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- PDB-5u3k: Crystal Structure of DH511.2 Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPER ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u3k
タイトルCrystal Structure of DH511.2 Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPER 662-683 Peptide
要素
  • DH511.2 Fab Heavy Chain
  • DH511.2 Fab Light Chain
  • gp41 MPER peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Neutralizing / Antibody / gp41 / MPER / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.637 Å
データ登録者Ofek, G. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Williams, L.D. / Nicely, N.I. / Haynes, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5UM1AII00645 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Potent and broad HIV-neutralizing antibodies in memory B cells and plasma.
著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I. ...著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I.S. / Seaman, M.S. / Parks, R.J. / Marshall, D.J. / Anasti, K. / Yang, G. / Nie, X. / Tumba, N.L. / Wiehe, K. / Wagh, K. / Korber, B. / Kepler, T.B. / Munir Alam, S. / Morris, L. / Kamanga, G. / Cohen, M.S. / Bonsignori, M. / Xia, S.M. / Montefiori, D.C. / Kelsoe, G. / Gao, F. / Mascola, J.R. / Moody, M.A. / Saunders, K.O. / Liao, H.X. / Tomaras, G.D. / Georgiou, G. / Haynes, B.F.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22017年8月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_audit_support / software
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH511.2 Fab Heavy Chain
L: DH511.2 Fab Light Chain
A: DH511.2 Fab Heavy Chain
B: DH511.2 Fab Light Chain
P: gp41 MPER peptide
C: gp41 MPER peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6798
ポリマ－104,6036
非ポリマー762
水2,630146
1
H: DH511.2 Fab Heavy Chain
L: DH511.2 Fab Light Chain
P: gp41 MPER peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3424
ポリマ－52,3023
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21230 Å2
手法PISA
2
A: DH511.2 Fab Heavy Chain
B: DH511.2 Fab Light Chain
C: gp41 MPER peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3374
ポリマ－52,3023
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.396, 75.756, 122.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-100-

PHE

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 PC

#3: タンパク質・ペプチド gp41 MPER peptide


分子量: 3733.408 Da / 分子数: 2 / Fragment: gp41 656-683 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: gp41 MPER 662-683 Peptide
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q73372*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 DH511.2 Fab Heavy Chain


分子量: 25101.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Heavy Chain / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH511.2 Fab Light Chain


分子量: 23466.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Light Chain / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 148分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 1500, 10% Isopropanol, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→40.762 Å / Num. obs: 28726 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 42.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 49360
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.65-2.741.70.51628320.596197.9
2.74-2.851.70.4470.663198.5
2.85-2.981.70.3670.766198.4
2.98-3.141.70.2730.795198.5
3.14-3.341.70.1960.892198.6
3.34-3.61.70.1440.94198
3.6-3.961.70.110.96197.2
3.96-4.531.70.0760.979196.4
4.53-5.711.70.0610.988194.7
5.71-501.80.050.992190.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.637→40.762 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2834 1343 4.68 %
Rwork0.2321 --
obs0.2344 28700 96.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.637→40.762 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6827 0 2 146 6975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.529560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1814102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441062
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6369-2.73110.37621530.31932676X-RAY DIFFRACTION96
2.7311-2.84040.38191480.3032731X-RAY DIFFRACTION98
2.8404-2.96960.33811440.2922766X-RAY DIFFRACTION98
2.9696-3.12610.31671410.27732784X-RAY DIFFRACTION98
3.1261-3.32190.32551220.26182810X-RAY DIFFRACTION99
3.3219-3.57830.28711290.23652746X-RAY DIFFRACTION98
3.5783-3.93810.24851380.21642761X-RAY DIFFRACTION97
3.9381-4.50730.26451350.18892711X-RAY DIFFRACTION96
4.5073-5.67630.25131050.18442727X-RAY DIFFRACTION95
5.6763-40.76710.23711280.22822645X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6753-0.3053-0.48372.33370.85181.10290.02360.5110.0573-0.2979-0.58160.0654-0.34340.0313-3.97430.3537-0.177-0.23970.99660.28120.4889-26.047919.517535.33
22.8605-0.02230.4471.06830.38540.2353-0.11691.0618-0.3538-0.3291-0.004-0.3224-0.21630.5031-0.50150.2243-0.0384-0.03030.86410.05540.4577-33.843714.6439.2246
35.50960.8422.3981.62881.02362.7294-0.02740.0780.5267-0.5217-0.08880.382-0.676-0.2442-0.00520.2475-0.0629-0.07530.41690.0260.2854-38.828820.861746.5935
45.9160.32382.50884.10321.81751.75560.03391.00530.4039-0.4797-0.3250.4444-0.37310.1172-0.04360.2029-0.0738-0.08490.6370.16530.4507-37.003722.134435.5851
51.82470.4535-0.43440.5713-0.29091.20530.09270.1582-0.36820.0756-0.1336-0.2272-0.3158-0.25590.19530.238-0.0286-0.06510.67020.05180.4478-35.988112.693246.8849
60.56150.24131.06030.52910.59772.03680.33230.59510.0366-0.3564-0.3206-0.3145-0.30730.86971.30960.3637-0.04570.04560.70680.39120.59752.01316.286137.2889
70.9752-0.86990.95761.2642-0.48933.5992-0.49240.25150.60480.05260.4603-0.070.30170.7649-0.08690.32310.0756-0.09030.97630.15480.7161-2.26613.064635.3548
82.6146-0.3656-3.19848.35861.02614.9508-0.11860.8826-0.9971-0.915-0.317-0.13890.3440.5729-0.19170.28360.1961-0.06040.8514-0.1780.7466-0.0942-0.312831.772
91.87980.0103-0.76821.6563-0.63162.7535-0.18820.53040.286-0.1166-0.14920.2199-0.37610.56080.07750.30210.024-0.0590.87460.09550.622-3.851613.940241.9895
101.1876-0.67281.06272.5665-1.34081.1995-0.25732.0344-1.0642-1.0979-0.5778-0.83860.74870.91770.48430.81920.49640.10811.8793-0.12060.949612.2243-2.644131.6765
114.8337-1.99221.41091.0272-0.5580.65330.38241.5197-0.4545-0.5875-0.35010.0970.1310.6794-0.16010.45520.0121-0.00341.40260.15120.80930.451813.522128.1454
122.3625-1.3749-1.55812.68451.46893.73970.52990.5333-0.79270.1709-0.67540.01510.0188-0.30830.02290.2666-0.0806-0.15490.6924-0.00620.7244-24.0612-1.806456.7337
130.087-0.3625-0.01361.56020.0770.55080.251-0.3135-0.020.07820.2211-0.39240.2940.0223-0.11790.2114-0.0369-0.1240.59080.05170.4033-33.46222.535557.1281
144.23910.3547-1.70754.4450.61473.01920.39311.1241-1.4222-0.5561-0.5723-0.27510.26750.54580.33960.32590.0641-0.10820.8694-0.02620.577-33.6708-2.403945.4135
151.72150.92780.94611.2122-0.42351.68270.1422-0.0185-0.64420.07120.16270.03930.05010.0723-0.16130.2073-0.03-0.06130.69790.06250.5431-30.90470.805553.4664
165.59040.42991.72340.4330.1183.0575-0.2275-0.62480.46150.0321-0.06680.013-0.37990.31-0.10090.23460.0203-0.19310.4452-0.10380.8222-9.7371-8.129951.0695
172.84781.6662-0.83884.04680.16371.3405-0.21921.12280.27850.08730.1192-0.4766-0.02540.28010.07710.2690.0058-0.11010.65020.13780.56465.00677.793348.4196
185.42320.92282.52622.1590.32051.58620.02070.04460.25590.1488-0.0945-0.05390.12210.27790.03510.35930.0602-0.03150.623-0.03570.53435.09257.670552.2103
190.4713-0.49380.0850.7337-0.52931.0237-0.13720.15450.21690.1210.324-0.1916-0.32160.34511.15920.2088-0.0347-0.05380.7995-0.10690.4513-0.648939.098816.3748
201.0867-0.4985-0.31912.86380.92072.48030.13980.4589-0.7937-0.1127-0.00650.00740.16930.376-0.03570.2607-0.0016-0.04610.527-0.01440.3814-7.592532.960522.1631
211.7292-0.36460.57940.5273-0.08040.20980.07250.2053-0.4030.1701-0.1345-0.34810.11830.5077-0.5810.255-0.051-0.06240.8332-0.0480.4147-2.830631.506614.9036
221.3749-0.5824-0.15520.54290.532.86320.093-0.2390.13840.09380.1523-0.11420.073-0.6471-0.07620.2219-0.0509-0.06440.6003-0.01960.3519-10.337141.29333.5855
231.4583-0.7333-0.21661.2398-0.35710.24560.37550.20460.1735-0.4393-0.1555-0.1021-0.322-0.67990.09830.33470.0851-0.03520.54220.07050.3127-16.230642.13851.7665
243.2216-1.0511-0.67240.9055-0.80423.26560.6010.58750.2111-0.2702-0.35110.0595-0.8648-0.6113-0.19270.48940.13240.02850.53960.03160.3201-20.209147.2239-7.057
251.063-0.13661.64571.9823-1.34523.20740.43710.23230.6453-0.3181-0.222-0.3723-0.9723-0.53060.40830.48420.35240.08750.81630.04250.3821-14.62147.9717-14.531
262.15760.5775-0.79720.43690.43633.30750.1150.4374-0.2211-0.36470.14810.7782-0.5476-1.2049-0.05480.30580.0981-0.02820.89880.01930.4128-29.149948.891222.1133
273.0056-0.5823-1.01880.9417-0.66585.46170.1908-0.0596-0.05240.1128-0.00890.2106-0.8228-0.8974-0.09310.33810.0427-0.02870.4672-0.06730.3574-20.803349.109928.4437
281.9271-0.4663-0.25163.4473-1.19274.16540.01010.41340.18810.36770.26780.6068-1.3291-0.11320.04910.64910.0035-0.03150.45610.02580.3073-21.946253.595320.6168
291.4697-0.408-1.02341.78180.52111.29250.2931-0.4506-0.22730.5262-0.28390.4851-0.2693-0.3930.10380.3792-0.08690.03120.4356-0.00640.4201-18.788137.064728.1652
301.844-0.8083-0.19821.3192-0.6392.3741-0.12870.183-0.00180.17830.1545-0.27730.2377-0.4167-0.17010.25720.1179-0.09640.4850.01080.323-32.814458.29248.3303
311.439-0.53650.00233.42091.59291.06330.22220.811-0.2382-0.6576-0.01490.02-0.29830.2190.10310.44910.2338-0.12290.7238-0.0340.5133-32.818848.6004-8.5015
324.12922.36883.58271.42731.80363.9320.81470.0683-1.4689-0.23730.05821.03690.30450.0077-0.24160.59260.0916-0.29910.5072-0.06310.9564-39.334940.3313-6.4185
331.7493-1.1088-0.47471.70811.82812.4491-0.0033-0.0934-0.42390.4173-0.3768-0.43220.0611.0608-0.27540.2741-0.004-0.0970.69720.0070.5419-26.612156.83763.5792
341.55570.44290.81341.127-0.12460.54710.3790.7146-0.8967-0.5064-0.49380.22140.02890.1744-1.32160.5750.1966-0.37080.7148-0.25610.808-38.768743.1511-10.8417
351.9918-1.2086-1.47313.74321.40362.24820.2470.0811-0.8375-0.1971-0.94781.08010.2940.0403-0.30130.382-0.0055-0.16210.9442-0.05020.6869-43.794453.6565-5.1916
360.83730.38820.47320.18380.21540.268-0.34860.23460.4643-0.74420.43580.4261-0.02570.1058-0.28850.7423-0.113-0.28270.61930.09170.4449-54.819213.656637.1862
370.56440.3295-0.09360.3504-0.11190.03580.01380.00040.36420.08620.17050.2734-0.1359-0.01530.11750.18610.08550.01880.909-0.04680.4921-56.217111.775851.3649
380.94622.04070.12568.82762.67531.3218-0.75490.4513-0.6192-0.53820.3272-1.1128-1.03230.89470.12140.3436-0.0071-0.08160.6552-0.04690.40525.984642.085637.5123
394.9580.2278-0.67981.8166-0.63277.8916-0.0531-0.3467-0.8716-0.35460.17150.60430.8711-0.7853-0.10160.36210.0096-0.16970.63580.09050.5453-3.852837.58444.9814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 18 through 45 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 46 through 66 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 67 through 82 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 83 through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 112 through 137 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 138 through 154 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 155 through 165 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 166 through 182 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 183 through 194 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 195 through 212 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 18 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 19 through 38 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 39 through 61 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 62 through 102 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 103 through 113 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 114 through 150 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 151 through 212 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 1 through 33 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 34 through 72 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 73 through 87 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 88 through 100)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 101 through 145 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 146 through 185 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 186 through 213 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 1 through 18 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 19 through 75 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 76 through 90 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 91 through 102 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 103 through 113 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'B' and (resid 114 through 144 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'B' and (resid 145 through 163 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'B' and (resid 164 through 174 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'B' and (resid 175 through 197 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'B' and (resid 198 through 209 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'P' and (resid 666 through 671 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'P' and (resid 672 through 685 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'C' and (resid 667 through 671 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'C' and (resid 672 through 685 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る