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- PDB-5ufa: Crystal Structure of a ferredoxin NADP+ reductase from Neisseria ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ufa
タイトルCrystal Structure of a ferredoxin NADP+ reductase from Neisseria gonorrhoeae with bound FAD and NADP
要素Oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Neisseria gonorrhoeae / ferredoxin NADP+ reductase / FAD / NADP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel ...Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Putative oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a ferredoxin NADP+ reductase from Neisseria gonorrhoeae with bound FAD and NADP
著者: Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase
B: Oxidoreductase
C: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4299
ポリマ－90,8423
非ポリマー4,5876
水3,459192
1
A: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8103
ポリマ－30,2811
非ポリマー1,5292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8103
ポリマ－30,2811
非ポリマー1,5292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8103
ポリマ－30,2811
非ポリマー1,5292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.190, 164.190, 167.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 33 or (resid 34...
21(chain B and (resid 6 through 33 or (resid 34...
31(chain C and (resid 6 through 33 or (resid 34...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 6 through 33 or (resid 34...A6 - 33
121(chain A and (resid 6 through 33 or (resid 34...A34
131(chain A and (resid 6 through 33 or (resid 34...A6 - 259
141(chain A and (resid 6 through 33 or (resid 34...A6 - 259
151(chain A and (resid 6 through 33 or (resid 34...A6 - 259
161(chain A and (resid 6 through 33 or (resid 34...A6 - 259
211(chain B and (resid 6 through 33 or (resid 34...B6 - 33
221(chain B and (resid 6 through 33 or (resid 34...B34
231(chain B and (resid 6 through 33 or (resid 34...B6 - 259
241(chain B and (resid 6 through 33 or (resid 34...B6 - 259
251(chain B and (resid 6 through 33 or (resid 34...B6 - 259
261(chain B and (resid 6 through 33 or (resid 34...B6 - 259
311(chain C and (resid 6 through 33 or (resid 34...C6 - 33
321(chain C and (resid 6 through 33 or (resid 34...C34
331(chain C and (resid 6 through 33 or (resid 34...C6 - 261
341(chain C and (resid 6 through 33 or (resid 34...C6 - 261
351(chain C and (resid 6 through 33 or (resid 34...C6 - 261
361(chain C and (resid 6 through 33 or (resid 34...C6 - 261

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要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase


分子量: 30280.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain NCCP11945) (淋菌)
株: NCCP11945 / 遺伝子: NGK_1143 / プラスミド: NegoA.00101.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4RLY3
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: JCSG+ D12 (274715d12): 40mM Potassium phosphate monobasic, 16% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol, protein conc. 18.5mg/mL, direct cryo, puck hat5-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 39389 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.412 % / Biso Wilson estimate: 34.16 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 15.07
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.567.570.4973.980.882199.8
2.56-2.647.5670.4214.730.916199.7
2.64-2.717.5610.3445.710.943199.6
2.71-2.87.5620.3186.180.951199.6
2.8-2.897.5530.2497.760.967199.8
2.89-2.997.5650.2268.580.973199.6
2.99-3.17.5430.17610.740.983199.4
3.1-3.237.5040.13414.060.988199.1
3.23-3.377.4860.11815.810.992199.2
3.37-3.547.4070.09918.40.993199.2
3.54-3.737.3060.08421.560.996199
3.73-3.957.2490.07823.270.994198.9
3.95-4.237.2140.07225.220.995198.2
4.23-4.567.0950.06726.570.996198.5
4.56-57.1110.06327.90.997197.9
5-5.597.2050.06327.170.997197.7
5.59-6.457.3380.06225.090.997197.7
6.45-7.917.2570.05626.690.997197.6
7.91-11.187.1110.0531.320.998196.5
11.18-506.4670.04730.230.997191

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3crz

3crz


解像度: 2.5→50 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 2028 5.15 %
Rwork0.1746 --
obs0.1769 39386 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.67 Å2 / Biso mean: 37.3878 Å2 / Biso min: 1.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5765 0 303 195 6263
Biso mean--34.39 34.13 -
残基数----738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0148539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2563789
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3335X-RAY DIFFRACTION9.949TORSIONAL
12B3335X-RAY DIFFRACTION9.949TORSIONAL
13C3335X-RAY DIFFRACTION9.949TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.56250.27451520.216526412793100
2.5625-2.63180.26771430.210126262769100
2.6318-2.70920.25741400.208126742814100
2.7092-2.79670.28991480.209126502798100
2.7967-2.89660.27591620.202626252787100
2.8966-3.01250.2391400.206926772817100
3.0125-3.14960.24441330.195426602793100
3.1496-3.31560.25131400.18682650279099
3.3156-3.52320.23771760.18472638281499
3.5232-3.79510.22091620.16652655281799
3.7951-4.17660.19451300.15662670280098
4.1766-4.78020.17781330.1372702283598
4.7802-6.01950.15931450.15092684282998
6.0195-41.0530.19151240.16762806293097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6995-0.553-0.96663.0305-0.02921.96590.3158-0.13620.06310.4835-0.1230.3020.03110.143-0.10090.2291-0.12140.09820.2578-0.09370.301839.0962-20.866623.1477
20.6387-0.20310.24591.3668-0.27741.09770.1042-0.15780.03260.1808-0.06510.49480.18670.124-0.03880.3034-0.08630.1060.2115-0.09360.378440.1565-27.06821.0879
30.5208-0.9081.29041.9364-2.53233.39060.12040.16460.0170.3694-0.3203-0.368-0.5960.88880.3480.2683-0.15980.06310.4923-0.08740.429853.355-11.411.2124
42.11610.67170.93923.58130.78362.8937-0.01830.04490.24560.0240.1950.0406-0.38190.1941-0.14860.2267-0.05710.05140.2306-0.09210.321740.1681-11.6255.929
53.3717-0.02850.65772.7724-1.69412.89890.02530.07460.41850.0333-0.03090.4676-0.24620.06210.00810.2753-0.04360.02350.2209-0.09450.3738.8081-11.912-3.2241
62.53811.4347-0.46843.8872-1.59372.58430.13790.3239-0.1317-0.13680.071-0.242-0.06950.3115-0.20260.1803-0.02850.05450.3766-0.17650.356453.8606-17.8007-0.9296
72.37180.33590.30331.50680.35722.2284-0.0243-0.339-0.02780.11190.1081-0.2078-0.1420.1896-0.09040.341-0.08070.11080.3066-0.07430.213543.05062.253145.1234
84.9647-1.48152.66662.075-0.55222.59490.19870.5069-0.8654-0.03210.1602-0.07270.29990.2056-0.1970.3131-0.05860.14580.3398-0.12340.411332.5997-11.886332.0752
92.0931-0.9833-0.00643.21681.64982.8146-0.02950.1507-0.1479-0.09160.01210.3184-0.2117-0.04690.00120.2528-0.02410.09230.2233-0.02360.252821.4909-1.83733.9153
102.97860.6033-1.22313.2341-0.5941.6483-0.06690.1295-0.5050.1667-0.2415-0.39730.09460.13380.2510.2086-0.13130.07690.3851-0.07340.31665.9686-1.117317.9176
116.2747-3.7401-1.99253.41762.19161.4995-0.1478-0.6176-0.021.18960.39740.474-0.30150.0498-0.04890.6689-0.11960.29770.3099-0.09920.350953.42038.842232.3855
123.57090.6915-0.88271.1207-1.02971.66740.40520.29820.17620.4105-0.20260.4725-0.2302-0.0927-0.15950.3475-0.1640.13690.3141-0.08570.324753.199814.712818.972
135.2751-0.9123-1.4282.256-0.47684.0830.27160.4340.42090.579-0.310.5703-0.4402-0.3504-0.00710.4333-0.12120.14530.3278-0.04680.376152.986923.925417.6635
140.6716-0.3064-0.64081.83970.72771.27920.4172-0.35330.24970.8999-0.25820.1564-0.83020.2831-0.32880.8811-0.37150.14460.4201-0.13660.207559.292221.535932.2646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 41 )A6 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 97 )A42 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 98 through 113 )A98 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 114 through 157 )A114 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 158 through 226 )A158 - 226
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 227 through 259 )A227 - 259
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 6 through 97 )B6 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 98 through 113 )B98 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 114 through 259 )B114 - 259
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 6 through 97 )C6 - 97
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 98 through 113 )C98 - 113
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 114 through 157 )C114 - 157
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 158 through 226 )C158 - 226
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 227 through 259 )C227 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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