PDB-5ufs: X-Ray Crystal Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ufs

タイトル

X-Ray Crystal Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with triamcinolone acetonide and SHP coregulator fragment

要素

Ancestral Glucocorticoid Receptor2
SHP NR Box 1 Peptide

キーワード

HORMONE RECEPTOR / Nuclear receptors / glucocorticoid receptor / ligand binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / animal organ regeneration / estrogen response element binding / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Notch signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

unidentified (未定義)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.118 Å

データ登録者

Weikum, E.R. / Ortlund, E.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol. Pharmacol. / 年: 2017
タイトル: Structural Analysis of the Glucocorticoid Receptor Ligand-Binding Domain in Complex with Triamcinolone Acetonide and a Fragment of the Atypical Coregulator, Small Heterodimer Partner.
著者: Weikum, E.R. / Okafor, C.D. / D'Agostino, E.H. / Colucci, J.K. / Ortlund, E.A.

履歴

登録	2017年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ufs.cif.gz	315.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ufs.ent.gz	264.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ufs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ufs_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ufs_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5ufs_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	5ufs_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/5ufs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/5ufs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gn8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1p93-1 3kg6-6 3gn8-2 4b6g-1 2q3y-d 5g5w-d 5g3j-d 3k23-2 4e2j-1 5l7h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2

B: Ancestral Glucocorticoid Receptor2

C: SHP NR Box 1 Peptide

D: SHP NR Box 1 Peptide

ヘテロ分子

60.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2

D: SHP NR Box 1 Peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ancestral Glucocorticoid Receptor2

C: SHP NR Box 1 Peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.027, 52.829, 126.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.780, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ancestral Glucocorticoid Receptor2 分子量: 28573.270 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X8XLE9*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	SHP NR Box 1 Peptide 分子量: 1118.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15466*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-1TA / Triamcinolone acetonide / (4aS,4bR,5S,6aS,6bS,9aR,10aS,10bS)-4b-fluoro-5-hydroxy-6b-(hydroxyacetyl)-4a,6a,8,8-tetramethyl-4a,4b,5,6,6a,6b,9a,10,10a,10b,11,12-dodecahydro-2H,8H-naphtho[2',1':4,5]indeno[1,2-d][1,3]dioxol-2-one / トリアムシノロンアセトニド分子量: 434.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₁FO₆ / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 1.5 % glycerol, and 25 % PEG 300

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 31952 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.11-2.19	3	0.558	0.865	1	79.9
2.19-2.27	3.6	0.48	0.928	1	99.9
2.27-2.38	3.6	0.362	0.945	1	100
2.38-2.5	3.6	0.279	0.963	1	99.9
2.5-2.66	3.6	0.215	0.978	1	99.9
2.66-2.86	3.6	0.151	0.987	1	100
2.86-3.15	3.7	0.12	0.99	1	100
3.15-3.61	3.7	0.084	0.995	1	100
3.61-4.54	3.7	0.067	0.995	1	99.9
4.54-50	3.5	0.072	0.991	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev_2621	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GN8

3gn8

解像度: 2.118→38.966 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 44.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2499	1590	5.01 %
R_work	0.2153	-	-
obs	0.2172	31732	98.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.46 Å² / B_iso mean: 49.8495 Å² / B_iso min: 19.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.118→38.966 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4158	0	124	119	4401
B_iso mean	-	-	34.73	41.01	-
残基数	-	-	-	-	518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4316
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.514	5858
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	662
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	720
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.338	2598

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1176-2.1859	0.3439	134	0.3021	2500	2634	92
2.1859-2.2641	0.3394	137	0.2853	2739	2876	100
2.2641-2.3547	0.2551	146	0.2619	2773	2919	100
2.3547-2.4618	0.2818	149	0.2416	2759	2908	100
2.4618-2.5916	0.278	150	0.2443	2735	2885	100
2.5916-2.7539	0.2737	147	0.2355	2755	2902	100
2.7539-2.9665	0.3125	141	0.2368	2782	2923	100
2.9665-3.2649	0.2925	145	0.2343	2784	2929	100
3.2649-3.737	0.2669	143	0.2118	2774	2917	100
3.737-4.707	0.2071	149	0.1618	2801	2950	100
4.707-38.9727	0.1814	149	0.1838	2740	2889	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6367	-2.8935	-1.186	4.2147	2.9485	2.9982	0.3238	0.6147	0.187	-0.5222	-0.2369	-0.5169	-0.179	-0.1207	-0.0315	0.3277	-0.0174	0.0255	0.4213	0.0259	0.3304	30.6105	33.3894	6.3322
2	8.2384	-0.9986	1.6575	6.8645	-0.738	3.3356	-0.1669	0.0234	0.5788	-0.1481	-0.1292	-0.3193	-0.6676	0.3757	0.2801	0.3558	-0.0883	-0.0276	0.4603	-0.0266	0.38	29.374	50.6055	20.189
3	3.3218	-1.586	-0.6514	8.1545	3.4052	5.0187	0.0871	0.4159	0.2171	-1.0498	0.0822	-0.7869	-0.5362	0.5963	-0.1406	0.4127	-0.0595	0.0908	0.6173	0.0762	0.506	40.5716	37.8263	4.6409
4	4.9032	3.087	-1.257	1.7797	-0.7687	0.5822	0.1596	0.7948	-0.2995	-0.0529	-0.0025	-0.1641	0.3562	0.1856	0.0307	0.194	-0.0788	0.186	0.2697	0.146	0.2889	8.3102	29.5028	36.7012
5	3.9698	1.4089	-0.492	1.1321	-1.1265	2.3371	0.1255	0.3943	0.0681	-0.0257	-0.0222	-0.0144	0.2189	-0.0427	-0.1912	0.2104	0.023	-0.0105	0.1786	-0.1115	0.3821	0.7841	36.8856	37.071
6	4.2702	0.2857	-0.7725	2.4892	-0.1909	1.7854	0.0791	-0.4575	0.1437	0.2296	-0.011	-0.0719	0.0125	-0.0709	-0.0419	0.2367	0.0128	-0.0052	0.2734	-0.0528	0.2391	8.4755	35.4377	45.2765
7	2.7866	2.6308	-0.8175	2.8737	-1.2784	1.4803	0.1281	-0.5936	0.1396	0.2185	-0.2987	-0.0557	-0.024	-0.2595	0.1049	0.3875	-0.0702	-0.0604	0.4324	0.0165	0.2839	10.7679	33.193	54.8926
8	4.9382	-1.0812	-0.0248	4.1941	-0.9967	3.3933	0.214	-0.0081	-0.0703	0.0043	-0.2065	0.4058	-0.1658	-0.3718	-0.0926	0.305	-0.0272	-0.015	0.2921	-0.0266	0.326	-5.9762	29.8939	48.023
9	6.5083	-4.519	4.3994	3.5589	-2.4566	4.3268	0.2085	0.0931	-0.1724	0.172	-0.1417	0.1999	0.2873	-0.2184	-0.0599	0.422	-0.1397	0.0125	0.2976	0.0519	0.3926	-10.2597	20.9511	50.0279
10	1.8382	1.6332	-0.919	3.694	-2.9507	2.9862	0.2414	-0.3742	0.2221	1.1545	0.0248	0.232	-0.4319	0.0303	-0.2543	0.4314	-0.0076	0.0089	0.3684	-0.0327	0.306	0.0533	33.385	55.3412
11	4.4365	-0.8381	0.6102	4.3188	1.1232	3.6132	-0.0846	0.0362	0.0324	0.0883	-0.0795	-0.0954	-0.3228	-0.0185	0.1418	0.3683	-0.0282	-0.0088	0.1386	0.0222	0.4126	1.2819	50.6133	41.4814
12	6.0219	0.7577	0.0699	5.4163	-4.2331	3.4843	-0.0658	-0.8236	0.7851	1.4581	0.2732	0.6628	-1.0937	-0.0866	-0.0427	0.5554	-0.0424	0.0574	0.558	-0.0655	0.3034	-9.919	37.8283	57.0389
13	8.0747	-1.9765	0.2329	1.7962	-3.3331	8.1992	0.5336	0.9012	-0.1979	-0.0991	0.1664	0.1549	0.6035	-0.1806	0.7393	0.1568	0.0299	0.0331	0.5179	-0.0384	0.2501	-8.7911	41.85	31.4751
14	5.6119	-0.0674	-1.7116	4.5444	2.7718	4.6894	0.5933	0.0896	-0.326	0.0054	-0.2359	-0.0609	-0.0797	-0.1153	0.574	0.3889	-0.0851	-0.0739	0.1579	-0.0956	0.4007	39.4741	41.8568	30.1976
15	8.3948	-6.3437	-0.7788	4.6872	0.7665	0.7885	-0.3688	0.0954	-0.6729	0.0909	0.4279	0.3873	0.102	0.0113	0.0079	0.2938	0.0188	-0.1299	0.3614	0.167	0.2884	22.3476	29.5055	24.9803
16	2.8129	-0.9479	0.3299	2.6912	-0.7019	2.0094	-0.2499	-0.1287	0.4712	0.3912	0.1807	-0.2005	-0.4855	0.0763	0.1017	0.3013	0.034	-0.0113	0.3407	-0.0994	0.1944	29.8771	36.8917	24.615
17	4.1895	-1.5313	-0.228	0.9362	-0.1059	2.1254	-0.03	-0.0835	-0.0201	-0.0814	-0.0346	0.0525	-0.0795	-0.3186	0.0139	0.3085	0.0686	0.0024	0.2603	-0.0331	0.2533	25.5118	33.585	17.5676
18	3.7247	3.3708	-3.111	3.7103	-4.7011	8.003	-0.1735	1.3728	0.7482	-0.0748	0.8299	0.3082	0.2783	-0.0083	-0.4042	0.4062	0.1522	-0.0393	0.5786	0.0925	0.537	9.955	42.2301	12.2012
19	4.0717	-2.5684	-0.7779	2.741	2.0009	2.58	0.3871	0.6465	0.0894	-0.3715	-0.2016	-0.0123	-0.1774	0.2032	-0.0601	0.3281	0.0287	-0.0509	0.4562	0.0361	0.291	19.8871	33.1899	6.7839
20	5.2868	3.4036	0.9821	7.7049	0.0138	3.187	-0.4019	0.7425	0.1357	-0.3872	0.6116	-0.1584	-0.2073	0.1044	-0.0749	0.267	0.0552	0.0398	0.397	-0.0181	0.2831	36.6359	29.8878	13.6583
21	7.9367	4.6441	5.1575	3.4149	3.955	6.6556	0.2606	0.3488	0.1222	0.4074	0.1698	0.2708	0.6088	0.0314	-0.4623	0.2884	0.048	0.0254	0.4383	-0.0391	0.3903	40.925	20.9665	11.6573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 177 through 210 )	A	177 - 210
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 211 through 234 )	A	211 - 234
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 235 through 245 )	A	235 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -2 through 24 )	B	-2 - 24
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 25 through 57 )	B	25 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 58 through 108 )	B	58 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 109 through 125 )	B	109 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 126 through 151 )	B	126 - 151
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 152 through 176 )	B	152 - 176
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 177 through 210 )	B	177 - 210
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 211 through 234 )	B	211 - 234
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 235 through 245 )	B	235 - 245
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 17 through 27 )	C	17 - 27
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 17 through 27 )	D	17 - 27
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid -2 through 24 )	A	-2 - 24
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 25 through 57 )	A	25 - 57
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 58 through 98 )	A	58 - 98
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 99 through 108 )	A	99 - 108
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 109 through 125 )	A	109 - 125
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 126 through 151 )	A	126 - 151
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 152 through 176 )	A	152 - 176

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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