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- PDB-5u76: Chicken Slo2.2 in a closed conformation vitrified in the presence... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u76
タイトルChicken Slo2.2 in a closed conformation vitrified in the presence of 300 mM NaCl
要素Potassium channel subfamily T member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / potassium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular sodium-activated potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / RCK N-terminal domain profile. / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel subfamily T member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Hite, R.K. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Titration of Slo2.2, a Na-Dependent K Channel.
著者: Richard K Hite / Roderick MacKinnon /
要旨: The stable structural conformations that occur along the complete reaction coordinate for ion channel opening have never been observed. In this study, we describe the equilibrium ensemble of ...The stable structural conformations that occur along the complete reaction coordinate for ion channel opening have never been observed. In this study, we describe the equilibrium ensemble of structures of Slo2.2, a neuronal Na-activated K channel, as a function of the Na concentration. We find that Slo2.2 exists in multiple closed conformations whose relative occupancies are independent of Na concentration. An open conformation emerges from an ensemble of closed conformations in a highly Na-dependent manner, without evidence of Na-dependent intermediates. In other words, channel opening is a highly concerted, switch-like process. The midpoint of the structural titration matches that of the functional titration. A maximum open conformation probability approaching 1.0 and maximum functional open probability approaching 0.7 imply that, within the class of open channels, there is a subclass that is not permeable to ions.
履歴
登録2016年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.details / _em_software.name
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / em_software / Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8517
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily T member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4101
ポリマ－137,4101
非ポリマー00
水00
1
A: Potassium channel subfamily T member 1

A: Potassium channel subfamily T member 1

A: Potassium channel subfamily T member 1

A: Potassium channel subfamily T member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)549,6394
ポリマ－549,6394
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C4 (4回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Potassium channel subfamily T member 1 / Slo2.2


分子量: 137409.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: KCNT1, SLACK / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8QFV0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chicken Slo2.2 in closed conformation / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
プラスミド: pFastBac
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2300 mMpotassium chlorideKCl1
3300 mMsodium chlorideNaCl1
41.5 mMdodecyl maltoside1
50.075 mg/ml1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine1
60.025 mg/ml1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 88 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影平均露光時間: 1.2 sec. / 電子線照射量: 59 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2000
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0088 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4CTFFIND44.0.16CTF補正
9PHENIXモデル精密化phenix.real_space_refine
10REFMACモデル精密化
11RELION2初期オイラー角割当
12FREALIGN最終オイラー角割当
13RELION2分類
14FREALIGN３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 160000 / 詳細: Manual particle selection in RELION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 8 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化解像度: 3.76→3.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.86 / SU B: 117.148 / SU ML: 0.982
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.399 --
obs0.399 23056 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 415.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3---1.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 7091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.0197256
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.026995
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg0.941.9659830
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.808316051
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.3025871
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg30.44223.323322
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.201151279
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg10.0021547
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.050.21111
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0030.0218030
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.021715
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it6.51241.5123505
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other6.5141.5123504
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it11.37262.2594369
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other11.37162.264370
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it5.84742.5753751
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other5.84642.5753752
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other1163.5875462
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined17.8928065
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other17.8918066
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.753 1702 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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