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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ue1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase in complex with adenine from Vibrio fischeri ES114 | ||||||
![]() | 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSFERASE / NUCLEAR PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside catabolic process / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase from Vibrio fischeri ES114 著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3dp9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: -1 - 231 / Label seq-ID: 2 - 234
NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24875.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700601 / ES114 / 遺伝子: mtnN, VF_2128 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 688分子 ![](data/chem/img/9DA.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-EDO / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES, 20% PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月30日 / 詳細: beryllium lenses |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→30 Å / Num. obs: 144464 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.79 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 33.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.14→1.16 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 7077 / % possible all: 90.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3DP9 解像度: 1.14→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.032 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.867 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.14→30 Å
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拘束条件 |
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