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- PDB-5u5h: Crystal structure of EED in complex with 6-(2-fluoro-5-methoxyben... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5h
タイトルCrystal structure of EED in complex with 6-(2-fluoro-5-methoxybenzyl)-1-isopropyl-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine 6-(2-fluoro-5-methoxybenzyl)-1-isopropyl-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine
要素Polycomb protein EED
キーワードTRANSCRIPTION / EED / fragment-based generation / oncology
機能・相同性
機能・相同性情報


ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / heterochromatin formation ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / heterochromatin formation / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / chromosome / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats ...: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7VV / Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bussiere, D. / Shu, W.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Design of EED Binders Allosterically Inhibiting the Epigenetic Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) Methyltransferase.
著者: Lingel, A. / Sendzik, M. / Huang, Y. / Shultz, M.D. / Cantwell, J. / Dillon, M.P. / Fu, X. / Fuller, J. / Gabriel, T. / Gu, J. / Jiang, X. / Li, L. / Liang, F. / McKenna, M. / Qi, W. / Rao, W. ...著者: Lingel, A. / Sendzik, M. / Huang, Y. / Shultz, M.D. / Cantwell, J. / Dillon, M.P. / Fu, X. / Fuller, J. / Gabriel, T. / Gu, J. / Jiang, X. / Li, L. / Liang, F. / McKenna, M. / Qi, W. / Rao, W. / Sheng, X. / Shu, W. / Sutton, J. / Taft, B. / Wang, L. / Zeng, J. / Zhang, H. / Zhang, M. / Zhao, K. / Lindvall, M. / Bussiere, D.E.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7663
ポリマ－42,3561
非ポリマー4092
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.570, 60.000, 66.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42356.246 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 76-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: O75530
#2: 化合物 ChemComp-7VV / (6S)-6-[(2-fluoro-5-methoxyphenyl)methyl]-1-(propan-2-yl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine


分子量: 317.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24FN3O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: Crystals grown in a precipitant composed of 3-3.5 M sodium formate using the vapor diffusion method. Crystals grew in 3-5 days at 18 degree Celsius and harvested and soaked in defined drops ...詳細: Crystals grown in a precipitant composed of 3-3.5 M sodium formate using the vapor diffusion method. Crystals grew in 3-5 days at 18 degree Celsius and harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant with 1-2 mM of compound (typically solubilized in DMSO) for 24-48 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 3.5 M sodium formate, 1-2 mM of compound, and 30% (v/v) glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→64.63 Å / Num. obs: 34983 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.85 Å2 / Net I/σ(I): 6.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→24.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Blow DPI: 0.116 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.113
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 1742 4.98 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 34960 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2689 Å20 Å2-4.4565 Å2
2--0.5519 Å20 Å2
3----0.283 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→24.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 0 29 338 3231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013056HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.094177HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1059SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes75HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes443HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3056HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion384SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3737SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 120 4.26 %
Rwork0.23 2698 -
all0.231 2818 -
obs--95.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.623 Å / Origin y: 0.2417 Å / Origin z: 14.6686 Å
111213212223313233
T-0.0146 Å20.0151 Å20.0253 Å2--0.1245 Å2-0.0265 Å2---0.0796 Å2
L1.214 °2-0.1139 °2-0.4593 °2-0.956 °2-0.1349 °2--1.1213 °2
S-0.0663 Å °-0.1028 Å °0.0756 Å °0.1152 Å °0.0421 Å °-0.0637 Å °0.0412 Å °0.0902 Å °0.0243 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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