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- PDB-5u8p: Crystal structure of a short chain dehydrogenase from Burkholderi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u8p
タイトルCrystal structure of a short chain dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 in complex with NAD
要素Short chain dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Uncharacterized oxidoreductase YghA
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a short chain dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 in complex with NAD
著者: Abendroth, J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6076
ポリマ－65,2322
非ポリマー1,3754
水14,124784
1
A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 133 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,21412
ポリマ－130,4634
非ポリマー2,7518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area20440 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area32100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.160, 103.080, 87.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.680, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-887-

HOH

21B-755-

HOH

31B-809-

HOH

41B-875-

HOH

51B-884-

HOH

61B-886-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Short chain dehydrogenase


分子量: 32615.799 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 28-328 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAL1205 / プラスミド: BuceA.00010.v.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4EEE3
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus screen, D9: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550: 20mM of each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol: 100mM bicine/Trizma ...詳細: Morpheus screen, D9: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550: 20mM of each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol: 100mM bicine/Trizma base pH 8.5: BuceA.00010.v.B2.PS01749 at 21.12 mg/ml + 4mM NAD: cryo: direct: tray 2486004d9, puck PLT0-10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月29日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→31.416 Å / Num. obs: 135756 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.179 % / Biso Wilson estimate: 8.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 15.73 / Num. measured all: 567351 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.443.6840.2964.52365001015099070.9110.34997.6
1.44-1.484.1660.2565.8640259987496640.9460.29497.9
1.48-1.524.220.2097.1139614956393880.9590.2498.2
1.52-1.574.2230.1718.2738933937692190.9750.19698.3
1.57-1.624.2280.159.3637501901288690.9790.17198.4
1.62-1.674.2310.12910.5536637876386590.9830.14898.8
1.67-1.744.2370.11112.0135283842683280.9870.12798.8
1.74-1.814.2390.09413.9434143812980540.990.10799.1
1.81-1.894.2380.08215.7532774780877330.9920.09499
1.89-1.984.2310.07118.0331358745674120.9940.08199.4
1.98-2.094.2320.06320.1329625703870010.9950.07299.5
2.09-2.214.2280.05722.1328442675667270.9950.06599.6
2.21-2.374.2220.05323.926498629762760.9950.0699.7
2.37-2.564.2260.04825.1924886590958890.9960.05699.7
2.56-2.84.2250.04626.5522640538053580.9960.05399.6
2.8-3.134.2270.04328.1120731492349050.9970.0599.6
3.13-3.614.220.0413018177432443070.9970.04699.6
3.61-4.434.1910.03931.0915310367136530.9970.04499.5
4.43-6.264.1740.03931.5411907287028530.9970.04599.4
6.26-31.4163.9470.03930.816133160115540.9970.04597.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JYD, native structure of same taraget

5jyd


解像度: 1.4→31.416 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1373 2031 1.5 %
Rwork0.1167 133711 -
obs0.1171 135742 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.42 Å2 / Biso mean: 12.9912 Å2 / Biso min: 4.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→31.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4306 0 90 817 5213
Biso mean--6.87 27.15 -
残基数----584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.016557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082735
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2951842
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.43260.20991410.15148777891898
1.4326-1.46840.18831360.12918801893798
1.4684-1.50810.15121230.11468821894498
1.5081-1.55250.15811300.10538789891998
1.5525-1.60260.12361340.09758879901399
1.6026-1.65990.13591350.09398871900699
1.6599-1.72630.13121240.09668907903199
1.7263-1.80490.13121340.10068895902999
1.8049-1.90.11851490.10378900904999
1.9-2.0190.13981420.108689899131100
2.019-2.17490.12151480.112489589106100
2.1749-2.39370.12281040.11689969100100
2.3937-2.73990.13581500.12690009150100
2.7399-3.45130.14791320.131590409172100
3.4513-31.42360.13171490.124590889237100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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