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- PDB-5uas: Structure of a new family of Polysaccharide lyase PL25-Ulvanlyase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uas
タイトルStructure of a new family of Polysaccharide lyase PL25-Ulvanlyase bound to -[GlcA(1-4)Rha3S]-
要素UlvanLyase-PL25
キーワードLYASE / Beta propellar fold / degrades Ulvan polysaccharide
機能・相同性BNR repeat-containing family member / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / Sialidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / lyase activity / metal ion binding / plasma membrane / : / Ulvan Lyase-PL25
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas sp. PLSV (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ulaganathan, T.S. / Cygler, M.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: New Ulvan-Degrading Polysaccharide Lyase Family: Structure and Catalytic Mechanism Suggests Convergent Evolution of Active Site Architecture.
著者: Ulaganathan, T. / Boniecki, M.T. / Foran, E. / Buravenkov, V. / Mizrachi, N. / Banin, E. / Helbert, W. / Cygler, M.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UlvanLyase-PL25
B: UlvanLyase-PL25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,34315
ポリマ－106,1432
非ポリマー2,20013
水20,3211128
1
A: UlvanLyase-PL25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2028
ポリマ－53,0721
非ポリマー1,1317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UlvanLyase-PL25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1407
ポリマ－53,0721
非ポリマー1,0696
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.620, 71.810, 109.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 UlvanLyase-PL25


分子量: 53071.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas sp. PLSV (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W2VMZ5*PLUS
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-3-O-sulfo-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D- ...4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-3-O-sulfo-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-3-O-sulfo-alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 804.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2211m-1a_1-5_3*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5][a21eEA-1a_1-5]/1-2-1-3/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Rhap3SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-L-Rhap3SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 1139分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG3500, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9871 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9871 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47.8 Å / Num. obs: 143590 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UAM

5uam


解像度: 1.6→47.8 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 7181 5 %
Rwork0.182 --
obs0.183 143590 96.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6937 0 130 1128 8195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1229872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0544201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1351017
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.40812010.32283839X-RAY DIFFRACTION82
1.6182-1.63720.36932330.3184425X-RAY DIFFRACTION93
1.6372-1.65720.34242360.27674480X-RAY DIFFRACTION95
1.6572-1.67820.30782370.26744503X-RAY DIFFRACTION96
1.6782-1.70020.30752360.25624477X-RAY DIFFRACTION96
1.7002-1.72350.27992370.24824509X-RAY DIFFRACTION96
1.7235-1.74820.26122390.22594523X-RAY DIFFRACTION96
1.7482-1.77430.25832400.20574573X-RAY DIFFRACTION96
1.7743-1.8020.2392380.2044512X-RAY DIFFRACTION96
1.802-1.83150.22732380.19494533X-RAY DIFFRACTION96
1.8315-1.86310.24662390.20474525X-RAY DIFFRACTION96
1.8631-1.8970.25442400.22744559X-RAY DIFFRACTION96
1.897-1.93350.32632350.28764459X-RAY DIFFRACTION95
1.9335-1.97290.22972410.21324585X-RAY DIFFRACTION97
1.9729-2.01580.20212400.18024568X-RAY DIFFRACTION97
2.0158-2.06270.19332410.18824572X-RAY DIFFRACTION97
2.0627-2.11430.24232400.20144567X-RAY DIFFRACTION97
2.1143-2.17150.21172420.17024596X-RAY DIFFRACTION97
2.1715-2.23540.2312430.17824615X-RAY DIFFRACTION97
2.2354-2.30750.21172380.1934519X-RAY DIFFRACTION96
2.3075-2.390.18012420.16794588X-RAY DIFFRACTION97
2.39-2.48570.20412420.17064603X-RAY DIFFRACTION97
2.4857-2.59880.21862410.16364575X-RAY DIFFRACTION97
2.5988-2.73580.19752420.16824605X-RAY DIFFRACTION97
2.7358-2.90720.19222410.16844578X-RAY DIFFRACTION97
2.9072-3.13160.20072450.16344641X-RAY DIFFRACTION97
3.1316-3.44670.18742440.15764652X-RAY DIFFRACTION98
3.4467-3.94520.18192460.15294667X-RAY DIFFRACTION98
3.9452-4.96980.17182480.13884702X-RAY DIFFRACTION98
4.9698-47.82940.1912560.18424859X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82240.23670.02350.88990.32221.2056-0.0011-0.04350.03840.0538-0.01660.093-0.0215-0.14150.00680.11460.00750.0030.13550.01360.1396-0.590280.167338.8157
21.08010.1889-0.17071.020.22070.87470.0086-0.11150.00810.06550.0915-0.0345-0.0730.1235-0.1010.1291-0.0057-0.00560.1148-0.0140.105115.258785.89241.9911
30.92490.2609-0.09830.98750.75031.22940.00660.1153-0.0245-0.18690.1768-0.238-0.25770.3224-0.07950.1697-0.06060.05180.1788-0.05050.128623.158582.375222.21
41.66510.2902-0.18980.87970.33571.2515-0.00560.2196-0.1827-0.13960.02180.04130.036-0.0231-0.01010.14950.0063-0.01060.1575-0.02480.12539.000471.2516.9098
51.5669-0.7666-0.40251.30020.50870.53670.03160.2378-0.2742-0.0673-0.12090.20320.1146-0.10610.09770.1433-0.0098-0.03080.1825-0.03660.17150.816567.529919.6481
61.1830.3357-0.0140.9595-0.34431.1477-0.0193-0.016-0.03670.0438-0.00320.15640.058-0.14630.02040.1237-0.00680.00160.1549-0.01230.1502-4.096372.828835.1309
71.0916-0.41510.30651.1174-0.2021.19030.02090.08210.0373-0.13460.0158-0.2204-0.04310.1609-0.03020.1321-0.01430.02620.1428-0.0280.175256.814744.2675.7223
81.0427-0.465-0.06330.99260.23810.83410.02040.08660.0864-0.12450.0578-0.051-0.1011-0.058-0.07180.1647-0.0056-0.00590.12910.01740.13942.383551.47154.9738
91.7864-0.6760.13991.4011-0.33651.2849-0.1011-0.42070.03630.22950.15570.0536-0.1032-0.2363-0.04090.15960.04290.00290.23910.0060.119337.616945.953126.214
101.70180.1867-0.29461.3206-0.4921.0937-0.0893-0.314-0.29750.16420.13-0.0920.1204-0.0072-0.0330.1430.0138-0.0280.21470.0340.194455.583732.602126.468
111.2864-0.35760.32821.00210.62451.22380.05480.0396-0.1289-0.07490.0583-0.30780.0630.165-0.08520.1251-0.00280.01610.166-0.02460.214462.285537.27469.7971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 47 THROUGH 126)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 127 THROUGH 227 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 228 THROUGH 348 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 349 THROUGH 416 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 417 THROUGH 439 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 440 THROUGH 486 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 48 THROUGH 135 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 136 THROUGH 227 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 228 THROUGH 376)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 377 THROUGH 439 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 440 THROUGH 487 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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