- PDB-5u5h: Crystal structure of EED in complex with 6-(2-fluoro-5-methoxyben... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5h
タイトル
Crystal structure of EED in complex with 6-(2-fluoro-5-methoxybenzyl)-1-isopropyl-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine 6-(2-fluoro-5-methoxybenzyl)-1-isopropyl-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine
温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: Crystals grown in a precipitant composed of 3-3.5 M sodium formate using the vapor diffusion method. Crystals grew in 3-5 days at 18 degree Celsius and harvested and soaked in defined drops ...詳細: Crystals grown in a precipitant composed of 3-3.5 M sodium formate using the vapor diffusion method. Crystals grew in 3-5 days at 18 degree Celsius and harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant with 1-2 mM of compound (typically solubilized in DMSO) for 24-48 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 3.5 M sodium formate, 1-2 mM of compound, and 30% (v/v) glycerol.
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.8→64.63 Å / Num. obs: 34983 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.85 Å2 / Net I/σ(I): 6.8
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BUSTER
2.10.2
精密化
iMOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
AMoRE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→24.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Blow DPI: 0.116 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.113
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.204
1742
4.98 %
RANDOM
Rwork
0.164
-
-
-
obs
0.166
34960
97.1 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 31.7 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-0.2689 Å2
0 Å2
-4.4565 Å2
2-
-
0.5519 Å2
0 Å2
3-
-
-
-0.283 Å2
Refine analyze
Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップ
サイクル: 1 / 解像度: 1.8→24.65 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
2864
0
29
338
3231
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
Restraint function
Weight
X-RAY DIFFRACTION
t_bond_d
0.01
3056
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_angle_deg
1.09
4177
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_dihedral_angle_d
1059
SINUSOIDAL
2
X-RAY DIFFRACTION
t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION
t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_trig_c_planes
75
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_gen_planes
443
HARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_it
3056
HARMONIC
20
X-RAY DIFFRACTION
t_nbd
X-RAY DIFFRACTION
t_omega_torsion
4.07
X-RAY DIFFRACTION
t_other_torsion
17.3
X-RAY DIFFRACTION
t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_chiral_improper_torsion
384
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_sum_occupancies
6
HARMONIC
1
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_ideal_dist_contact
3737
SEMIHARMONIC
4
LS精密化 シェル
解像度: 1.8→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.249
120
4.26 %
Rwork
0.23
2698
-
all
0.231
2818
-
obs
-
-
95.91 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -1.623 Å / Origin y: 0.2417 Å / Origin z: 14.6686 Å