6.132-49.19830.2041380.18622652X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29670.56160.98832.15530.98613.07160.027-0.1397-0.0055-0.03490.01320.24320.1172-0.4107-0.03410.2731-0.0140.00130.28410.06750.3368-24.818513.2365-7.4788
23.94230.9046-0.88694.158-0.8383.14980.3141-0.75220.120.5075-0.16120.01770.00340.3623-0.11510.5023-0.24570.02170.5929-0.00340.5135-36.925-5.8709-2.3351
32.5265-1.2548-0.46562.3563-0.10552.907-0.4245-1.47670.17220.67890.3984-0.0055-0.130.04160.06790.45710.1888-0.02780.6665-0.0680.3065-21.102425.090913.3062
41.7276-0.6848-0.1392.98860.49362.7824-0.5687-0.7023-0.28430.71430.23190.9978-0.2134-0.67130.31150.46670.19380.11550.646-0.00410.4661-35.70226.493811.4252
53.80790.6894-2.51692.7945-1.62362.1568-0.5079-0.92620.84571.0796-0.63020.9728-0.535-1.17450.70370.86920.14340.06151.0431-0.41680.7985-30.723737.845219.1342
61.6387-1.6168-0.98342.99531.03722.70.00180.14690.64840.1214-0.14470.3433-0.8368-0.54560.19580.47510.18540.01060.391-0.04420.5101-30.959631.93851.4224
73.5247-2.4257-2.72736.78872.89165.6351-0.1066-0.44771.3769-0.62260.27260.2817-0.90170.495-0.010.46830.0079-0.03260.417-0.15770.5796-17.16335.2363.6061
83.8303-0.77090.03672.1420.14841.91050.08310.44780.098-0.193700.228-0.2504-0.1078-0.05090.3177-0.0248-0.02750.26050.04820.2515-22.182516.1901-15.3728
93.094-0.39091.03374.0539-0.65633.80150.13540.30510.1236-0.1879-0.0889-0.37340.36620.5075-0.08030.54070.1787-0.02540.56070.11480.438-27.716334.3188-26.6867
103.7239-0.2475-0.91463.41110.30983.24860.0950.21270.073-0.3596-0.0693-0.29060.08840.5266-0.02450.69780.22440.02460.6040.12160.4199-31.080136.8756-30.8806
111.84940.4085-0.67621.13860.15843.1876-0.01120.5621-0.268-0.02190.1599-0.35-0.11590.9138-0.22740.3212-0.10180.05290.5552-0.16020.4434-5.73745.7234-23.0762
123.8027-1.85723.2014.3443-2.76394.7756-0.57180.60330.1007-0.45710.7543-0.4576-0.09590.7668-0.07690.485-0.22030.15630.9838-0.10310.4923-4.52216.5784-29.069
131.56961.4142-0.3732.9071.73092.69880.00310.84260.3988-0.28880.1065-0.3294-0.390.3215-0.09460.837-0.55720.50751.3165-0.5554-0.2189-7.42435.3426-39.0076
142.05960.2551-1.27160.77161.01052.7196-0.12160.98970.1559-0.23840.8865-1.2075-0.22351.1597-0.37250.412-0.13950.05871.0956-0.3940.7236-4.1944-0.8475-33.1714
151.93120.2935-1.13121.5186-0.82962.0516-0.27821.4504-0.4024-0.84680.60640.0295-0.34810.3313-0.0760.6521-0.1864-0.00270.8744-0.21710.4541-17.10751.2193-37.2287
161.5957-0.30070.06163.36040.20252.7749-0.45031.3865-1.18740.0036-0.01510.33290.87620.24630.34010.49140.00310.03170.735-0.25710.5258-12.8851-4.1336-32.484
174.73160.67020.98765.6808-2.64921.6116-0.2592-0.0117-0.43450.1918-0.3119-0.0742-0.1914-0.75210.29990.5787-0.0795-0.05880.5822-0.25240.5095-25.6438-5.6891-29.7621
180.740.8844-0.15972.96032.33234.58630.6373-0.0305-0.7491-0.16530.1919-0.73910.41560.4828-0.69740.3878-0.025-0.03380.3603-0.190.5194-17.1321-2.3608-23.3334
192.2091-1.132-1.03687.31961.38875.5720.19080.4587-1.23690.0130.44020.27551.01180.6536-0.56520.42640.1159-0.17580.4818-0.23470.7075-8.4181-5.5079-18.4806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 245 through 316 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 317 through 479 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 52 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 54 through 68 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 69 through 78 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 79 through 108 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 109 through 121 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 245 through 316 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 317 through 465 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 466 through 480 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 25 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 26 through 34 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 35 through 42 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 43 through 52 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 54 through 70 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 71 through 87 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 88 through 96 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 97 through 108 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 109 through 121 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る