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万見
- PDB-5uf3: Structure Effects of the Four-Adenine Loop of the Coliphage GA Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uf3
タイトルStructure Effects of the Four-Adenine Loop of the Coliphage GA Replicase RNA Operator
要素phage GA operator RNA hairpin
キーワードRNA / phage / RNA hairpin / tetraloop / (A-A)-U motif
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage GA (ファージ)
手法溶液NMR
データ登録者Chang, A.T. / Tran, M. / DeJong, E. / Nikonowicz, E.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structure and Dynamics of the Tetra-A Loop and (A-A)-U Sequence Motif within the Coliphage GA Replicase RNA Operator.
著者: Chang, A.T. / Tran, M. / Nikonowicz, E.P.
履歴
登録2017年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phage GA operator RNA hairpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3941
ポリマ－7,3941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4740 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / -
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 phage GA operator RNA hairpin


分子量: 7394.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage GA (ファージ)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
253isotropic12D 1H-15N HSQC
165isotropic22D 1H-31P HETCOR
171isotropic22D 1H-13C CTEP
186isotropic12D 1H-13C HSQC
194anisotropic12D 1H-13C HSQC
2103isotropic13D 1H-15N NOESY
1111isotropic12D 1H-13C H(N)CO
1121isotropic12D 1H-15N HSQC
1131isotropic12D 1H-13C H(CN)CO
1141isotropic12D 1H-13C C(C)H-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution11 mM [U-13C; U-15N] phage GA operator RNA hairpin, 10 mM potassium phosphate, 10 mM potassium chloride, 0.02 mM EDTA, 100% D2OphageGA_15N13C_D2O100% D2O
solution21.5 mM phage GA operator RNA hairpin, 10 mM potassium phosphate, 10 mM potassium chloride, 0.02 mM EDTA, 100% D2OphageGA_nl_D2O100% D2O
solution31 mM [U-13C; U-15N] phage GA operator RNA hairpin, 10 mM potassium chloride, 10 mM potassium phosphate, 0.02 mM EDTA, 90% H2O/10% D2OphageGA_15N13C_H2O90% H2O/10% D2O
solution40.3 mM [U-13C; U-15N] phage GA operator RNA hairpin, 10 mM potassium chloride, 10 mM potassium phosphate, 15 mg/mL Pf1 phage, 100% D2OphageGA_Pf1100% D2O
solution51.2 mM 2H, 40%-85% phage GA operator RNA hairpin, 10 mM potassium chloride, 10 mM potassium phosphate, 0.02 mM EDTA, 100% D2OphageGA_fract_D100% D2Odeuteration achieved by culturing cells in 90% D2O and sodium acetate. See Nikonowicz, EP. Methods Enzymol. 338:320-341 (2001).
solution61.1 mM 13C, 4%-20% phage GA operator RNA hairpin, 10 mM potassium chloride, 10 mM potassium phosphate, 0.02 mM na EDTA, 100% D2OphageGA_fract_C100% D2OFractional 13-C enrichment achieved by culturing cells on 20% [13C-C2, 12C-C1], 80% [U-12C] sodium acetate. See Nikonowicz, EP. Methods Enzymol. 338:320-341 (2001).
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMphage GA operator RNA hairpin[U-13C; U-15N]1
10 mMpotassium phosphatenatural abundance1
10 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.02 mMEDTAnatural abundance1
1.5 mMphage GA operator RNA hairpinnatural abundance2
10 mMpotassium phosphatenatural abundance2
10 mMpotassium chloridenatural abundance2
0.02 mMEDTAnatural abundance2
1 mMphage GA operator RNA hairpin[U-13C; U-15N]3
10 mMpotassium chloridenatural abundance3
10 mMpotassium phosphatenatural abundance3
0.02 mMEDTAnatural abundance3
0.3 mMphage GA operator RNA hairpin[U-13C; U-15N]4
10 mMpotassium chloridenatural abundance4
10 mMpotassium phosphatenatural abundance4
15 mg/mLPf1 phagenatural abundance4
1.2 mMphage GA operator RNA hairpin2H, 40%-85%5
10 mMpotassium chloridenatural abundance5
10 mMpotassium phosphatenatural abundance5
0.02 mMEDTAnatural abundance5
1.1 mMphage GA operator RNA hairpin13C, 4%-20%6
10 mMpotassium chloridenatural abundance6
10 mMpotassium phosphatenatural abundance6
0.02 mMEDTAna6
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100% D2O20 mMcondition_16.8 pH*1 atm298 K
290% H2O, 10% D2O20 mMcondition_26.81 atm285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.解析
X-PLOR NIH2.43Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.43Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化ソフトェア番号: 5 / 詳細: RNA ff1 force field
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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