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- PDB-5ufs: X-Ray Crystal Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ufs
タイトルX-Ray Crystal Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with triamcinolone acetonide and SHP coregulator fragment
要素
  • Ancestral Glucocorticoid Receptor2
  • SHP NR Box 1 Peptide
キーワードHORMONE RECEPTOR / Nuclear receptors (核内受容体) / glucocorticoid receptor (糖質コルチコイド受容体) / ligand binding domain (リガンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid and bile salt transport / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / animal organ regeneration / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / Notchシグナリング / cholesterol metabolic process / circadian regulation of gene expression ...bile acid and bile salt transport / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / animal organ regeneration / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / Notchシグナリング / cholesterol metabolic process / circadian regulation of gene expression / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to organic cyclic compound / Nuclear Receptor transcription pathway / 概日リズム / transcription corepressor activity / response to ethanol / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Triamcinolone acetonide / Ancestral Glucocorticoid Receptor2 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.118 Å
データ登録者Weikum, E.R. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F31GM113397-01A1 米国
引用ジャーナル: Mol. Pharmacol. / 年: 2017
タイトル: Structural Analysis of the Glucocorticoid Receptor Ligand-Binding Domain in Complex with Triamcinolone Acetonide and a Fragment of the Atypical Coregulator, Small Heterodimer Partner.
著者: Weikum, E.R. / Okafor, C.D. / D'Agostino, E.H. / Colucci, J.K. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2017年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
B: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
C: SHP NR Box 1 Peptide
D: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2526
ポリマ－59,3834
非ポリマー8692
水2,144119
1
A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
D: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1263
ポリマ－29,6922
非ポリマー4341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12350 Å2
手法PISA
2
B: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
C: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1263
ポリマ－29,6922
非ポリマー4341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.027, 52.829, 126.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ancestral Glucocorticoid Receptor2


分子量: 28573.270 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X8XLE9*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド SHP NR Box 1 Peptide


分子量: 1118.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15466*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-1TA / Triamcinolone acetonide / (4aS,4bR,5S,6aS,6bS,9aR,10aS,10bS)-4b-fluoro-5-hydroxy-6b-(hydroxyacetyl)-4a,6a,8,8-tetramethyl-4a,4b,5,6,6a,6b,9a,10,10a,10b,11,12-dodecahydro-2H,8H-naphtho[2',1':4,5]indeno[1,2-d][1,3]dioxol-2-one / トリアムシノロンアセトニド / Triamcinolone acetonide


分子量: 434.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31FO6 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 1.5 % glycerol, and 25 % PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 31952 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 32.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.11-2.1930.5580.865179.9
2.19-2.273.60.480.928199.9
2.27-2.383.60.3620.9451100
2.38-2.53.60.2790.963199.9
2.5-2.663.60.2150.978199.9
2.66-2.863.60.1510.9871100
2.86-3.153.70.120.991100
3.15-3.613.70.0840.9951100
3.61-4.543.70.0670.995199.9
4.54-503.50.0720.991199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIXdev_2621精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GN8

3gn8


解像度: 2.118→38.966 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 44.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 1590 5.01 %
Rwork0.2153 --
obs0.2172 31732 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.46 Å2 / Biso mean: 49.8495 Å2 / Biso min: 19.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.118→38.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4158 0 124 119 4401
Biso mean--34.73 41.01 -
残基数----518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5145858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3382598
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1176-2.18590.34391340.30212500263492
2.1859-2.26410.33941370.285327392876100
2.2641-2.35470.25511460.261927732919100
2.3547-2.46180.28181490.241627592908100
2.4618-2.59160.2781500.244327352885100
2.5916-2.75390.27371470.235527552902100
2.7539-2.96650.31251410.236827822923100
2.9665-3.26490.29251450.234327842929100
3.2649-3.7370.26691430.211827742917100
3.737-4.7070.20711490.161828012950100
4.707-38.97270.18141490.18382740288995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6367-2.8935-1.1864.21472.94852.99820.32380.61470.187-0.5222-0.2369-0.5169-0.179-0.1207-0.03150.3277-0.01740.02550.42130.02590.330430.610533.38946.3322
28.2384-0.99861.65756.8645-0.7383.3356-0.16690.02340.5788-0.1481-0.1292-0.3193-0.66760.37570.28010.3558-0.0883-0.02760.4603-0.02660.3829.37450.605520.189
33.3218-1.586-0.65148.15453.40525.01870.08710.41590.2171-1.04980.0822-0.7869-0.53620.5963-0.14060.4127-0.05950.09080.61730.07620.50640.571637.82634.6409
44.90323.087-1.2571.7797-0.76870.58220.15960.7948-0.2995-0.0529-0.0025-0.16410.35620.18560.03070.194-0.07880.1860.26970.1460.28898.310229.502836.7012
53.96981.4089-0.4921.1321-1.12652.33710.12550.39430.0681-0.0257-0.0222-0.01440.2189-0.0427-0.19120.21040.023-0.01050.1786-0.11150.38210.784136.885637.071
64.27020.2857-0.77252.4892-0.19091.78540.0791-0.45750.14370.2296-0.011-0.07190.0125-0.0709-0.04190.23670.0128-0.00520.2734-0.05280.23918.475535.437745.2765
72.78662.6308-0.81752.8737-1.27841.48030.1281-0.59360.13960.2185-0.2987-0.0557-0.024-0.25950.10490.3875-0.0702-0.06040.43240.01650.283910.767933.19354.8926
84.9382-1.0812-0.02484.1941-0.99673.39330.214-0.0081-0.07030.0043-0.20650.4058-0.1658-0.3718-0.09260.305-0.0272-0.0150.2921-0.02660.326-5.976229.893948.023
96.5083-4.5194.39943.5589-2.45664.32680.20850.0931-0.17240.172-0.14170.19990.2873-0.2184-0.05990.422-0.13970.01250.29760.05190.3926-10.259720.951150.0279
101.83821.6332-0.9193.694-2.95072.98620.2414-0.37420.22211.15450.02480.232-0.43190.0303-0.25430.4314-0.00760.00890.3684-0.03270.3060.053333.38555.3412
114.4365-0.83810.61024.31881.12323.6132-0.08460.03620.03240.0883-0.0795-0.0954-0.3228-0.01850.14180.3683-0.0282-0.00880.13860.02220.41261.281950.613341.4814
126.02190.75770.06995.4163-4.23313.4843-0.0658-0.82360.78511.45810.27320.6628-1.0937-0.0866-0.04270.5554-0.04240.05740.558-0.06550.3034-9.91937.828357.0389
138.0747-1.97650.23291.7962-3.33318.19920.53360.9012-0.1979-0.09910.16640.15490.6035-0.18060.73930.15680.02990.03310.5179-0.03840.2501-8.791141.8531.4751
145.6119-0.0674-1.71164.54442.77184.68940.59330.0896-0.3260.0054-0.2359-0.0609-0.0797-0.11530.5740.3889-0.0851-0.07390.1579-0.09560.400739.474141.856830.1976
158.3948-6.3437-0.77884.68720.76650.7885-0.36880.0954-0.67290.09090.42790.38730.1020.01130.00790.29380.0188-0.12990.36140.1670.288422.347629.505524.9803
162.8129-0.94790.32992.6912-0.70192.0094-0.2499-0.12870.47120.39120.1807-0.2005-0.48550.07630.10170.30130.034-0.01130.3407-0.09940.194429.877136.891724.615
174.1895-1.5313-0.2280.9362-0.10592.1254-0.03-0.0835-0.0201-0.0814-0.03460.0525-0.0795-0.31860.01390.30850.06860.00240.2603-0.03310.253325.511833.58517.5676
183.72473.3708-3.1113.7103-4.70118.003-0.17351.37280.7482-0.07480.82990.30820.2783-0.0083-0.40420.40620.1522-0.03930.57860.09250.5379.95542.230112.2012
194.0717-2.5684-0.77792.7412.00092.580.38710.64650.0894-0.3715-0.2016-0.0123-0.17740.2032-0.06010.32810.0287-0.05090.45620.03610.29119.887133.18996.7839
205.28683.40360.98217.70490.01383.187-0.40190.74250.1357-0.38720.6116-0.1584-0.20730.1044-0.07490.2670.05520.03980.397-0.01810.283136.635929.887813.6583
217.93674.64415.15753.41493.9556.65560.26060.34880.12220.40740.16980.27080.60880.0314-0.46230.28840.0480.02540.4383-0.03910.390340.92520.966511.6573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 177 through 210 )A177 - 210
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 211 through 234 )A211 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 235 through 245 )A235 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -2 through 24 )B-2 - 24
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 25 through 57 )B25 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 58 through 108 )B58 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 109 through 125 )B109 - 125
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 126 through 151 )B126 - 151
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 152 through 176 )B152 - 176
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 177 through 210 )B177 - 210
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 211 through 234 )B211 - 234
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 235 through 245 )B235 - 245
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 17 through 27 )C17 - 27
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 17 through 27 )D17 - 27
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid -2 through 24 )A-2 - 24
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 25 through 57 )A25 - 57
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 58 through 98 )A58 - 98
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 99 through 108 )A99 - 108
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 109 through 125 )A109 - 125
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 126 through 151 )A126 - 151
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 152 through 176 )A152 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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