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- PDB-5uc3: Structure of the dominant negative mutant Glucocorticoid Receptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uc3
タイトルStructure of the dominant negative mutant Glucocorticoid Receptor alpha (L733K/N734P) complexed with RU-486
要素Glucocorticoid receptor
キーワードHORMONE RECEPTOR / Nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / regulation of gluconeogenesis / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / TBP-class protein binding / cellular response to dexamethasone stimulus / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Hsp90 protein binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / spindle / positive regulation of neuron apoptotic process / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / chromatin organization / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / synapse / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-486 / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.009 Å
データ登録者Min, J. / Cidlowski, J.A. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nuclear receptor
著者: Min, J. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,72817
ポリマ－59,7182
非ポリマー2,01115
水3,603200
1
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子

A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,45634
ポリマ－119,4354
非ポリマー4,02130
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area17560 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area39830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.749, 88.320, 64.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1027-

HOH

21A-1040-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 29858.789 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 522-777 / 変異: L733K, N734P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04150

-
非ポリマー , 5種, 215分子

#2: 化合物 ChemComp-486 / 11-(4-DIMETHYLAMINO-PHENYL)-17-HYDROXY-13-METHYL-17-PROP-1-YNYL-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-DODEC AHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-3-ONE / RU-486 / MIFEPRISTONE / ミフェプリストン


分子量: 429.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H35NO2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.1 M sodium citrate, 15 % MPD (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 47639 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.494

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M2Z with C-terminus 50 aa truncation

1m2z


解像度: 2.009→20.024 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 2379 5 %
Rwork0.1779 --
obs0.1796 47605 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.009→20.024 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3667 0 131 200 3998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7885276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3312306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0086-2.04950.28891310.25432470X-RAY DIFFRACTION93
2.0495-2.0940.25231390.23282652X-RAY DIFFRACTION100
2.094-2.14270.26971420.21342693X-RAY DIFFRACTION100
2.1427-2.19620.27091370.20532644X-RAY DIFFRACTION100
2.1962-2.25550.26321360.20582651X-RAY DIFFRACTION100
2.2555-2.32180.22151440.18992678X-RAY DIFFRACTION100
2.3218-2.39660.26091430.19672667X-RAY DIFFRACTION100
2.3966-2.48210.24861400.19622672X-RAY DIFFRACTION100
2.4821-2.58130.2161400.18892653X-RAY DIFFRACTION100
2.5813-2.69850.24351380.18372674X-RAY DIFFRACTION100
2.6985-2.84040.23131460.18942669X-RAY DIFFRACTION100
2.8404-3.01780.23621380.19172678X-RAY DIFFRACTION100
3.0178-3.24990.23161420.18972687X-RAY DIFFRACTION100
3.2499-3.57530.20861380.17622661X-RAY DIFFRACTION100
3.5753-4.08880.18651420.15762696X-RAY DIFFRACTION100
4.0888-5.13710.17551400.14462678X-RAY DIFFRACTION100
5.1371-20.02450.18451430.17742703X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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