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- PDB-5udz: Human LIN28A in complex with let-7f-1 microRNA pre-element -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5udz
タイトルHuman LIN28A in complex with let-7f-1 microRNA pre-element
要素
  • Protein lin-28 homolog A
  • let-7f-1 pre-element
キーワードRNA Binding Protein/RNA / microRNA / let-7 / LIN28 / RNA Binding Protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of pre-miRNA processing / miRNA catabolic process / protein-RNA adaptor activity / RNA 3'-end processing / pre-miRNA binding / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / pre-miRNA processing / positive regulation of cytoplasmic translation ...negative regulation of glial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of pre-miRNA processing / miRNA catabolic process / protein-RNA adaptor activity / RNA 3'-end processing / pre-miRNA binding / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / pre-miRNA processing / positive regulation of cytoplasmic translation / sequence-specific mRNA binding / miRNA binding / stem cell population maintenance / germ cell development / positive regulation of TOR signaling / rough endoplasmic reticulum / translation initiation factor binding / positive regulation of neuron differentiation / stem cell differentiation / cellular response to glucose stimulus / P-body / cytoplasmic stress granule / G-quadruplex RNA binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Lin-28A-like, second zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain ...: / : / Lin-28A-like, second zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / Few Secondary Structures / Irregular / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein lin-28 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nam, Y. / Wang, L. / Sliz, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA163647 米国
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: LIN28 Zinc Knuckle Domain Is Required and Sufficient to Induce let-7 Oligouridylation.
著者: Wang, L. / Nam, Y. / Lee, A.K. / Yu, C. / Roth, K. / Chen, C. / Ransey, E.M. / Sliz, P.
#1: ジャーナル: Cell / 年: 2011
タイトル: Molecular basis for interaction of let-7 microRNAs with Lin28.
著者: Nam, Y. / Chen, C. / Gregory, R.I. / Chou, J.J. / Sliz, P.
履歴
登録2016年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein lin-28 homolog A
B: Protein lin-28 homolog A
V: let-7f-1 pre-element
W: let-7f-1 pre-element
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4548
ポリマ－48,1934
非ポリマー2624
水9,314517
1
A: Protein lin-28 homolog A
V: let-7f-1 pre-element
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2274
ポリマ－24,0962
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11820 Å2
手法PISA
2
B: Protein lin-28 homolog A
W: let-7f-1 pre-element
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2274
ポリマ－24,0962
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.429, 76.429, 105.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Protein lin-28 homolog A / Lin-28A / Zinc finger CCHC domain-containing protein 1


分子量: 16023.568 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-187 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIN28A, CSDD1, LIN28, ZCCHC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H9Z2
#2: RNA鎖 let-7f-1 pre-element


分子量: 8072.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.1 M Citrate, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.52 Å / Num. obs: 40547 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09052 / Net I/σ(I): 10.79
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6189 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / % possible all: 96.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TS2

3ts2


解像度: 2→32.52 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2003 1994 4.92 %Random selection
Rwork0.1642 ---
obs0.1659 40541 99.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2128 995 4 517 3644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2774682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2211375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.31391390.25882635X-RAY DIFFRACTION96
2.05-2.10550.26361450.23012790X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.16740.26171430.21052747X-RAY DIFFRACTION100
2.1674-2.23730.23261410.19532771X-RAY DIFFRACTION100
2.2373-2.31730.22711490.18522774X-RAY DIFFRACTION100
2.3173-2.410.24641430.17762758X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.51970.2151420.18532765X-RAY DIFFRACTION100
2.5197-2.65250.23241400.17122789X-RAY DIFFRACTION100
2.6525-2.81860.18761430.16812747X-RAY DIFFRACTION100
2.8186-3.0360.22441440.16352769X-RAY DIFFRACTION100
3.036-3.34130.16351410.14612778X-RAY DIFFRACTION99
3.3413-3.82410.18991490.132756X-RAY DIFFRACTION99
3.8241-4.81550.14441380.12772734X-RAY DIFFRACTION98
4.8155-32.52380.17721370.16722734X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.0106 Å / Origin y: 6.8764 Å / Origin z: 13.1883 Å
111213212223313233
T0.0491 Å20.0122 Å2-0.0116 Å2-0.139 Å2-0.0052 Å2--0.087 Å2
L0.0829 °2-0.0017 °20.117 °2--0.0367 °2-0.0434 °2---0.033 °2
S0.0094 Å °0.0372 Å °-0.0339 Å °0.0101 Å °0.0105 Å °-0.0067 Å °-0.0158 Å °-0.0285 Å °0.0084 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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