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万見
- PDB-5ud9: Crystal structure of 354BG18 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ud9
タイトルCrystal structure of 354BG18 Fab
要素
  • Fab heavy chain
  • Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Scharf, L. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI100148 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2017
タイトル: Coexistence of potent HIV-1 broadly neutralizing antibodies and antibody-sensitive viruses in a viremic controller.
著者: Freund, N.T. / Wang, H. / Scharf, L. / Nogueira, L. / Horwitz, J.A. / Bar-On, Y. / Golijanin, J. / Sievers, S.A. / Sok, D. / Cai, H. / Cesar Lorenzi, J.C. / Halper-Stromberg, A. / Toth, I. / ...著者: Freund, N.T. / Wang, H. / Scharf, L. / Nogueira, L. / Horwitz, J.A. / Bar-On, Y. / Golijanin, J. / Sievers, S.A. / Sok, D. / Cai, H. / Cesar Lorenzi, J.C. / Halper-Stromberg, A. / Toth, I. / Piechocka-Trocha, A. / Gristick, H.B. / van Gils, M.J. / Sanders, R.W. / Wang, L.X. / Seaman, M.S. / Burton, D.R. / Gazumyan, A. / Walker, B.D. / West, A.P. / Bjorkman, P.J. / Nussenzweig, M.C.
履歴
登録2016年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1802
ポリマ－49,1802
非ポリマー00
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.124, 71.035, 69.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 26158.375 Da / 分子数: 1 / 変異: N26Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain


分子量: 23021.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate pH4.5, 26.8% (v/v) PEG 400, 13.4% (w/v) PEG 800

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→35.671 Å / Num. obs: 151082 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.15-1.174.15.4610.005165.4
6.29-38.396.50.0260.999199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FQ2

4fq2


解像度: 1.3→35.671 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1876 1580 1.48 %
Rwork0.1798 --
obs0.1799 106582 97.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.15 Å2 / Biso mean: 24.5633 Å2 / Biso min: 5.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→35.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3167 0 0 449 3616
Biso mean---34.17 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9994459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9311125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.3420.34641420.31469374951696
1.342-1.38990.30381420.28939491963398
1.3899-1.44560.29081430.26269486962998
1.4456-1.51140.24261420.23939422956497
1.5114-1.59110.22611440.20849595973999
1.5911-1.69070.24681440.19119577972198
1.6907-1.82130.21581440.17779513965798
1.8213-2.00450.16781430.15719568971198
2.0045-2.29460.17151460.15149654980099
2.2946-2.89070.17181420.16749534967697
2.8907-35.68470.15481480.16819788993699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35830.3641-0.18490.48060.02070.5195-0.0157-0.00040.0368-0.0138-0.0180.0131-0.0434-0.0430.03140.11320.012-0.0120.119-0.00830.120638.876820.681592.2806
20.7383-0.2593-0.28460.15640.07880.2459-0.04040.1216-0.0656-0.08070.00860.0388-0.0126-0.06310.01840.1513-0.0322-0.01010.1478-0.01470.127647.888910.113175.7171
30.73970.0619-0.28131.282-0.2850.8369-0.0665-0.0541-0.05390.0662-0.0403-0.24090.23770.13230.10790.22380.00050.01150.14390.01810.212737.2166-5.8195101.7134
42.06840.4445-0.62751.3997-0.35931.6522-0.05380.1884-0.0573-0.16290.0144-0.11040.0323-0.04620.03620.13590.00140.01190.10550.00190.159734.11452.903493.8622
50.49710.3705-0.05321.1343-0.75850.59790.03730.02630.0164-0.0309-0.0531-0.06340.0855-0.02620.04980.130.00250.01330.12040.0040.149732.68610.315498.8799
61.0552-0.7179-1.90270.49411.31453.4366-0.37680.0771-0.1099-0.00970.18860.22610.4501-0.01770.08570.3160.0110.12490.15030.02010.257447.5044-13.966385.7873
71.68191.4932-0.31953.8186-0.60771.27870.0190.0710.1946-0.0950.0281-0.0123-0.10340.139-0.04670.1731-0.05620.03750.1939-0.01560.180266.4024.584765.5845
81.69810.6295-0.66751.2855-0.48591.38890.0311-0.05410.0370.43960.02780.0430.00280.207-0.02780.2164-0.00660.00370.1598-0.01840.135162.0975-6.252876.6258
90.49390.14950.17081.10590.17680.833-0.2562-0.0523-0.23280.54510.14240.16310.16130.116-0.02850.2475-0.0010.05490.23070.00840.236861.9483-4.168779.0534
100.92320.09350.00011.65840.17880.9444-0.0723-0.0396-0.00670.130.074-0.38790.0320.2955-0.02470.1609-0.01610.00210.2333-0.02040.201369.4752-2.379471.8544
110.30650.3613-1.0742.2545-3.2056.63490.12120.03080.0390.26870.0325-0.039-0.02740.27920.01880.20210.00980.00820.1791-0.01440.154766.4747-10.178468.547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 91 )H2 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 92 through 232 )H92 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 5 through 30 )L5 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 31 through 49 )L31 - 49
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 50 through 105 )L50 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 106 through 117 )L106 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 118 through 133 )L118 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 134 through 154 )L134 - 154
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 155 through 175 )L155 - 175
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 176 through 201 )L176 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 202 through 215 )L202 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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