PDB-5u29: Crystal structure of Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u29

タイトル

Crystal structure of Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase in complex with Ac-AMS

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / SYNTHETASE / ACS1 / ACETYL-COA / PRX / AC-AMS / COENZYME A / COA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Edwards, T.E. / Potts, K.T. / Taylor, B.M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase in complex with Ac-AMS
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / SSGCID / Fox III, D. / Potts, K.T. / Taylor, B.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. / Krysan, D.J.

履歴

登録	2016年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u29.cif.gz	777.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u29.ent.gz	640.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u29_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u29_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5u29_validation.xml.gz	70.9 KB	表示
CIF形式データ	5u29_validation.cif.gz	98.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u29	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k8fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7l4g-2 5k8f-1 5k8f-3 6et3-2 3d5m-2 3hhk-2 3co9-2 5pzn-1 3tyq-2 6a4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CrneC.00629.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

234 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.280, 83.780, 101.600
Angle α, β, γ (deg.)	110.33, 105.81, 87.75
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / Variant: Grubii / プラスミド: PEMB7013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-7RM / 5'-O-(acetylsulfamoyl)adenosine 分子量: 388.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆N₆O₇S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 0.5MM AC- ...詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 0.5MM AC-AMS WAS ADDED TO THE PROTEIN SOLUTION AND INCUBATED FOR 5 MINUTES BEFORE SETTING UP TRIALS. CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND IN AN OPTIMIZATION SCREEN BASED ON WIZARD 1 AND 2 SCREEN CONDITION E8 (13.18% W/V PEG8,000, 0.2M NACL, 0.1M NA/K PHOSPHATE PH6) AND CRYO-PROTECTED IN 20% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTAL ID 284335C8, ZNI9-6, APS21-ID-G), PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K PH範囲: 6

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.68 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: ACETYL COA SYNTHETASE FROM CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (CRNEC.00629.A.FS11.PD00402) AT 10MG/ ML (IN 10 MM TRIS, PH = 7.5, 20 MM NACL) WAS SET UP IN SPARSE CRYSTALLIZATION TRIALS AT 16C. 0.5MM AC- ...
PH範囲: 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 72292 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 51.82 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.11
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 21134 / CC_1/2: 0.805 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.11.1_2575: 000)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5k8f

5k8f

解像度: 2.5→32.099 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2087	1999	2.77 %
R_work	0.1532	-	-
obs	0.1548	72227	98.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.099 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15189	0	121	399	15709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.903	21539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.18	9243
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2358
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2792

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4999-2.5624	0.3322	142	0.2324	4975	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5624-2.6316	0.2719	142	0.218	5000	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6316-2.709	0.2902	142	0.2054	4994	X-RAY DIFFRACTION	98
2.709-2.7964	0.2618	143	0.1977	4995	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7964-2.8963	0.2401	142	0.1874	5034	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8963-3.0122	0.3128	141	0.1963	4968	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0122-3.1492	0.2271	144	0.1736	5047	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1492-3.315	0.2227	143	0.1712	4990	X-RAY DIFFRACTION	99
3.315-3.5225	0.2116	143	0.1613	5034	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5225-3.7941	0.2057	143	0.1454	5031	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7941-4.1751	0.1929	143	0.1301	5070	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1751-4.7776	0.1738	144	0.1116	5027	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7776-6.0128	0.1474	144	0.1283	5079	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0128-32.1013	0.1806	143	0.14	4984	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6129	0.0511	0.4158	3.0625	-0.07	1.6951	-0.0809	0.0322	0.0277	-0.0241	-0.0806	0.5383	-0.1346	-0.4395	0.1536	0.1704	0.0383	-0.021	0.5083	-0.0488	0.4333	-33.8925	16.0326	7.0179
2	1.3031	-0.3555	-0.5899	1.0343	0.2886	1.2368	0.0668	0.0979	0.082	-0.2146	-0.0729	-0.0017	-0.1776	-0.1465	0.0044	0.2258	-0.0175	-0.0377	0.2485	-0.0011	0.2587	-10.297	15.7019	-3.1843
3	2.476	-2.7221	0.2442	5.3837	2.8879	5.5227	-0.1324	-0.486	0.0651	0.2237	0.1032	0.1846	0.0268	-0.0214	0.0316	0.1904	0.006	-0.0155	0.3005	0.0171	0.2406	-6.9572	16.8838	17.9785
4	1.586	0.395	0.1187	4.5296	-0.4316	2.3801	0.1462	-0.2108	0.3333	0.3272	-0.0864	0.085	-0.6044	-0.306	-0.0942	0.376	0.1216	-0.0405	0.4156	-0.0659	0.4823	-22.9952	35.2077	12.9439
5	2.8265	-0.4781	0.7981	1.2471	0.8103	2.7533	-0.1029	-0.1109	0.3306	-0.1215	-0.1253	0.1395	-1.4535	-0.861	0.1754	0.7431	0.1649	0.0491	0.4412	-0.0378	0.5474	-23.9489	49.3376	4.98
6	3.3446	-1.1967	-0.3613	1.999	1.4664	2.7654	-0.0673	0.2511	0.3772	-0.1791	0.0975	-0.5576	-0.0795	0.3308	-0.1012	0.6274	0.0323	0.045	0.4112	0.0297	0.8479	-11.0404	42.3592	4.0297
7	1.0915	-0.2467	0.0824	1.3382	-0.0181	1.3716	-0.164	-0.4577	-0.2158	0.3	0.1825	0.0356	0.2847	0.012	-0.0214	0.3392	0.0605	0.0223	0.4807	0.0902	0.3035	13.096	-9.6981	26.079
8	1.3828	-0.018	-0.1735	3.3558	1.0948	1.561	-0.2545	-0.3849	0.1074	0.147	0.3518	-0.2607	0.0295	0.2644	-0.0469	0.197	0.0451	-0.0294	0.4243	-0.0249	0.244	16.9097	1.5806	19.9032
9	1.0397	-0.3533	0.4832	0.9513	-0.2127	1.4904	-0.1242	-0.6277	-0.2751	0.4038	0.2187	-0.0658	0.3298	0.0739	-0.0921	0.6025	0.1467	0.021	0.6808	0.1553	0.4056	23.2711	-20.8713	38.3058
10	4.3991	-1.9943	0.9613	2.5619	-1.4905	1.469	-0.2413	0.2431	0.5795	0.2992	0.0186	-0.3478	-0.4643	-0.029	0.2302	0.7108	0.0505	-0.125	0.9417	0.0313	0.6662	39.5129	-10.0172	38.2359
11	1.2833	-0.2497	-1.1362	1.6574	0.094	1.6097	-0.1751	0.3155	-0.42	-0.2279	0.0354	0.1414	0.7234	-0.3077	0.1247	0.7408	-0.1875	0.0397	0.4673	-0.2145	0.6344	1.3863	-36.3919	-32.0973
12	1.1485	-0.079	-0.1118	0.9537	0.4103	1.8823	-0.0433	0.0674	-0.267	-0.0451	0.0187	-0.0548	0.4456	0.132	0.0173	0.3722	0.0044	0.041	0.2126	0.0085	0.3443	17.9297	-21.774	-16.0906
13	2.0063	-0.6789	-0.342	2.7169	0.5733	3.3338	0.05	0.4157	-0.1819	-0.4507	-0.0709	0.1821	-0.0123	-0.499	-0.0113	0.3514	-0.0444	-0.0288	0.3261	-0.0523	0.2816	3.4108	-13.7107	-35.1356
14	4.6201	0.0233	0.3509	3.0555	-1.8623	4.6214	0.1868	0.5797	-0.4028	-0.22	-0.1398	-0.1941	-0.1469	0.4261	-0.094	0.7361	0.026	0.1397	0.5139	-0.1399	0.4717	24.2852	-23.9087	-49.3049
15	3.1496	0.759	1.1369	2.3648	-0.6802	3.3523	0.1611	0.1613	-0.0495	0.1647	0.193	-0.2184	-0.3663	0.683	-0.3587	0.5783	-0.0599	0.1352	0.624	-0.1232	0.4711	26.6834	-18.4328	-45.47

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 493 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 494 through 526 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 527 through 579 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 580 through 617 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 618 through 677 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 11 through 245 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 246 through 303 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 304 through 629 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 630 through 677 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 11 through 58 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 59 through 463 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 464 through 555 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 556 through 602 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 603 through 677 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)