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- PDB-5ue6: Structure of nitrite reductase AniA from Neisseria gonorrhoeae, s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ue6
タイトルStructure of nitrite reductase AniA from Neisseria gonorrhoeae, space group I4122
要素Nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NGO1276
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / cell outer membrane / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like ...Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Hamza, A. / Williamson, Z.A. / Reed, R.W. / Sikora, A.E. / Korotkov, K.V.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103486 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI117235 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017
タイトル: Peptide Inhibitors Targeting the Neisseria gonorrhoeae Pivotal Anaerobic Respiration Factor AniA.
著者: Sikora, A.E. / Mills, R.H. / Weber, J.V. / Hamza, A. / Passow, B.W. / Romaine, A. / Williamson, Z.A. / Reed, R.W. / Zielke, R.A. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2016年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite reductase
B: Nitrite reductase
C: Nitrite reductase
D: Nitrite reductase
E: Nitrite reductase
F: Nitrite reductase
G: Nitrite reductase
H: Nitrite reductase
I: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,93336
ポリマ－327,5829
非ポリマー1,35127
水17,727984
1
A: Nitrite reductase
B: Nitrite reductase
C: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,64412
ポリマ－109,1943
非ポリマー4509
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13260 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area30220 Å2
手法PISA
2
D: Nitrite reductase
E: Nitrite reductase
F: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,64412
ポリマ－109,1943
非ポリマー4509
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12920 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area30020 Å2
手法PISA
3
G: Nitrite reductase
H: Nitrite reductase
I: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,64412
ポリマ－109,1943
非ポリマー4509
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13440 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area30310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.340, 177.340, 449.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

HOH

21A-779-

HOH

31B-723-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 54:359)
21(chain B and resid 54:359)
31(chain C and resid 54:359)
41(chain D and resid 54:359)
51(chain E and resid 54:359)
61(chain F and resid 54:359)
71(chain G and resid 54:359)
81(chain H and resid 54:359)
91(chain I and resid 54:359)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 54 - 359 / Label seq-ID: 14 - 319

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 54:359)AA
2(chain B and resid 54:359)BB
3(chain C and resid 54:359)CC
4(chain D and resid 54:359)DD
5(chain E and resid 54:359)EE
6(chain F and resid 54:359)FF
7(chain G and resid 54:359)GG
8(chain H and resid 54:359)HH
9(chain I and resid 54:359)II

-
要素

#1: タンパク質
Nitrite reductase


分子量: 36397.992 Da / 分子数: 9 / 断片: residues 42-364 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌)
株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_1276 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5F7A4
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 984 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium thiocyanate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月18日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→83.684 Å / Num. obs: 125421 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.164 % / Biso Wilson estimate: 31.66 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rrim(I) all: 0.205 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 5.81 / Num. measured all: 522213 / Scaling rejects: 1275
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.413.9121.051.77352881083190200.7541.21183.3
2.41-2.484.1460.9952.02385771057093050.7911.14288
2.48-2.554.1630.8322.37375441027390180.8370.95687.8
2.55-2.634.1710.742.6536205993586800.8740.8587.4
2.63-2.714.1880.6063.1135375969084460.9050.69587.2
2.71-2.814.2070.5023.5234327939581600.9290.57686.9
2.81-2.914.210.3744.3232886902478110.9550.42886.6
2.91-3.034.2080.2964.931518870974900.9630.3486
3.03-3.174.2080.2485.4630384841372210.9710.28485.8
3.17-3.324.2140.1876.1928614798267910.9810.21485.1
3.32-3.54.1830.1487.0627056764764680.9880.1784.6
3.5-3.724.1680.1227.7325367724360860.990.14184
3.72-3.974.1460.1058.4123493681456670.9920.12183.2
3.97-4.294.0980.0859.6521458635552360.9920.09782.4
4.29-4.74.1140.07710.4819733587847960.9940.08881.6
4.7-5.254.1340.06811.7217834534343140.9950.07980.7
5.25-6.074.2590.06812.0616287473738240.9960.07880.7
6.07-7.434.3130.06113.6513854404832120.9960.0779.3
7.43-10.514.3030.04915.7110701318324870.9980.05678.1
10.51-83.6844.1120.04115.865712186413890.9960.04874.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.58 Å88.67 Å
Translation6.58 Å88.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481)精密化
XSCALEVERSION May 1, 2016 BUILT=20160617データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSVERSION May 1, 2016 BUILT=20160617データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TB7

5tb7


解像度: 2.35→83.684 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 35.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 11871 5.05 %RANDOM SELECTION
Rwork0.2362 223389 --
obs0.2374 235260 82.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 236.15 Å2 / Biso mean: 40.8797 Å2 / Biso min: 9.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→83.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21242 0 27 984 22253
Biso mean--36.5 32.16 -
残基数----2795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00321740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63829503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.96312886
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A16470X-RAY DIFFRACTION7.097TORSIONAL
12B16470X-RAY DIFFRACTION7.097TORSIONAL
13C16470X-RAY DIFFRACTION7.097TORSIONAL
14D16470X-RAY DIFFRACTION7.097TORSIONAL
15E16470X-RAY DIFFRACTION7.097TORSIONAL
16F16470X-RAY DIFFRACTION7.097TORSIONAL
17G16470X-RAY DIFFRACTION7.097TORSIONAL
18H16470X-RAY DIFFRACTION7.097TORSIONAL
19I16470X-RAY DIFFRACTION7.097TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3501-2.37680.41982860.416461674771
2.3768-2.40480.40434800.39497839831987
2.4048-2.43410.40624080.37997779818787
2.4341-2.4650.39954170.36687787820486
2.465-2.49740.37594300.36647786821686
2.4974-2.53160.34884080.3457783819186
2.5316-2.56780.35484500.34537666811686
2.5678-2.60610.37254510.33187720817186
2.6061-2.64680.31884070.32087719812685
2.6468-2.69020.37674150.30627655807085
2.6902-2.73660.3174310.29127690812185
2.7366-2.78640.33693760.28067672804885
2.7864-2.840.33213860.27147660804685
2.84-2.8980.28174250.25747629805484
2.898-2.9610.27933740.24537627800184
2.961-3.02980.25873970.25067585798284
3.0298-3.10560.27583630.25167570793384
3.1056-3.18960.30583760.25277530790683
3.1896-3.28350.2513930.23647538793183
3.2835-3.38940.22183920.227467785983
3.3894-3.51060.23614230.21627329775282
3.5106-3.65110.25453780.20517347772581
3.6511-3.81730.24283680.20487341770981
3.8173-4.01860.19054050.18797205761080
4.0186-4.27030.18984310.17437122755379
4.2703-4.60.19133630.16877151751479
4.6-5.06290.16483470.16037057740478
5.0629-5.79530.18113560.16767128748479
5.7953-7.30090.21213950.18286983737878
7.3009-83.73690.22863400.19186563690372

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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