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万見
- PDB-5u7i: PDE2 catalytic domain complexed with inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u7i
タイトルPDE2 catalytic domain complexed with inhibitors
要素cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / PDE2 / SBDD / inhibitor / phosphodiesterase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability ...regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / regulation of mitochondrion organization / establishment of endothelial barrier / aorta development / cGMP-mediated signaling / ventricular septum development / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / TPR domain binding / cGMP catabolic process / phosphate ion binding / cGMP effects / monocyte differentiation / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to cAMP / cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7XS / cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pandit, J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Application of Structure-Based Design and Parallel Chemistry to Identify a Potent, Selective, and Brain Penetrant Phosphodiesterase 2A Inhibitor.
著者: Helal, C.J. / Arnold, E.P. / Boyden, T.L. / Chang, C. / Chappie, T.A. / Fennell, K.F. / Forman, M.D. / Hajos, M. / Harms, J.F. / Hoffman, W.E. / Humphrey, J.M. / Kang, Z. / Kleiman, R.J. / ...著者: Helal, C.J. / Arnold, E.P. / Boyden, T.L. / Chang, C. / Chappie, T.A. / Fennell, K.F. / Forman, M.D. / Hajos, M. / Harms, J.F. / Hoffman, W.E. / Humphrey, J.M. / Kang, Z. / Kleiman, R.J. / Kormos, B.L. / Lee, C.W. / Lu, J. / Maklad, N. / McDowell, L. / Mente, S. / O'Connor, R.E. / Pandit, J. / Piotrowski, M. / Schmidt, A.W. / Schmidt, C.J. / Ueno, H. / Verhoest, P.R. / Yang, E.X.
履歴
登録2016年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,72916
ポリマ－160,9004
非ポリマー1,82912
水15,367853
1
A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6824
ポリマ－40,2251
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6824
ポリマ－40,2251
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6824
ポリマ－40,2251
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6824
ポリマ－40,2251
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.780, 72.940, 91.000
Angle α, β, γ (deg.)109.200, 89.390, 88.900
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Cyclic GMP-stimulated phosphodiesterase / cGSPDE


分子量: 40225.102 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain of PDE2, UNP residues 323-663 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE2A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21
参照: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-7XS / 4-[3-(4-methoxyphenoxy)azetidin-1-yl]-1-methyl-3-(2-methylpropyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine


分子量: 367.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N5O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 88454 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.241 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 314700
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.073.40.12587081.065195.3
2.07-2.153.60.187831.024196.8
2.15-2.253.50.09487871.208197.2
2.25-2.373.60.08189071.198197.5
2.37-2.523.70.0789331.264197.6
2.52-2.713.60.06389041.392198.1
2.71-2.993.60.05689681.345198.3
2.99-3.423.70.04889691.455198.6
3.42-4.313.60.04389851.251198.4
4.31-503.40.0485101.163193.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ITU

3itu


解像度: 2→34.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9276 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9076 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Blow DPI: 0.162 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.163
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 4424 5.01 %RANDOM
Rwork0.1938 ---
obs0.1952 88361 96.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 107.55 Å2 / Biso mean: 27.34 Å2 / Biso min: 3.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9291 Å2-0.3062 Å2-3.5654 Å2
2--0.311 Å20.9507 Å2
3----2.2402 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.259 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→34.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10843 0 216 853 11912
Biso mean--28.93 31.48 -
残基数----1325
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4010SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes274HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1724HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11342HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1431SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14068SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11342HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15401HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.02
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2824 297 4.98 %
Rwork0.2385 5670 -
all0.2408 5967 -
obs--96.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4723-0.0038-0.42420.53380.21861.2497-0.02190.172-0.0647-0.04880.00020.04390.0455-0.01790.0217-0.0399-0.02840.002-0.0394-0.0042-0.051.2949-0.3342-0.8661
21.2471-0.1491-0.28550.68540.14211.3150.0081-0.12750.03270.04420.0362-0.04810.01190.0247-0.0443-0.0548-0.0259-0.0118-0.0201-0.0119-0.060118.75642.453538.5082
31.49460.12360.05780.6321-0.13861.50850.0767-0.18540.02950.0928-0.0529-0.12270.00990.0401-0.0238-0.0981-0.0299-0.0148-0.0121-0.0359-0.042345.243235.995637.7038
41.22520.0988-0.44260.60590.16411.10450.04290.22020.153-0.07770.01960.0863-0.0687-0.1616-0.0625-0.0879-0.0131-0.00360.01950.0388-0.028628.522533.1284-3.0738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A579 - 916
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B580 - 915
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C590 - 916
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D590 - 913

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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