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- PDB-5ugu: Crystal structure of M. tuberculosis InhA inhibited by PT506 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ugu
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis InhA inhibited by PT506
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / bacterial enoyl-ACP reductase / diphenylether / residence time
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-XTV / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Eltschkner, S. / Pschibul, A. / Spagnuolo, L.A. / Yu, W. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 630 ドイツ
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Evaluating the Contribution of Transition-State Destabilization to Changes in the Residence Time of Triazole-Based InhA Inhibitors.
著者: Spagnuolo, L.A. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Daryaee, F. / Davoodi, S. / Knudson, S.E. / Allen, E.K. / Merino, J. / Pschibul, A. / Moree, B. / Thivalapill, N. / Truglio, J.J. / Salafsky, J. / ...著者: Spagnuolo, L.A. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Daryaee, F. / Davoodi, S. / Knudson, S.E. / Allen, E.K. / Merino, J. / Pschibul, A. / Moree, B. / Thivalapill, N. / Truglio, J.J. / Salafsky, J. / Slayden, R.A. / Kisker, C. / Tonge, P.J.
履歴
登録2017年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7223
ポリマ－30,7261
非ポリマー9962
水3,135174
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,88812
ポリマ－122,9054
非ポリマー3,9838
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area19260 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area34880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.655, 90.655, 182.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

HOH

21A-450-

HOH

31A-471-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 30726.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-XTV / 2-[4-[(4-cyclopropyl-1,2,3-triazol-1-yl)methyl]-2-oxidanyl-phenoxy]benzenecarbonitrile


分子量: 332.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium acetate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.72 Å / Num. obs: 28237 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 12.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4039 / CC1/2: 0.415 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDS5.8.0073データスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X23

2x23


解像度: 1.95→45.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 7.973 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21233 1433 5.1 %copy freeR from another mtz
Rwork0.16362 ---
obs0.16608 26782 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.055 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2--0.9 Å2-0 Å2
3----1.79 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→45.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 69 174 2239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0192183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3931.9832982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.223.0024840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.515284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4623.82781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.47315346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8911514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.42.1651112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3922.1621109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9783.2361391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9773.2361391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9282.4321071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9272.4331072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9353.5731584
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.91226.8032406
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.91226.8032406
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 91 -
Rwork0.332 1960 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8972-0.6021-1.04242.8474-1.56074.77620.09410.1959-0.2293-0.1673-0.10660.37050.5404-0.7080.01250.1064-0.1741-0.05740.48590.07360.2294-28.8009-9.4891-5.1338
21.1959-1.46461.96867.27760.72525.16010.0917-0.1854-0.0041-0.6872-0.21830.2306-0.1648-0.83950.12660.077-0.0268-0.00560.70110.10130.3709-36.3171-2.0924-8.486
31.44630.4302-0.23631.541-0.07092.32460.13550.0260.1298-0.01470.06890.3667-0.2121-0.868-0.20450.03170.07840.01730.36240.1020.174-23.05795.1459-0.2521
43.1328-0.37220.06971.84970.30913.37560.17490.28850.0542-0.326-0.03680.1060.1147-0.4069-0.1380.0745-0.0301-0.02350.2290.0590.1123-18.8373-2.0237-7.717
510.72721.42125.01885.7255-3.56285.5865-0.33650.1507-0.4249-0.04630.76540.1217-0.1649-0.5741-0.42890.29750.01830.0920.47720.12510.444-17.7669.6039-24.0159
61.0776-1.75220.51363.89440.3071.57510.29440.09510.1566-0.898-0.2165-0.303-0.1723-0.1473-0.07780.3577-0.0912-0.06720.36030.06720.2004-10.0236-2.1483-20.0678
71.5449-0.5968-0.04521.68580.40453.43080.07210.0867-0.05-0.07050.0710.14920.4711-0.5839-0.14310.0829-0.0973-0.05380.13570.06610.0832-13.0228-9.6695-3.5006
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3A54 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4A183 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5A202 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6A209 - 235
7X-RAY DIFFRACTION7A236 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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