+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u9y | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ocellatin-F1 | ||||||
![]() | Ocellatin-K1 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / OCELLATIN / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / ALPHA HELIX / AMPHIPATHIC CHARACTER / C-TERMINAL CARBOXYAMIDATION | ||||||
機能・相同性 | Ocellatin / Ocellatin family / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / hemolysis in another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Ocellatin-K1![]() | ||||||
生物種 | Leptodactylus knudseni (カエル) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Gusmao, K.A.G. / dos Santos, D.M. / Santos, V.M. / Pilo-Veloso, D. / de Lima, M.E. / Resende, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: NMR structures in different membrane environments of three ocellatin peptides isolated from Leptodactylus labyrinthicus. 著者: Gomes, K.A.G.G. / Dos Santos, D.M. / Santos, V.M. / Pilo-Veloso, D. / Mundim, H.M. / Rodrigues, L.V. / Liao, L.M. / Verly, R.M. / de Lima, M.E. / Resende, J.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 358 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 413 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2552.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Leptodactylus knudseni (カエル) / 参照: UniProt: P86711 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 2 mM Ocellatin-F1, 400 mM d-38 DPC, 5 % 99.75 D2O, 1 mM DSS, 95% H2O/5% D2O Label: Ocellatin-F1-DPC / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: Null / Label: Ocellatin-F1 / pH: 4 / 圧: Ambient / 温度: 293.15 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AvanceIII / 製造業者: Bruker / モデル: AvanceIII / 磁場強度: 800 MHz |
---|
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |