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- PDB-5ua3: Crystal Structure of a DNA G-Quadruplex with a Cytosine Bulge -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ua3
タイトルCrystal Structure of a DNA G-Quadruplex with a Cytosine Bulge
要素DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*T)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / G4 / cytosine bulge / DNA structure
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8802 Å
Model detailsStructure of human telomerase RNA component DNA analogue (nucleotides 1-20 )
データ登録者Meier, M. / McDougall, M.D. / Krahn, N.J. / Moya-Torres, A. / McRae, E.K.S. / Booy, E.P. / Patel, T.R. / McKenna, S.A. / Stetefeld, J.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)342077-2012 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)345517-07 カナダ
Cancer Research Society カナダ
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structure and hydrodynamics of a DNA G-quadruplex with a cytosine bulge.
著者: Meier, M. / Moya-Torres, A. / Krahn, N.J. / McDougall, M.D. / Orriss, G.L. / McRae, E.K.S. / Booy, E.P. / McEleney, K. / Patel, T.R. / McKenna, S.A. / Stetefeld, J.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2013
タイトル: Binding of G-quadruplexes to the N-terminal recognition domain of the RNA helicase associated with AU-rich element (RHAU).
著者: Meier, M. / Patel, T.R. / Booy, E.P. / Marushchak, O. / Okun, N. / Deo, S. / Howard, R. / McEleney, K. / Harding, S.E. / Stetefeld, J. / McKenna, S.A.
履歴
登録2016年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8027
ポリマ－12,6062
非ポリマー1955
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area7060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.103, 33.100, 33.282
Angle α, β, γ (deg.)64.650, 78.640, 81.780
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*T)-3')


分子量: 6303.036 Da / 分子数: 2
断片: DNA G-quadruplex, Human telomerase RNA component (TERC) DNA analogue, nucleotides 1-20
由来タイプ: 合成
詳細: Alpha DNA, 225 Bridge CP 4023, Montreal, Quebec H3C 0J7, Canada
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 % / 解説: Stacked plates / Mosaicity: 0.71 °
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.5 M NaCl, 10% v/v ethanol, 0.1 M sodium cacodylate, G4R1 53-105 peptide (UniProtKB Q9H2U1/DHX36_HUMAN, amino acid residues 53-105)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: X-stream 2000
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年2月7日 / 詳細: Rigaku Osmic Confocal Max-Flux multilayer mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7963→20.3024 Å / Num. obs: 9658 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/av σ(I): 16.7 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.88-20.30243.90.0699.7195.99
1.7963-1.913.50.8061.5166.23
1.88-1.973.80.6842192.72

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.49 Å
Translation2.5 Å19.49 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
DENZOv706データ削減
SCALEPACKv706データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XAV

1xav


解像度: 1.8802→19.4935 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 9.172 / SU ML: 0.1226 / SU R Cruickshank DPI: 0.1993 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1993 / ESU R Free: 0.1613 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1613
詳細: Resolution of the structure is 1.88 A (where average I/sigmaI in outer shell = 2.0). During refinement we included data up to 1.796 A to improve the quality of the structure and the electron density map.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 603 6.8 %RANDOM
Rwork0.2274 ---
obs0.2288 8254 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.19 Å2 / Biso mean: 39.929 Å2 / Biso min: 19.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20.76 Å2-0.85 Å2
2--0.93 Å2-0.28 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8802→19.4935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 838 5 78 921
Biso mean--26.4 42.55 -
残基数----40
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.011942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0671.1431458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.46131066
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02198
LS精密化 シェル解像度: 1.8802→1.929 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 39 -
Rwork0.306 579 -
obs--92.24 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.406 Å / Origin y: 0.487 Å / Origin z: 0.492 Å
111213212223313233
T0.0482 Å2-0.0321 Å20.0481 Å2-0.0343 Å2-0.033 Å2--0.053 Å2
L9.1186 °20.7941 °20.53 °2-4.8418 °20.5381 °2--2.8822 °2
S-0.0957 Å °0.3283 Å °-0.0217 Å °-0.1911 Å °0.0011 Å °-0.1268 Å °-0.0154 Å °-0.02 Å °0.0946 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 20
3X-RAY DIFFRACTION1A101 - 103
4X-RAY DIFFRACTION1B101 - 102
5X-RAY DIFFRACTION1A201 - 253
6X-RAY DIFFRACTION1B201 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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