[日本語] English
万見
- PDB-5u3m: Crystal Structure of DH511.11P Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPE... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u3m
タイトルCrystal Structure of DH511.11P Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPER Peptide
要素
  • DH511.11P Fab Heavy Chain
  • DH511.11P Fab Light Chain
  • gp41 MPER peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Neutralizing / Antibody / gp41 / MPER / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.418 Å
データ登録者Ofek, G. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Williams, L.D. / Nicely, N.I. / Haynes, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5UM1AII00645 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Potent and broad HIV-neutralizing antibodies in memory B cells and plasma.
著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I. ...著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I.S. / Seaman, M.S. / Parks, R.J. / Marshall, D.J. / Anasti, K. / Yang, G. / Nie, X. / Tumba, N.L. / Wiehe, K. / Wagh, K. / Korber, B. / Kepler, T.B. / Munir Alam, S. / Morris, L. / Kamanga, G. / Cohen, M.S. / Bonsignori, M. / Xia, S.M. / Montefiori, D.C. / Kelsoe, G. / Gao, F. / Mascola, J.R. / Moody, M.A. / Saunders, K.O. / Liao, H.X. / Tomaras, G.D. / Georgiou, G. / Haynes, B.F.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22017年8月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_audit_support / software
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: DH511.11P Fab Heavy Chain
L: DH511.11P Fab Light Chain
A: gp41 MPER peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8253
ポリマ－52,8253
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.760, 102.110, 197.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-302-

HOH

-
要素

#1: 抗体 DH511.11P Fab Heavy Chain


分子量: 25297.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Heavy Chain / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH511.11P Fab Light Chain


分子量: 23794.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Light Chain / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド gp41 MPER peptide


分子量: 3733.408 Da / 分子数: 1 / Fragment: gp41 656-683 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: gp41 MPER 656-683 Peptide
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q73372*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 4% Isopropanol, 3% PEG 3350, 0.75 M NH4SO4, 0.1 M C2H3NaO2 pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→39.509 Å / Num. obs: 24106 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 42.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.41-2.484.10.32517480.845169.4
2.48-2.564.80.3550.835179.8
2.56-2.6550.4350.638185.7
2.65-2.765.70.5460.636190.7
2.76-2.886.90.6180.859197.1
2.88-3.048.50.5680.917199.6
3.04-3.239.80.4440.961199.9
3.23-3.4810.90.360.9761100
3.48-3.8311.10.2580.9831100
3.83-4.38110.1650.9911100
4.38-5.5210.90.1270.9921100
5.52-5010.70.1190.993199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U3L

5u3l


解像度: 2.418→39.509 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 1996 8.29 %
Rwork0.227 --
obs0.2306 24069 93.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.418→39.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3683 0 0 73 3756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3482233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4184-2.47890.3366990.28921092X-RAY DIFFRACTION66
2.4789-2.54590.37921150.28391273X-RAY DIFFRACTION77
2.5459-2.62080.29541260.27981396X-RAY DIFFRACTION84
2.6208-2.70540.33181310.27091456X-RAY DIFFRACTION87
2.7054-2.8020.32271410.26171551X-RAY DIFFRACTION93
2.802-2.91420.29841470.25211630X-RAY DIFFRACTION98
2.9142-3.04680.32061520.25941679X-RAY DIFFRACTION100
3.0468-3.20740.28171520.24471669X-RAY DIFFRACTION100
3.2074-3.40820.29451530.22971698X-RAY DIFFRACTION100
3.4082-3.67120.22111520.21411677X-RAY DIFFRACTION100
3.6712-4.04030.2841540.21931706X-RAY DIFFRACTION100
4.0403-4.62420.23951550.18621721X-RAY DIFFRACTION100
4.6242-5.8230.22441560.20581717X-RAY DIFFRACTION100
5.823-39.51460.26741630.23241808X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07880.0806-1.25961.26330.2795.98380.19160.4161-0.2863-0.0189-0.12530.335-0.3323-0.4783-0.02260.2762-0.00040.0190.5775-0.09520.486372.73217.499218.7636
22.8118-1.2493-1.29331.36641.28221.97440.02710.0959-0.0535-0.12420.0310.013-0.13550.1667-0.02630.293-0.0452-0.00170.4081-0.02650.363569.257116.0694226.7225
34.5302-2.9462-0.64983.446-0.20381.73860.00270.2421-0.37650.11450.0460.51670.0823-0.0684-0.05370.254-0.0594-0.03250.4504-0.1150.428944.260924.7237.697
46.0489-2.2948-1.71443.17750.64183.4710.0329-0.3218-0.06040.02820.07460.5175-0.0971-0.1628-0.11680.19840.06420.04940.6495-0.06150.460645.078326.2599244.1839
53.1004-0.2923-0.83653.19390.27331.94170.63080.42350.6694-0.1421-0.0767-0.0046-0.89340.0613-0.24570.6624-0.12350.28650.6190.0280.434979.957927.7469212.9286
62.00130.2048-1.88260.31150.26442.49540.21660.61880.5067-0.1837-0.0681-0.1879-0.9285-0.1828-0.49251.2152-0.15560.36510.52180.07860.479180.530132.6731208.363
72.3886-1.483-1.31443.27982.62522.08680.21860.30070.3444-0.35950.0723-0.7102-0.4180.2059-0.22890.5406-0.11240.16430.45910.06880.360776.509428.4956218.9428
81.72360.3275-0.02233.2315-1.48446.210.0463-0.15280.40750.0128-0.0893-0.043-0.1099-0.1047-0.03380.2060.03860.05210.3491-0.05940.557862.840534.5362243.2602
90.70930.56290.58291.70691.15740.8629-0.164-0.54260.2780.32740.40910.2378-0.06680.44750.48210.2335-0.03260.13170.8296-0.10920.406983.4733-5.9878196.9747
105.18470.3697-1.09430.8943-0.65880.61890.3361-0.54810.5850.14830.1923-0.1012-0.21220.37010.7570.24440.00240.13290.9157-0.21890.40897.79617.2398203.2043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 46 through 188 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 189 through 203 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 204 through 216 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 1 through 61 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 62 through 79 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 80 through 113 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 114 through 214 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 661 through 671 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 672 through 685 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る