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- PDB-5ufy: Structure of Streptococcus pneumoniae peptidoglycan O-acetyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ufy
タイトルStructure of Streptococcus pneumoniae peptidoglycan O-acetyltransferase A (OatA) C-terminal catalytic domain
要素Acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / atytpical alpha/beta hydrolase / catalytic triad
機能・相同性
機能・相同性情報


: / lipopolysaccharide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / membrane => GO:0016020 / membrane
類似検索 - 分子機能
Acyltransferase 3 domain / Acyltransferase family / SGNH hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyltransferase / Acyltransferase 3 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Sychantha, D. / Jones, C. / Little, D.J. / Moynihan, P.J. / Robinson, H. / Galley, N.F. / Roper, D.I. / Dowson, C.G. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Glycomics Network カナダ
Canadian Institute for Health ResearchTGC 114045 カナダ
Canadian Institute for Health ResearchMOP 43998 カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: In vitro characterization of the antivirulence target of Gram-positive pathogens, peptidoglycan O-acetyltransferase A (OatA).
著者: Sychantha, D. / Jones, C.S. / Little, D.J. / Moynihan, P.J. / Robinson, H. / Galley, N.F. / Roper, D.I. / Dowson, C.G. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4402
ポリマ－24,4171
非ポリマー231
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.203, 70.203, 135.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-957-

HOH

21A-979-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acyltransferase


分子量: 24417.191 Da / 分子数: 1 / 変異: UNP residues 421-605 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: oatA_2, oatA, oatA_1, oatA_3, ERS020138_01729, ERS020158_01919, ERS020525_00845, ERS020528_00979, ERS020532_00615, ERS020726_01157, ERS020726_01160, ERS020726_01165, ERS021733_04500, ERS232524_00457
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: A0A0T7JIN8, UniProt: Q8CY83*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 1.8 M NaH2PO4/K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→50 Å / Num. obs: 65286 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 64.2
反射 シェル解像度: 1.12→1.16 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 13.2 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHASERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.12→40.051 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1681 1991 3.09 %
Rwork0.1502 --
obs0.1508 64409 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→40.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 0 1 243 1610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9391916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.489517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007247
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1197-1.14770.20181370.20814281X-RAY DIFFRACTION96
1.1477-1.17870.19741390.17534306X-RAY DIFFRACTION97
1.1787-1.21340.18651390.17034370X-RAY DIFFRACTION97
1.2134-1.25250.191370.1664352X-RAY DIFFRACTION98
1.2525-1.29730.16531390.16954374X-RAY DIFFRACTION98
1.2973-1.34930.17681400.16414404X-RAY DIFFRACTION98
1.3493-1.41070.18991420.16054419X-RAY DIFFRACTION99
1.4107-1.4850.15911410.15474446X-RAY DIFFRACTION99
1.485-1.57810.181440.14464464X-RAY DIFFRACTION99
1.5781-1.69990.14771430.14634505X-RAY DIFFRACTION100
1.6999-1.8710.16231440.15244522X-RAY DIFFRACTION100
1.871-2.14170.15251450.13964557X-RAY DIFFRACTION100
2.1417-2.69830.1681470.14224607X-RAY DIFFRACTION100
2.6983-40.07630.16891540.14644811X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5798-0.87020.4641.41110.10151.7383-0.01440.07140.0489-0.0175-0.0045-0.1272-0.01680.13550.00830.0613-0.01320.01920.0897-0.00430.0875-10.277527.6017-23.7559
23.85581.01850.42043.2950.2424.9729-0.01320.11890.0355-0.19160.0878-0.0345-0.0247-0.218-0.08370.03660.01970.02190.0405-0.020.0555-16.675227.9441-28.8976
32.5011-0.21732.22983.02851.6616.351-0.1681-0.18050.13540.10450.0468-0.0803-0.1871-0.12840.14010.0754-0.00270.00320.0687-0.00230.0814-18.983732.9951-11.8007
41.99930.50822.43664.2980.65758.35020.0060.00960.0106-0.0344-0.00410.0714-0.058-0.0982-0.02170.0358-0.00970.01950.094-0.00690.0706-22.947725.7656-24.3925
53.17-1.2931.46042.40662.27516.6708-0.0331-0.24370.05870.17480.2619-0.2497-0.00470.1853-0.21750.0805-0.0161-0.01190.08890.00040.0969-9.031425.7557-2.0689
61.93860.12311.18250.57410.04761.92420.0962-0.0887-0.12450.0862-0.004-0.07360.1311-0.0029-0.07620.0902-0.0094-0.02330.08070.00850.0889-12.858420.6775-8.4661
74.6459-1.37663.93531.6702-0.84043.54060.24040.3236-0.32760.0389-0.0173-0.03460.27930.2169-0.26170.11040.01080.0070.1056-0.01420.1-13.398616.0441-20.2103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 427 through 476 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 477 through 487 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 488 through 506 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 507 through 515 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 516 through 527 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 528 through 575 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 576 through 605 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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