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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u6n | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of UDP-glucosyltransferase, UGT74F2 (T15S), with UDP and salicylic acid | |||||||||
要素 | UDP-glycosyltransferase 74F2 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / UDP-glucosyltransferase / salicylic acid / salicylic acid glucoside / salicylic acid ester | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 para-aminobenzoic acid metabolic process / salicylic acid glucosyltransferase (ester-forming) activity / salicylic acid glucosyltransferase (glucoside-forming) activity / benzoic acid glucosyltransferase activity / UDP-glucose:4-aminobenzoate acylglucosyltransferase activity / nicotinate-O-glucosyltransferase activity / positive regulation of seed germination / benzoate metabolic process / quercetin 7-O-glucosyltransferase activity / quercetin 3-O-glucosyltransferase activity ...para-aminobenzoic acid metabolic process / salicylic acid glucosyltransferase (ester-forming) activity / salicylic acid glucosyltransferase (glucoside-forming) activity / benzoic acid glucosyltransferase activity / UDP-glucose:4-aminobenzoate acylglucosyltransferase activity / nicotinate-O-glucosyltransferase activity / positive regulation of seed germination / benzoate metabolic process / quercetin 7-O-glucosyltransferase activity / quercetin 3-O-glucosyltransferase activity / salicylic acid metabolic process / UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.001 Å | |||||||||
データ登録者 | George Thompson, A.M. / Iancu, C.V. / Dean, J.V. / Choe, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Differences in salicylic acid glucose conjugations by UGT74F1 and UGT74F2 from Arabidopsis thaliana. 著者: George Thompson, A.M. / Iancu, C.V. / Neet, K.E. / Dean, J.V. / Choe, J.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u6n.cif.gz | 369.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u6n.ent.gz | 306.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u6n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5u6n_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5u6n_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5u6n_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5u6n_validation.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50807.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: UGT74F2, GT, SAGT1, SGT1, At2g43820, F18O19.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O22822, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 72分子
#3: 化合物 | ChemComp-GLN / | ||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 22-26 % (w/v) PEG3500, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03321 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03321 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→100 Å / Num. obs: 63603 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 50.9913254658 Å2 / Net I/σ(I): 48.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.001→50.905 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→50.905 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 56.3268 Å / Origin y: 75.7054 Å / Origin z: 59.022 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |