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万見
- PDB-5u5k: Crystal structure of EED in complex with 3-(3-methoxybenzyl)piper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5k
タイトルCrystal structure of EED in complex with 3-(3-methoxybenzyl)piperidine hydrochloride
要素Polycomb protein EED
キーワードTRANSCRIPTION / EED / fragment-based generation / oncology
機能・相同性
機能・相同性情報


ESC/E(Z) complex / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / PRC2 methylates histones and DNA / transcription corepressor binding / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / PRC2 methylates histones and DNA / transcription corepressor binding / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / heterochromatin formation / chromosome / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats ...: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-3-[(3-methoxyphenyl)methyl]piperidine / FORMIC ACID / Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Bussiere, D. / Shu, W.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Design of EED Binders Allosterically Inhibiting the Epigenetic Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) Methyltransferase.
著者: Lingel, A. / Sendzik, M. / Huang, Y. / Shultz, M.D. / Cantwell, J. / Dillon, M.P. / Fu, X. / Fuller, J. / Gabriel, T. / Gu, J. / Jiang, X. / Li, L. / Liang, F. / McKenna, M. / Qi, W. / Rao, W. ...著者: Lingel, A. / Sendzik, M. / Huang, Y. / Shultz, M.D. / Cantwell, J. / Dillon, M.P. / Fu, X. / Fuller, J. / Gabriel, T. / Gu, J. / Jiang, X. / Li, L. / Liang, F. / McKenna, M. / Qi, W. / Rao, W. / Sheng, X. / Shu, W. / Sutton, J. / Taft, B. / Wang, L. / Zeng, J. / Zhang, H. / Zhang, M. / Zhao, K. / Lindvall, M. / Bussiere, D.E.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6083
ポリマ－42,3561
非ポリマー2512
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.661, 60.833, 66.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42356.246 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 76-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-7VY / (3R)-3-[(3-methoxyphenyl)methyl]piperidine


分子量: 205.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: Crystals grown in a precipitant composed of 3-3.5 M sodium formate using the vapor diffusion method. Crystals grew in 3-5 days at 18 Celsius and harvested and soaked in defined drops ...詳細: Crystals grown in a precipitant composed of 3-3.5 M sodium formate using the vapor diffusion method. Crystals grew in 3-5 days at 18 Celsius and harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant with 1-2 mM of compound (typically solubilized in DMSO) for 24-48 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 3.5 M sodium formate, 1-2 mM of compound, and 30% (v/v) glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 270 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→44.71 Å / Num. obs: 15667 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 55.52 Å2 / Net I/σ(I): 19.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.33→44.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.374 / SU Rfree Blow DPI: 0.234 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.236
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 764 4.89 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.166 15618 93.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9165 Å20 Å2-0.2645 Å2
2---0.0271 Å20 Å2
3----0.8895 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→44.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2853 0 18 155 3026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012943HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173993HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d997SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes427HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2943HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion381SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3272SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 143 5.12 %
Rwork0.192 2649 -
all0.195 2792 -
obs--92.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.8869 Å / Origin y: -10.1516 Å / Origin z: 17.318 Å
111213212223313233
T-0.0916 Å2-0.0434 Å2-0.0132 Å2--0.1579 Å20.0577 Å2---0.1292 Å2
L3.0469 °20.2126 °2-0.3637 °2-1.683 °20.5111 °2--1.5113 °2
S-0.1634 Å °0.3027 Å °0.2217 Å °-0.2255 Å °0.1331 Å °0.1188 Å °-0.0227 Å °-0.0134 Å °0.0303 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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