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- PDB-5u97: Crystal structure of Co-CAO1 in complex with piceatannol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u97
タイトルCrystal structure of Co-CAO1 in complex with piceatannol
要素Carotenoid oxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / carotenoid / cleavage / oxygenase / beta propeller / dioxygenase / piceatannol / carotenoid oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / : / PICEATANNOL / Carotenoid cleavage oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa OR74A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sui, X. / Palczewski, K. / Banerjee, S. / Kiser, P.D.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY009339 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY020551 米国
Burroughs Wellcome Fund1015187 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA157735 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM77387 米国
Department of Veterans Affairs (VA, United States)BX002683 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structure and Spectroscopy of Alkene-Cleaving Dioxygenases Containing an Atypically Coordinated Non-Heme Iron Center.
著者: Sui, X. / Weitz, A.C. / Farquhar, E.R. / Badiee, M. / Banerjee, S. / von Lintig, J. / Tochtrop, G.P. / Palczewski, K. / Hendrich, M.P. / Kiser, P.D.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _struct_keywords.text
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.02023年2月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn / entity / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_keywords / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.identifier_ORCID / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_keywords.text / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Ligand geometry
詳細: Re-refinement using the CCP4 dictionary file for piceatannol
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carotenoid oxygenase 1
B: Carotenoid oxygenase 1
C: Carotenoid oxygenase 1
D: Carotenoid oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,39325
ポリマ－237,9924
非ポリマー3,40121
水30,6261700
1
A: Carotenoid oxygenase 1
D: Carotenoid oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,90213
ポリマ－118,9962
非ポリマー1,90611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carotenoid oxygenase 1
C: Carotenoid oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,49112
ポリマ－118,9962
非ポリマー1,49510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.050, 101.050, 448.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Carotenoid oxygenase 1


分子量: 59497.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa OR74A (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
遺伝子: cao-1, NCU07008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7S860

-
非ポリマー , 5種, 1721分子

#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PIT / PICEATANNOL / 4-[(E)-2-(3,5-DIHYDROXYPHENYL)ETHENYL]BENZENE-1,2-DIOL / ピセアタンノ-ル


分子量: 244.243 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H6O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium polyacrylate, HEPES 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.86 Å / Num. obs: 220557 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 1.037 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 35436 / CC1/2: 0.411

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U8X

5u8x


解像度: 1.85→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.951 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20584 9977 4.5 %RANDOM
Rwork0.18398 ---
obs0.18499 210580 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.452 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å2-0 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15949 0 232 1700 17881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01216942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01615255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.11.65623066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3821.57435178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37952037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.1199.375272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56810.692587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.69315119
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.22311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6332.7168079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.632.7168079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4394.87410133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.444.87410134
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2973.0038863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2963.0038864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7135.39512932
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.26231.8519166
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.26231.8519167
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 779 -
Rwork0.387 15158 -
obs--95.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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