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- PDB-5u5c: Coiled Coil Peptide Metal Coordination Framework: Tetramer Fold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5c
タイトルCoiled Coil Peptide Metal Coordination Framework: Tetramer Fold
要素Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
キーワードDE NOVO PROTEIN / designed peptide / synthetic / metal coordination framework / supramolecular assembly
機能・相同性COPPER (II) ION / HEXANE-1,6-DIOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tavenor, N.A. / Murnin, M.J. / Horne, W.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR1149067 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Supramolecular Metal-Coordination Polymers, Nets, and Frameworks from Synthetic Coiled-Coil Peptides.
著者: Tavenor, N.A. / Murnin, M.J. / Horne, W.S.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
B: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
C: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
D: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
E: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
F: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,38114
ポリマ－19,7636
非ポリマー6188
水1,892105
1
A: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
B: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
C: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
D: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4848
ポリマ－13,1754
非ポリマー3094
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
2
E: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
F: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
ヘテロ分子

E: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
F: Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,79312
ポリマ－13,1754
非ポリマー6188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_785-x+2,-y+3,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area7850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.297, 38.642, 44.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Designed tetrameric coiled coil peptide with one terpyridine side chain


分子量: 3293.874 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.095 M BIS-TRIS pH 6.5, 9.5 mM copper(II) chloride, 5 mM sodium citrate pH 5.6, 0.125 M 1,6-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.091 Å / Num. obs: 11924 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.37 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.42 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R4A

3r4a


解像度: 2.1→29.09 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 1190 10.01 %
Rwork0.263 --
obs0.265 11883 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1404 0 22 105 1531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8812031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.316571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.18410.31141300.32181167X-RAY DIFFRACTION100
2.1841-2.28340.34651290.32771163X-RAY DIFFRACTION100
2.2834-2.40380.29851310.30041180X-RAY DIFFRACTION100
2.4038-2.55430.32351320.28661187X-RAY DIFFRACTION100
2.5543-2.75140.35361270.31051172X-RAY DIFFRACTION99
2.7514-3.0280.35951350.26581172X-RAY DIFFRACTION99
3.028-3.46550.29731360.26841196X-RAY DIFFRACTION99
3.4655-4.36390.21361320.22091210X-RAY DIFFRACTION99
4.3639-29.09420.22551380.24981246X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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