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万見
- PDB-5uh7: Crystal structure of beta'MtbSI of Mycobacterium tuberculosis RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uh7
タイトルCrystal structure of beta'MtbSI of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase
要素DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase complex / DNA / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase ...Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 ...DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Lin, W. / Das, K. / Feng, Y. / Ebright, R.H.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Mycobacterium tuberculosis Transcription and Transcription Inhibition.
著者: Lin, W. / Mandal, S. / Degen, D. / Liu, Y. / Ebright, Y.W. / Li, S. / Feng, Y. / Zhang, Y. / Mandal, S. / Jiang, Y. / Liu, S. / Gigliotti, M. / Talaue, M. / Connell, N. / Das, K. / Arnold, E. / Ebright, R.H.
履歴
登録2017年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0252
ポリマ－39,0252
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.753, 97.500, 53.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 19512.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoC, Rv0668, MTCI376.07c
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGY7, DNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.5, and 22% PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 21229 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.841 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 91896
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.283.50.50820650.7910.3020.5930.86996.8
2.28-2.373.80.44421080.8880.2560.5140.86299.3
2.37-2.484.10.38221150.930.2120.4380.87599.8
2.48-2.614.40.30721250.9580.1640.3490.892100
2.61-2.774.60.25121390.9750.1290.2830.862100
2.77-2.994.60.16121290.9850.0830.1820.86100
2.99-3.294.60.10421240.9870.0540.1170.879100
3.29-3.764.60.07121410.9920.0380.0810.876100
3.76-4.744.60.05821380.9940.0310.0660.892100
4.74-504.40.04321450.9940.0240.0490.54997.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
精密化解像度: 2.199→36.08 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 3252 10.03 %
Rwork0.2198 --
obs0.2225 32409 77.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.98 Å2 / Biso mean: 49.2648 Å2 / Biso min: 19.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.199→36.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 0 43 2196
Biso mean---42.88 -
残基数----264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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