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- PDB-5ucm: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ucm
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Pseudomonas aeruginosa
要素Proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / ProRS / Proline-tRNA ligase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prolyl-tRNA synthetase, class IIa, type 1 / Prolyl-tRNA synthetase, class IIa, bacterial-type / Prokaryote proline-tRNA ligase core domain / Proline--tRNA ligase, anticodon binding domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Anticodon-binding domain / : ...Prolyl-tRNA synthetase, class IIa, type 1 / Prolyl-tRNA synthetase, class IIa, bacterial-type / Prokaryote proline-tRNA ligase core domain / Proline--tRNA ligase, anticodon binding domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Anticodon-binding domain / : / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Characterization and structure determination of prolyl-tRNA synthetase from Pseudomonas aeruginosa and development as a screening platform.
著者: Pena, N. / Dranow, D.M. / Hu, Y. / Escamilla, Y. / Bullard, J.M.
履歴
登録2016年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline--tRNA ligase
B: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,4664
ポリマ－128,4182
非ポリマー492
水8,791488
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area45120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.830, 101.540, 187.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS


分子量: 64208.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: proS, PA0956 / プラスミド: PsaeA.17981.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I502, proline-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PsaeA.17981.a.B1.PW37621 at 9.5 mg/ml, incubated with 1 mM proline, AMPPNP, MgCl2 and mixed 1:1 with an equal volume MCSG1(b11): 20% (w/v) PEG-8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris:HCl, pH=8.5, ...詳細: PsaeA.17981.a.B1.PW37621 at 9.5 mg/ml, incubated with 1 mM proline, AMPPNP, MgCl2 and mixed 1:1 with an equal volume MCSG1(b11): 20% (w/v) PEG-8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris:HCl, pH=8.5, cryoprotected with 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月12日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.001 Å / Num. obs: 49894 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.459 % / Biso Wilson estimate: 28.32 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 9.75 / Num. measured all: 222455 / Scaling rejects: 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.674.4470.5852.6716495374237090.6890.66699.1
2.67-2.744.4650.4833.1515934361035690.7880.54998.9
2.74-2.824.4650.4433.4715604354434950.8030.50498.6
2.82-2.914.4650.3554.1815166344033970.8540.40398.8
2.91-34.4570.2934.9914625332532810.90.33398.7
3-3.114.4730.2455.8814331325332040.9310.27898.5
3.11-3.224.4880.2146.6113707310530540.9490.24298.4
3.22-3.364.4620.1728.0413097299029350.9650.19498.2
3.36-3.514.4710.1399.8212775293228570.9740.15797.4
3.51-3.684.4950.11611.3812127275726980.9840.13197.9
3.68-3.884.4850.09713.0811494262625630.990.10997.6
3.88-4.114.4860.08314.8410956252124420.9910.09496.9
4.11-4.394.4710.07316.4710186235222780.9930.08296.9
4.39-4.754.460.06717.799540221121390.9930.07696.7
4.75-5.24.5030.06418.268768202419470.9950.07296.2
5.2-5.814.4680.07216.497927185917740.9930.08195.4
5.81-6.714.4520.07216.417030166315790.9930.08294.9
6.71-8.224.4120.06119.055907140913390.9940.06995
8.22-11.634.3190.0524.314496112010410.9960.05692.9
11.63-49.0013.8620.04624.2922906725930.9960.05388.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J3L

2j3l


解像度: 2.6→49.001 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1877 3.97 %
Rwork0.1686 --
obs0.1712 47231 92.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.54 Å2 / Biso mean: 35.6269 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8599 0 2 488 9089
Biso mean--48.6 31.71 -
残基数----1129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88411970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0885342
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.67030.32251330.2293211334486
2.6703-2.74890.30981340.21813231336587
2.7489-2.83760.31451290.21363320344989
2.8376-2.9390.23311420.23361350390
2.939-3.05660.28791450.23467361293
3.0566-3.19570.30831430.19183425356892
3.1957-3.36420.27421470.19893542368994
3.3642-3.57490.24831520.1783591374395
3.5749-3.85080.22651480.15583585373396
3.8508-4.23810.19851480.13433605375395
4.2381-4.85090.17231530.123654380796
4.8509-6.10980.17981460.14163640378695
6.1098-49.00930.19261570.16533722387993
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9840.42970.18792.2050.37872.04630.1528-0.2855-0.17960.2599-0.0179-0.17820.20410.3148-0.07090.2254-0.0024-0.08630.2773-0.00880.196642.213743.499980.7658
21.2565-0.1229-0.30151.53650.83451.20010.04650.09420.1794-0.1426-0.05880.0429-0.2003-0.08580.02340.19410.0414-0.0090.19790.04290.192729.469356.568160.5715
32.1212-0.5777-0.67620.23830.34220.5215-0.03960.05770.10360.0834-0.004-0.0176-0.11490.15370.02810.20710.0081-0.03570.24930.0130.29140.418856.37469.227
42.36540.5552-0.47022.7683-0.90861.54280.1851-0.39970.41320.3867-0.11280.1411-0.22910.0119-0.03850.3292-0.0158-0.00150.24-0.11940.2436.147168.643579.8415
51.31030.3902-0.50341.2752-0.38951.63590.2021-0.26070.22380.2983-0.2016-0.0911-0.31990.4585-0.00250.2866-0.0771-0.04070.3223-0.0550.271761.244683.323266.8452
62.9806-0.02252.20440.25910.09612.34370.05010.15190.4507-0.054-0.11570.1353-0.18730.05180.09760.34770.01650.00920.16690.05950.378930.707970.566367.2332
71.4485-0.258-0.16072.9974-1.00261.34530.3117-0.3955-0.06330.2022-0.211-0.20760.43980.2422-0.06330.363-0.0347-0.11480.4468-0.00330.242642.06248.209387.6289
81.4418-0.15150.46790.8843-1.47243.08620.4592-0.307-0.31870.2702-0.09950.16330.5869-0.3684-0.3140.626-0.1544-0.17220.54770.07910.342341.69735.839102.7576
93.91890.022-0.80984.2374-0.24611.3752-0.13170.01580.2721-0.12220.10.2509-0.1997-0.21770.07710.17920.0561-0.04490.27870.06660.209614.366450.61163.0452
100.48240.65920.00011.156-0.17970.66460.0095-0.0783-0.13350.0195-0.0545-0.16950.14790.02940.03470.18230.0506-0.02410.23370.0130.207430.797931.639568.4218
110.5253-0.12750.00370.60390.39622.17220.04920.0075-0.13560.1048-0.07410.04120.2288-0.16720.03730.1769-0.04730.00140.1770.0310.225315.50337.356444.8177
120.56630.41510.01670.6597-0.11930.9233-0.02330.0145-0.23240.0971-0.02650.02020.2135-0.02680.02580.23750.0201-0.01980.1986-0.01360.192825.236327.292168.8767
131.3255-0.2311-0.13930.72210.02721.4576-0.3683-0.77270.18160.61140.23330.427-0.1385-0.29040.06560.36880.13670.07760.6143-0.0760.37480.493455.040381.3689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 63 )A2 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 139 )A64 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 140 through 166 )A140 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 167 through 213 )A167 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 214 through 400 )A214 - 400
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 401 through 437 )A401 - 437
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 438 through 483 )A438 - 483
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 484 through 570 )A484 - 570
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 43 )B1 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 44 through 213 )B44 - 213
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 214 through 400 )B214 - 400
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 401 through 466 )B401 - 466
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 467 through 570 )B467 - 570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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