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- PDB-5u4i: Structural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u4i
タイトルStructural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and RF2 Bound to Ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Alternative ribosome-rescue factor A
  • P-site or E-site fMet-tRNA(fMet)
  • Peptide chain release factor 2
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / ArfA / RF2 / nonstop translation
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...translation release factor activity, codon specific / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / rescue of stalled ribosome / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / viral translational frameshifting / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alternative ribosome-rescue factor A / Alternative ribosome-rescue factor A / Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain ...Alternative ribosome-rescue factor A / Alternative ribosome-rescue factor A / Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Peptide chain release factor RF2 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Alternative ribosome-rescue factor A / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zeng, F. / Chen, Y. / Remis, J. / Shekhar, M. / Phillips, J.C. / Tajkhorshid, E. / Jin, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120552 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural basis of co-translational quality control by ArfA and RF2 bound to ribosome.
著者: Fuxing Zeng / Yanbo Chen / Jonathan Remis / Mrinal Shekhar / James C Phillips / Emad Tajkhorshid / Hong Jin /
要旨: Quality control mechanisms intervene appropriately when defective translation events occur, in order to preserve the integrity of protein synthesis. Rescue of ribosomes translating on messenger RNAs ...Quality control mechanisms intervene appropriately when defective translation events occur, in order to preserve the integrity of protein synthesis. Rescue of ribosomes translating on messenger RNAs that lack stop codons is one of the co-translational quality control pathways. In many bacteria, ArfA recognizes stalled ribosomes and recruits the release factor RF2, which catalyses the termination of protein synthesis. Although an induced-fit mechanism of nonstop mRNA surveillance mediated by ArfA and RF2 has been reported, the molecular interaction between ArfA and RF2 in the ribosome that is responsible for the mechanism is unknown. Here we report an electron cryo-microscopy structure of ArfA and RF2 in complex with the 70S ribosome bound to a nonstop mRNA. The structure, which is consistent with our kinetic and biochemical data, reveals the molecular interactions that enable ArfA to specifically recruit RF2, not RF1, into the ribosome and to enable RF2 to release the truncated protein product in this co-translational quality control pathway. The positively charged C-terminal domain of ArfA anchors in the mRNA entry channel of the ribosome. Furthermore, binding of ArfA and RF2 induces conformational changes in the ribosomal decoding centre that are similar to those seen in other protein-involved decoding processes. Specific interactions between residues in the N-terminal domain of ArfA and RF2 help RF2 to adopt a catalytically competent conformation for peptide release. Our findings provide a framework for understanding recognition of the translational state of the ribosome by new proteins, and expand our knowledge of the decoding potential of the ribosome.
履歴
登録2016年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年2月8日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / em_software / Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.name
改定 1.52018年10月3日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: cell / refine ...cell / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell
Item: _cell.Z_PDB / _cell.length_a ..._cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _refine.pdbx_refine_id / _refine_ls_restr.pdbx_refine_id / _refine_ls_shell.pdbx_refine_id
改定 1.62019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-8505
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L11
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L25
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
0: 50S ribosomal protein L30
1: 50S ribosomal protein L32
2: 50S ribosomal protein L33
3: 50S ribosomal protein L34
4: 50S ribosomal protein L35
5: 50S ribosomal protein L36
a: 16S rRNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S ribosomal protein S21
v: Peptide chain release factor 2
w: Alternative ribosome-rescue factor A
x: P-site or E-site fMet-tRNA(fMet)
y: P-site or E-site fMet-tRNA(fMet)
z: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,249,304182
ポリマ－2,246,22557
非ポリマー3,079125
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area325460 Å2
ΔGint-3695 kcal/mol
Surface area762030 Å2

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 6分子 ABaxyz

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 941761.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 42756
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1036415628
#32: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 497044.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 817573384
#55: RNA鎖 P-site or E-site fMet-tRNA(fMet)


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: fMet tRNA was in vitro transcribed / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1062469497
#56: RNA鎖 mRNA


分子量: 5922.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 CDEFGHJKLMNOPQRSTUVWXYZ012345

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplB b3317 JW3279 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60422
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplC b3320 JW3282 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60438
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplD eryA b3319 JW3281 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60723
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplE b3308 JW3270 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P62399
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplF b3305 JW3267 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG55
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplI b4203 JW4161 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14894.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplK relC b3983 JW3946 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7J7
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplM b3231 JW3200 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AA10
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplN b3310 JW3272 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADY3
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplO b3301 JW3263 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02413
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplP b3313 JW3275 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADY7
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplQ b3294 JW3256 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG44
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplR b3304 JW3266 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0C018
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplS b2606 JW2587 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7K6
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplT pdzA b1716 JW1706 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7L3
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplU b3186 JW3153 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG48
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplV eryB b3315 JW3277 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P61175
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplW b3318 JW3280 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplX b3309 JW3271 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60624
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rplY b2185 JW2173 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P68919
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpmA b3185 JW3152 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7L8
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpmB b3637 JW3612 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7M2
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpmC b3312 JW3274 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7M6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpmD b3302 JW3264 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG51
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpmF b1089 JW1075 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7N4
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpmG b3636 JW3611 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7N9
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpmH rimA ssaF b3703 JW3680 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7P5
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpmI b1717 JW1707 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpmJ b3299 JW3261 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#33: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsB b0169 JW0164 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V0
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsC b3314 JW3276 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V3
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsD ramA b3296 JW3258 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V8
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsE spc b3303 JW3265 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W1
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsF b4200 JW4158 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02358
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsG b3341 JW3303 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02359
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsH b3306 JW3268 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W7
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsI b3230 JW3199 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7X3
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsJ nusE b3321 JW3283 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R5
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsK b3297 JW3259 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R9
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsL strA b3342 JW3304 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S3
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsM b3298 JW3260 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S9
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsN b3307 JW3269 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG59
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsO secC b3165 JW3134 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsP b2609 JW2590 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7T3
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsQ neaA b3311 JW3273 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG63
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9063.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsR b4202 JW4160 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7T7
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9349.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsS b3316 JW3278 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U3
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsT b0023 JW0022 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U7
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene Name(s): rpsU b3065 JW3037 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P68679

-
タンパク質 , 2種, 2分子 vw

#53: タンパク質 Peptide chain release factor 2 / RF-2


分子量: 43313.871 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q252MEQ / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gene Name(s): prfB ECK2886 JW5847 supK
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: prfB, supK, b2891, JW5847 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07012
#54: タンパク質 Alternative ribosome-rescue factor A


分子量: 6513.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: arfA, yhdL, b4550, JW3253 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36675

-
非ポリマー , 2種, 125分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Non-stop ribosomal complex with ArfA and RF2COMPLEX#1-#560MULTIPLE SOURCES
230S subunitCOMPLEX#32-#521MULTIPLE SOURCES
350S subunitCOMPLEX#1-#311MULTIPLE SOURCES
4Alternative ribosome-rescue factor AORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#541RECOMBINANT
5Peptide chain release factor 2ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#531RECOMBINANT
6P-site or E-site fMet-tRNA(fMet)ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#551MULTIPLE SOURCESfMet tRNA was in vitro transcribed
7mRNAORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#561MULTIPLE SOURCES
823S rRNAORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#13NATURAL
950S ribosomal protein L2ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#33NATURAL
1016S rRNAORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#322NATURAL
1130S ribosomal protein S2COMPLEX#332MULTIPLE SOURCES
1230S ribosomal protein S3ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#342NATURAL
1330S ribosomal protein S4ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#352NATURAL
1430S ribosomal protein S5ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#362NATURAL
1530S ribosomal protein S6ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#372NATURAL
1630S ribosomal protein S7ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#382NATURAL
1730S ribosomal protein S8ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#392NATURAL
1830S ribosomal protein S9ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#402NATURAL
1930S ribosomal protein S10ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#412NATURAL
2030S ribosomal protein S11ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#422NATURAL
2130S ribosomal protein S12ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#432NATURAL
2230S ribosomal protein S13ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#442NATURAL
2330S ribosomal protein S14ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#452NATURAL
2430S ribosomal protein S15ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#462NATURAL
2530S ribosomal protein S16ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#472NATURAL
2630S ribosomal protein S17ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#482NATURAL
2730S ribosomal protein S18ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#492NATURAL
2830S ribosomal protein S19ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#502NATURAL
2930S ribosomal protein S20ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#512NATURAL
3030S ribosomal protein S21ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#522NATURAL
3150S ribosomal protein L3ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#43NATURAL
3250S ribosomal protein L4ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#53NATURAL
3350S ribosomal protein L5ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#63NATURAL
3450S ribosomal protein L6ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#73NATURAL
3550S ribosomal protein L9ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#83NATURAL
3650S ribosomal protein L11ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#93NATURAL
3750S ribosomal protein L13ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#103NATURAL
3850S ribosomal protein L14ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#113NATURAL
3950S ribosomal protein L15ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#123NATURAL
4050S ribosomal protein L16ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#133NATURAL
4150S ribosomal protein L17ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#143NATURAL
4250S ribosomal protein L18ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#153NATURAL
4350S ribosomal protein L19ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#163NATURAL
4450S ribosomal protein L20ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT3NATURAL
4550S ribosomal protein L21ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#183NATURAL
4650S ribosomal protein L22ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#193NATURAL
4750S ribosomal protein L23ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#203NATURAL
4850S ribosomal protein L24ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#213NATURAL
4950S ribosomal protein L25COMPLEX#223NATURAL
5050S ribosomal protein L27ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#233NATURAL
5150S ribosomal protein L28ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#243NATURAL
5250S ribosomal protein L29ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#253NATURAL
5350S ribosomal protein L30ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#263NATURAL
5450S ribosomal protein L32ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#273NATURAL
5550S ribosomal protein L33ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#283NATURAL
5650S ribosomal protein L34ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#293NATURAL
5750S ribosomal protein L35ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#303NATURAL
5850S ribosomal protein L36ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#313NATURAL
595S rRNAORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#23NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11
12
13
246.35 kDa/nmNO
3540.13 kDa/nmNO
16
17
18
19
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
24Escherichia coli (大腸菌)562
35Escherichia coli (大腸菌)562
28Escherichia coli (大腸菌)562
39Escherichia coli (大腸菌)562
410Escherichia coli (大腸菌)562
511Escherichia coli (大腸菌)562
612Escherichia coli (大腸菌)562
713Escherichia coli (大腸菌)562
814Escherichia coli (大腸菌)562
915Escherichia coli (大腸菌)562
1016Escherichia coli (大腸菌)562
1117Escherichia coli (大腸菌)562
1218Escherichia coli (大腸菌)562
1319Escherichia coli (大腸菌)562
1420Escherichia coli (大腸菌)562
1521Escherichia coli (大腸菌)562
1622Escherichia coli (大腸菌)562
1723Escherichia coli (大腸菌)562
1824Escherichia coli (大腸菌)562
1925Escherichia coli (大腸菌)562
2026Escherichia coli (大腸菌)562
2127Escherichia coli (大腸菌)562
2228Escherichia coli (大腸菌)562
2329Escherichia coli (大腸菌)562
2430Escherichia coli (大腸菌)562
2531Escherichia coli (大腸菌)562
2632Escherichia coli (大腸菌)562
2733Escherichia coli (大腸菌)562
2834Escherichia coli (大腸菌)562
2935Escherichia coli (大腸菌)562
3036Escherichia coli (大腸菌)562
3137Escherichia coli (大腸菌)562
3238Escherichia coli (大腸菌)562
3339Escherichia coli (大腸菌)562
3440Escherichia coli (大腸菌)562
3541Escherichia coli (大腸菌)562
3642Escherichia coli (大腸菌)562
3743Escherichia coli (大腸菌)562
3844Escherichia coli (大腸菌)562
3945Escherichia coli (大腸菌)562
4046Escherichia coli (大腸菌)562
4147Escherichia coli (大腸菌)562
4248Escherichia coli (大腸菌)562
4349Escherichia coli (大腸菌)562
4450Escherichia coli (大腸菌)562
4551Escherichia coli (大腸菌)562
4652Escherichia coli (大腸菌)562
4753Escherichia coli (大腸菌)562
4854Escherichia coli (大腸菌)562
4955Escherichia coli (大腸菌)562
5056Escherichia coli (大腸菌)562
5157Escherichia coli (大腸菌)562
5258Escherichia coli (大腸菌)562
5359Escherichia coli (大腸菌)562
11Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株プラスミド
24Escherichia coli (大腸菌)562BL21pET28
35Escherichia coli (大腸菌)562BL21pETNKI-his3C-LIC-Kan
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidC8H18N2O4S1
215 mMmagnesium acetateMg(CH3COO)21
3150 mMpotassium acetateCH3CO2K1
44 mM2-mercapthoethanolHOCH2CH2SH1
52 mMspermidineC7H19N31
60.05 mMsperminC10H26N41
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/0.5 4C
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 83822 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 4-25

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0155 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
12RELION2３次元再構成
13REFMAC5.8モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155440 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Average FSC
精密化解像度: 3.5→458.112 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.768 / WRfactor Rwork: 0.384 / SU B: 29.504 / SU ML: 0.382 / ESU R: 0.257 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3838 4696443 -
all0.384 --
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 303.637 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.453 Å21.509 Å2-1.254 Å2
2--3.23 Å22.7 Å2
3----2.778 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0050.014165101
ELECTRON MICROSCOPYr_ext_dist_refined_d0.1060.0229707
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg0.9471.469242315
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg20.8439.79833567
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg43.40522.5031742
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg17.728157469
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg12.77315454
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1290.21727721
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.0285395
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1560.2139524
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2730.2197596
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.1280.26720
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.0990.270
ELECTRON MICROSCOPYr_paralell_plane_angle_deg4.1081.23447
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it4.70833.95624596
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it8.6650.91530654
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it4.08829.51140505
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it7.07544.245211661
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it23.169816.292683576
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allWRfactor Rwork
3.5-3.5910.5893475943475940.589
3.591-3.6890.5743391313391310.574
3.689-3.7960.5523293003293000.552
3.796-3.9130.5383200993200990.538
3.913-4.0410.513098003098000.51
4.041-4.1830.4782998222998220.478
4.183-4.3410.452895302895300.45
4.341-4.5180.4252784382784380.425
4.518-4.7190.4032671462671460.403
4.719-4.950.3882548292548290.388
4.95-5.2170.3642429492429490.364
5.217-5.5340.3572294072294070.357
5.534-5.9160.3422157752157750.342
5.916-6.390.3352007062007060.335
6.39-6.9990.3341846541846540.334
6.999-7.8250.3141670471670470.314
7.825-9.0350.3131472081472080.313
9.035-11.0650.2911242871242870.291
11.065-15.6440.29296022960220.292
15.644-458.1120.41652699526990.416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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