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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uc9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Heme Oxygenase-2 in complex with Myristate | ||||||
![]() | Heme oxygenase 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / heme oxygenase / myristic acid | ||||||
機能・相同性 | ![]() heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / Heme degradation / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / Iron uptake and transport / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress ...heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / Heme degradation / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / Iron uptake and transport / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress / response to hypoxia / heme binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luo, S. / Tong, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Heme Oxygenase 2 Binds Myristate to Regulate Retrovirus Assembly and TLR4 Signaling. 著者: Zhu, Y. / Luo, S. / Sabo, Y. / Wang, C. / Tong, L. / Goff, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26286.639 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P30519, heme oxygenase (biliverdin-producing) #2: 化合物 | ChemComp-MYR / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5) and 24% (w/v) PEG 2,000 monomethyl ether |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日 / 詳細: LR-Design detector positioner | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 68092 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 29.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 246452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5UC8 解像度: 1.903→25 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.08
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.45 Å2 / Biso mean: 33.3945 Å2 / Biso min: 15.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.903→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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