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- PDB-5ua4: Crystal structure of A179L:Bid BH3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ua4
タイトルCrystal structure of A179L:Bid BH3 complex
要素
  • 5-HL
  • BH3-interacting domain death agonist
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of BAD and translocation to mitochondria / Activation and oligomerization of BAK protein / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / BH domain binding / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / host cell endoplasmic reticulum ...Activation of BAD and translocation to mitochondria / Activation and oligomerization of BAK protein / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / BH domain binding / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / host cell endoplasmic reticulum / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / host cell mitochondrion / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 ...BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator Bcl-2 homolog / Apoptosis regulator Bcl-2 homolog / BH3-interacting domain death agonist
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Banjara, S. / Caria, S. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1007918 オーストラリア
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into African Swine Fever Virus A179L-Mediated Inhibition of Apoptosis.
著者: Banjara, S. / Caria, S. / Dixon, L.K. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2016年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-HL
B: BH3-interacting domain death agonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5402
ポリマ－21,5402
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.761, 48.778, 56.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Dimer as determined by size exclusion chromatography

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要素

#1: タンパク質 5-HL / A179L / Bcl-2-like protein / PA179L


分子量: 17709.230 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-148 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: 5-HL, A179L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0Q0E8, UniProt: P42485*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド BH3-interacting domain death agonist


分子量: 3830.336 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 73-106 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q4JHS0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 27.5% (w/v) PEG 4000, 0.11 M, Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium cacodylate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.11 Å / Num. obs: 5150 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→39.11 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2628 253 4.91 %Random selection
Rwork0.2161 ---
obs0.2183 5148 92.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1361 0 0 20 1381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8681888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.789510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004237
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-3.27550.31171280.26462455X-RAY DIFFRACTION94
3.2755-39.110.23641250.19312440X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00480.00470.05690.01030.03420.91550.0224-0.2187-0.0613-0.0270.14540.3567-0.9508-0.4928-0.01490.33370.09110.01960.33840.03410.397613.340642.796113.033
21.75370.28591.08560.28460.11470.6998-0.2466-0.24740.17480.0866-0.19470.2146-0.5056-0.0578-0.22590.7206-0.19240.10560.5188-0.15670.2123.484545.32859.1677
30.5387-0.07080.77150.0418-0.30922.4856-0.6110.0189-0.25820.14790.0392-0.4468-0.36041.1844-0.03020.4115-0.0119-0.05940.3319-0.07780.569820.337250.57416.8336
40.7271-0.3381-0.29681.58590.12660.46220.02780.1126-0.1006-0.5707-0.01350.4075-0.0281-0.0844-0.04120.3014-0.0026-0.05750.23670.01380.207216.340132.151211.5062
50.1720.03450.14431.7106-0.48640.2960.2514-0.15220.5901-0.11840.12210.5754-0.2148-0.31750.62790.04770.00960.11910.37570.03120.51915.67737.631423.6066
61.3042-0.8949-0.48132.9179-2.22133.65450.1238-0.15620.1036-0.44910.21330.19180.56550.2370.94350.1769-0.0050.00650.24730.08820.240416.661921.349417.6611
71.67911.9999-1.38182.4733-1.47831.42780.4907-0.2146-0.05150.6484-0.4498-0.4741-0.17180.3466-0.25760.3646-0.01980.05680.2827-0.00450.321421.10222.775538.4454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 33 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 34 through 123 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 124 through 143 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 26 through 46 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 47 through 57 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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