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万見
- PDB-5ug7: Calcium bound Perforin C2 Domain - T431D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ug7
タイトルCalcium bound Perforin C2 Domain - T431D
要素Perforin-1
キーワードAPOPTOSIS / C2 / perforin / calcium / proteostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / protein transmembrane transport / wide pore channel activity / positive regulation of killing of cells of another organism / protein import / defense response to tumor cell ...immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / protein transmembrane transport / wide pore channel activity / positive regulation of killing of cells of another organism / protein import / defense response to tumor cell / immunological synapse / protein secretion / endosome lumen / protein homooligomerization / T cell mediated cytotoxicity / circadian rhythm / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / killing of cells of another organism / calcium ion binding / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Law, R.H.P. / Conroy, P.J. / Voskoboinik, I. / Whisstock, J.C.
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2018
タイトル: Perforin proteostasis is regulated through its C2 domain: supra-physiological cell death mediated by T431D-perforin.
著者: Brennan, A.J. / Law, R.H.P. / Conroy, P.J. / Noori, T. / Lukoyanova, N. / Saibil, H. / Yagita, H. / Ciccone, A. / Verschoor, S. / Whisstock, J.C. / Trapani, J.A. / Voskoboinik, I.
履歴
登録2017年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Perforin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6094
ポリマ－16,4891
非ポリマー1203
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.996, 31.312, 86.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Perforin-1 / P1 / Cytolysin / Lymphocyte pore-forming protein


分子量: 16489.074 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 Domain (UNP residues 410-535) / 変異: T431D, W427A, Y430A, Y886A, W488A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prf1, Pfp / プラスミド: pComb3x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10F' / 参照: UniProt: P10820
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Na-HEPES pH7.5, 10% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.34 Å / Num. obs: 12655 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 17.7 / Num. measured all: 51689 / Scaling rejects: 26
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.833.50.490.86188.6
8.99-42.343.50.0350.996199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NSJ

3nsj


解像度: 1.8→42.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Blow DPI: 0.125 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.122
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 626 4.95 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 12635 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 84.23 Å2 / Biso mean: 30.63 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7576 Å20 Å22.6284 Å2
2---1.7196 Å20 Å2
3----8.0379 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→42.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数980 0 3 90 1073
Biso mean--18.99 35.59 -
残基数----126
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d334SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes28HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes151HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1007HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion121SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1124SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1007HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1369HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.24
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 145 4.88 %
Rwork0.183 2829 -
all0.185 2974 -
obs--98.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28320.6711-0.09510.71960.0410.5445-0.07550.26920.2189-0.01140.03260.0350.0184-0.15740.04290.0726-0.0073-0.02340.09780.00540.094321.709527.754413.2769
25.5662-2.1993-4.16162.894-0.45739.52880.18640.4185-0.1643-0.7406-0.31630.7710.63830.27680.12990.2632-0.0327-0.13720.2940.0070.162918.832223.67413.6434
33.55161.7167-0.111.96930.5730.7788-0.27160.62650.3535-0.23980.15490.0491-0.0945-0.02690.11670.1702-0.012-0.02880.16040.04190.166123.07431.42859.9939
43.6729-2.3076-1.12090-2.5284-0.5980.47020.2746-0.2964-0.3804-0.28750.19970.3819-0.5688-0.18280.337-0.0901-0.07890.40210.02620.19935.475520.35689.7814
57.8133-2.33774.00392.2192-1.27561.29260.0284-0.0189-0.5058-0.31710.05080.08920.2418-0.1144-0.07920.1236-0.0297-0.00880.0499-0.02470.10428.220820.683611.894
610.1883-1.25630.05220.25290.2088-0.38950.1074-0.2189-0.54630.106-0.00470.18760.075-0.5511-0.10270.1954-0.0424-0.0230.23570.01650.250521.744220.360917.3012
78.01841.62042.73430-0.48271.63650.0729-0.1246-0.05170.13370.02410.21520.1089-0.7041-0.0970.09930.0306-0.01230.20830.01460.217510.670629.556918.8106
89.435-0.14196.08950-0.52785.4986-0.2008-0.22230.24030.00610.07-0.01230.0405-0.53930.13080.07510.0097-0.00890.1180.00370.148216.108129.250317.7916
98.41973.6911-2.50355.9988-1.06694.1039-0.06960.34350.4309-0.06010.1116-0.11610.0475-0.6656-0.0420.0720.0085-0.01270.44380.03450.1582-4.251728.86759.2516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|410 - A|442 }A410 - 442
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|443 - A|448 }A443 - 448
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|449 - A|470 }A449 - 470
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|471 - A|476 }A471 - 476
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|477 - A|490 }A477 - 490
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|491 - A|498 }A491 - 498
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|499 - A|510 }A499 - 510
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|511 - A|524 }A511 - 524
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|525 - A|535 }A525 - 535

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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