PDB-5uct: Mycobacterium tuberculosis toxin MazF-mt6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uct

タイトル

Mycobacterium tuberculosis toxin MazF-mt6

要素

Endoribonuclease MazF3

キーワード

HYDROLASE / toxin / Rnase / tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of growth / symbiont-mediated perturbation of host process / negative regulation of growth / rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Hoffer, E.H. / Dunham, C.M.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The structure and function of Mycobacterium tuberculosis MazF-mt6 toxin provide insights into conserved features of MazF endonucleases.
著者: Hoffer, E.D. / Miles, S.J. / Dunham, C.M.

履歴

登録	2016年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uct.cif.gz	94.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uct.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uct_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uct_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	5uct_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	5uct_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5uct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5uct	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mdxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mzm-1 2xu4-d 2if6-2 5fdd-d 5jhv-2 3bc3-2 1u9w-d 3hw4-1 2xu1-4 5fdg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF3

B: Endoribonuclease MazF3

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoribonuclease MazF3

ヘテロ分子

A: Endoribonuclease MazF3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoribonuclease MazF3

ヘテロ分子

B: Endoribonuclease MazF3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.220, 105.220, 144.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+2/3 #3: y,-x+y,z+1/3 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+1/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+2/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-325- HOH

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF3 / 23S rRNA endonuclease MazF3 / Toxin MazF3 / mRNA interferase MazF-mt6 分子量: 11058.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mazF3, mazF-mt6, Rv1102c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: P9WIH9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.0, 10 mM magnesium chloride, 1.05 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射	モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49 Å / Num. obs: 13353 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4mdx

4mdx

解像度: 2.7→49.433 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2551	681	5.1 %
R_work	0.2391	-	-
obs	0.2401	13352	98.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.433 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1514	0	0	64	1578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1538
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.55	2116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.947	938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	275

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.9084	0.35	136	0.3548	2470	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9084-3.2011	0.3606	136	0.3219	2505	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2011-3.6642	0.2711	138	0.2707	2496	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6642-4.6159	0.2624	133	0.2131	2540	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6159-49.4413	0.2158	138	0.2189	2660	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0437	-0.4989	1.9394	2.1879	-3.9639	7.83	-0.8144	-0.1403	0.3102	0.1223	0.7023	2.1332	-1.099	-0.2365	0.0701	0.8483	-0.047	-0.0317	0.5235	0.1754	1.0083	43.5618	6.5133	20.0308
2	2.126	0.7901	1.2458	3.7584	0.2595	3.0826	-0.4194	-0.0951	-0.8021	-0.1883	0.6329	1.1315	0.9499	-0.0953	-0.3204	0.9253	-0.0752	0.1386	0.4987	0.1884	0.8693	43.8262	-5.9111	21.6302
3	3.526	2.3383	-1.3831	2.0394	-2.1431	4.8254	-0.6675	0.3234	-0.2342	0.4804	1.133	2.4255	0.2381	-0.8163	-0.188	0.8725	-0.0898	0.2873	0.5839	0.2444	1.3122	40.2219	-2.5094	21.2783
4	6.3651	-0.9132	-2.135	2.8834	2.9682	5.2853	-1.2248	-0.1146	-0.1299	0.2262	0.0065	1.399	-0.052	-0.8559	0.947	0.9875	0.0668	0.2716	0.6658	0.04	1.7204	35.4283	7.3419	19.4864
5	0.15	0.0978	0.5187	0.1259	0.2682	1.9847	0.0587	0.5382	-0.052	0.3853	-0.2857	0.4117	-0.4316	-1.3704	0.3187	2.2073	0.6728	2.1014	1.029	-0.2512	0.9975	37.9008	0.8822	33.7878
6	0.4632	-1.6403	-0.1954	8.8771	3.4144	2.4849	0.2951	-0.5949	-0.675	1.0335	0.2702	-0.1398	1.4909	0.5841	-0.2789	1.8992	0.1268	0.048	0.4521	0.2297	0.5479	51.6894	-4.3338	33.3332
7	7.7069	-3.6816	-1.7207	1.8107	0.7745	5.6248	0.5783	0.2496	0.2718	0.9745	-0.7531	0.4331	-0.128	-0.3449	0.1985	0.7095	-0.1995	0.0416	0.5248	0.0228	0.4029	49.5255	-23.9356	12.3118
8	4.369	2.191	4.1946	2.7222	1.4045	6.2711	-0.323	-1.2955	1.4212	0.5299	-0.3593	-0.858	0.6723	1.1596	0.3139	0.9983	0.0846	-0.1171	0.7474	-0.0624	0.904	63.0101	-29.2054	9.5556
9	5.2376	-0.6723	-4.012	2.5885	-0.309	4.2301	0.4414	0.3595	0.8094	-0.0384	-0.1227	0.1935	-0.0978	-0.3918	-0.368	0.6144	-0.0399	0.0275	0.3969	0.0681	0.5177	43.7343	-27.52	5.6449
10	5.3545	0.2324	-1.4919	2.8858	-1.9989	1.8695	0.7729	-0.1335	-0.0325	0.5597	0.1264	0.2221	-0.4311	-0.8377	-0.5023	0.8472	-0.2662	0.0907	0.5321	0.0669	0.4788	41.2549	-29.9934	11.8701
11	6.4584	4.3778	-3.0453	6.2329	1.0674	4.5755	0.8767	-1.4895	0.0161	0.8606	-0.6734	-0.3793	-0.1962	1.1882	-0.3114	0.8226	-0.1676	0.0617	0.7024	0.0138	0.4343	53.2118	-24.4873	12.86
12	7.3643	-3.4147	0.2956	6.0503	-0.8292	0.1273	-0.2653	0.7155	-1.2473	-0.2448	-0.0538	0.6294	1.1943	-0.475	0.0843	0.7368	-0.0759	-0.0068	0.3943	0.0299	0.7592	48.0748	-39.4326	2.3055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 72 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 73 through 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 80 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 87 through 100 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 18 through 28 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 29 through 44 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 45 through 64 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 65 through 81 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 82 through 100 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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